Example/PcpdenseToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PcpdenseToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/09/04 14:10:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <fstream>
  20 #include <iostream>
  21 //#include <values.h>
  22
  23 #if defined(__BORLANDC__)
  24 #include <ctype.h>
  25 #endif
  26
  27 #include "gdcmFile.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmDebug.h"
  30 #include "gdcmDirList.h"
  31 #include "gdcmUtil.h"
  32 #include "gdcmArgMgr.h"
  33
  34 /**
  35   * \brief
  36   *  Converts the "pcpdense" ".txt" (2008 version)  files into 16 bits Dicom Files,
  37   * Hope they don't change soon!
  38   */
  39
  40 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName,
  41                     const char * patientname, int nbFrames, std::string studyUID, std::string serieUID, std::string studyUID, int imgNum,bool m );
  42
  43 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int * );
  44
  45 void LoadImageX2(std::ifstream &from, unsigned short int * );
  46 bool verbose;
  47
  48 int main(int argc, char *argv[])
  49 {
  50    START_USAGE(usage)
  51    " \n pcpdenseToDicom :\n                                                  ",
  52    "        Converts the '.txt' files into 16 bits Dicom Files,               ",
  53    " usage:                                                                   ",
  54    " pcpdenseToDicom rootfilename=...                                        ",
  55    "                 (e.g.. :   meas_MID380_DENSE_stacked_slices_aif_FID81637)",
  56    "                 numberOfSlices =  (default : 3)                          ",
  57    "                 X2 : multiply x 2 image size                             ",
  58    "                 m :create multiframe files instead of image stacks       ",
  59    "                 [patientname = Patient's name]                           ",
  60    "                 [verbose] [debug]                                        ",
  61    "                                                                          ",
  62    " verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'               ",
  63    " debug    : *developer*  wants to run the program in 'debug mode'         ",
  64    FINISH_USAGE
  65
  66    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  67
  68    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  69
  70    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  71    {
  72       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  73       delete am;
  74       return 0;
  75    }
  76    // Seems that ArgMgrWantString doesn't work on MacOS
  77    if(!am->ArgMgrDefined("rootfilename"))
  78    {
  79       std::cout << "'rootfilename' is mandatory" << std::endl;
  80       exit(0);
  81    }
  82
  83    const char *rootfilename = am->ArgMgrWantString("rootfilename",usage);
  84    int numberOfSlices       = am->ArgMgrGetInt("numberOfSlices",3);
  85    const char *patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
  86
  87    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  88       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  89
  90    verbose         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  91    bool X2         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("X2") );
  92    bool multiframe = ( 0 != am->ArgMgrDefined("m") );
  93
  94    // if unused Param we give up
  95    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  96    {
  97       am->ArgMgrUsage(usage);
  98       delete am;
  99       return 0;
 100    }
 101    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 102
 103    // ----- Begin Processing -----
 104
 105    std::ostringstream Ecc;
 106    std::ostringstream perf;
 107    std::ostringstream WashoutTc;
 108
 109    std::string strSerieUID;
 110    std::string strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 111    std::string dcmImageName, textFileName, patientname,/* studyUID, serieUID, */ serieDescr ;
 112    std::string deb(rootfilename);
 113
 114    unsigned short int *image;
 115
 116    int NX, NY;
 117
 118   // Get some info
 119   // -------------
 120
 121      {
 122         Ecc.str(rootfilename);
 123         Ecc   << Ecc.str() << "_s0" << "_Ecc.txt";
 124
 125         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 126         if ( !fromEcc )
 127         {
 128            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 129            exit(0);
 130         }
 131         std::string str1;
 132
 133          fromEcc >> str1;
 134          fromEcc >> str1;
 135
 136          fromEcc >> NX;
 137          fromEcc >> NY;
 138          std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 139    }
 140
 141    int mult;
 142    if (X2)
 143       mult=4;
 144    else
 145       mult=1;
 146
 147    if (multiframe)
 148       image = new unsigned short int[NX*NY*mult*numberOfSlices];
 149    else
 150       image = new unsigned short int[NX*NY*mult];
 151
 152
 153
 154    // === Ecc ===
 155
 156    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 157
 158    if (!multiframe) {
 159
 160      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 161      {
 162         Ecc.str(rootfilename);
 163         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 164
 165         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 166         if ( !fromEcc )
 167         {
 168            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 169            exit(0);
 170         }
 171         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 172
 173         if (X2)
 174            LoadImageX2(fromEcc, image);
 175         else
 176            LoadImage(fromEcc, image);
 177         fromEcc.close();
 178
 179         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 180
 181         MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 182    } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 183    delete []image;
 184 }
 185
 186
 187    if (multiframe) {
 188
 189      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 190      {
 191         Ecc.str(rootfilename);
 192         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 193
 194         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 195         if ( !fromEcc )
 196         {
 197            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 198            exit(0);
 199         }
 200
 201         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 202         if (X2)
 203           LoadImageX2(fromEcc ,&image[NX*NY*i] );
 204         else
 205           LoadImage(fromEcc, &image[NX*NY*i] );
 206
 207         fromEcc.close();
 208      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 209
 210      dcmImageName = deb + "_Ecc.dcm";
 211      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 212
 213    }  // end : if (multiframe)
 214
 215
 216
 217 // === perf ===
 218
 219    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 220
 221    if (!multiframe) {
 222      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 223      {
 224         perf.str(rootfilename);
 225         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 226
 227         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 228         if ( !fromperf )
 229         {
 230            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 231            exit(0);
 232         }
 233         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 234
 235         if (X2)
 236           LoadImageX2(fromperf ,image );
 237         else
 238           LoadImage(fromperf, image );
 239
 240         fromperf.close();
 241
 242         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 243         MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 244
 245      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 246    }
 247
 248
 249    if (multiframe) {
 250      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 251      {
 252         perf.str(rootfilename);
 253         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 254
 255         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 256         if ( !fromperf )
 257         {
 258            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 259            exit(0);
 260         }
 261         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 262
 263       if (X2)
 264          LoadImageX2(fromperf, &image[NX*NY*i]);
 265       else
 266          LoadImage(fromperf, &image[NX*NY*i] );
 267
 268       fromperf.close();
 269    } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 270
 271      dcmImageName = deb + "_perf.dcm";
 272      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, numberOfSlices, multiframe );
 273  }
 274
 275
 276
 277 // === WashoutTc ===
 278
 279
 280    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 281
 282    if (multiframe) {
 283      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 284      {
 285         WashoutTc.str(rootfilename);
 286         WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i << "_WashoutTc.txt";
 287
 288         std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 289         if ( !fromWashoutTc )
 290         {
 291            std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 292            exit(0);
 293         }
 294         std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 295
 296         if (X2)
 297           LoadImageX2(fromWashoutTc,  &image[NX*NY*i]);
 298         else
 299           LoadImage(fromWashoutTc, &image[NX*NY*i] );
 300         fromWashoutTc.close();
 301
 302      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 303
 304      dcmImageName = deb + "_WashoutTc.dcm";
 305      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, numberOfSlices, multiframe );
 306  }
 307
 308
 309    if (!multiframe) {
 310
 311    for (int i1=0; i1<numberOfSlices; i1++)
 312    {
 313       WashoutTc.str(rootfilename);
 314       WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i1 << "_WashoutTc.txt";
 315
 316       std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 317       if ( !fromWashoutTc )
 318       {
 319          std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 320          exit(0);
 321       }
 322
 323       std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 324       if (X2)
 325          LoadImageX2(fromWashoutTc,image );
 326        else
 327          LoadImage(fromWashoutTc,image );
 328       fromWashoutTc.close();
 329
 330       dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 331       MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i1, multiframe );
 332     } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 333
 334   }
 335
 336    delete []image;
 337    return 1;
 338 }
 339
 340 // =====================================================================================================================
 341
 342 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int *image)
 343 {
 344 // in any file ".txt" :
 345
 346 /*
 347 XY Dimensions           47          50
 348      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 349      ...
 350 */
 351
 352    if (!from)
 353       return;
 354
 355    std::string str1;
 356
 357     from >> str1;
 358     from >> str1;
 359
 360     int NX, NY;
 361     from >> NX;
 362     from >> NY;
 363     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 364
 365     float pixelValue;
 366
 367      int i, j;
 368      for( i=0;i<NY;i++)
 369         for(j=0;j<NX;j++) {
 370            from >> pixelValue;
 371            image[i*NX+j] = (unsigned short int)(pixelValue * 1000.)
 372         }
 373 }
 374
 375
 376 // =====================================================================================================================
 377
 378 void LoadImageX2(std::ifstream &from,  unsigned short int *image )
 379 {
 380 // in any file ".txt" :
 381
 382 /*
 383 XY Dimensions           47          50
 384      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 385      ...
 386 */
 387
 388    if (!from)
 389       return;
 390
 391    std::string str1;
 392
 393     from >> str1;
 394     from >> str1;
 395
 396     int NX, NY;
 397     from >> NX;
 398     from >> NY;
 399     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 400
 401     float pixelValue;
 402
 403      int i, j;
 404      for( i=0;i<NY;i++) {
 405            for(j=0;j<NX;j++) {
 406               from >> pixelValue;
 407               pixelValue*=1000.;
 408               image[i*4*NX + j*2] = image[i*4*NX + j*2+1] =  image[(i*4+2)*NX + j*2] =  image[(i*4+2)*NX + j*2+1] = (unsigned short int)(pixelValue);
 409    }
 410         }
 411
 412 }
 413 // =====================================================================================================================================
 414
 415
 416 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames, std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m)
 417 {
 418
 419  // GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 420
 421    std::ostringstream str;
 422
 423    GDCM_NAME_SPACE::File *file;
 424    file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 425
 426   // Set the image size
 427    str.str("");
 428    str << X;
 429    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
 430    str.str("");
 431    str << Y;
 432    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 433
 434   // Set the pixel type
 435   //      16; //8, 16, 32
 436    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 437
 438    str.str("");
 439    str << 16; // may be 12 or 16 if componentSize =16
 440    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 441    file->InsertEntryString("15",0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 442
 443   // Set the pixel representation // 0/1 , 0=unsigned
 444    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 445
 446   // Set the samples per pixel // 1:Grey level, 3:RGB
 447    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 448
 449
 450    if (nbFrames != 1)
 451    {
 452       str.str("");
 453       str << nbFrames;
 454       file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
 455    }
 456
 457    if (strlen(patientName) != 0)
 458       file->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 459
 460    file->InsertEntryString(studyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");
 461    file->InsertEntryString(serieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");
 462
 463    file->InsertEntryString(SerieDescr,0x0008,0x103e, "LO");  // Series Description
 464
 465 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 466    file->InsertEntryString("1.0\\0.0\\0.0\\0.0\\1.0\\0.0",0x0020,0x0037, "DS"); //[1\0\0\0\1\0] : Axial   (Tant pis!)
 467
 468 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 469    char charImagePosition[256];
 470    sprintf(charImagePosition,"0.0\\0.0\\%f",(float)imgNum);
 471    file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x0032, "DS");  //0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 472
 473 // 0020 0x1041 DS 1 Slice Location
 474         sprintf(charImagePosition,"%f",float(imgNum));
 475         file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x1041, "DS");
 476 /*
 477   // Set Rescale Intercept
 478         str.str("");
 479         str << div;
 480         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1052,"DS");
 481
 482   // Set Rescale Slope
 483         str.str("");
 484         str << mini;
 485         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1053,"DS");
 486 */
 487
 488    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH;
 489    fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(file);
 490    // cast is just to avoid warnings (*no* conversion is performed)
 491    //fileH->SetImageData((uint8_t *)img,int(maxX*maxY)*sizeof(uint16_t)); // troubles when maxX, mayY are *actually* float!
 492
 493    fileH->SetImageData((uint8_t *)tabVal,X*Y*nbFrames*sizeof(uint16_t));
 494    fileH->SetWriteModeToRaw();
 495    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 496
 497    if( !fileH->Write(dcmImageName))
 498       std::cout << "Failed for [" << dcmImageName << "]\n"
 499                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 500
 501   // file->Print();
 502
 503   // delete img;
 504    file->Delete();
 505    fileH->Delete();
 506 }
 507
 508
 509
 510 // =====================================================================================================================
 511