Example/PcpdenseToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PcpdenseToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/08/25 14:36:02 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <fstream>
  20 #include <iostream>
  21 //#include <values.h>
  22
  23 #if defined(__BORLANDC__)
  24 #include <ctype.h>
  25 #endif
  26
  27 #include "gdcmFile.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmDebug.h"
  30 #include "gdcmDirList.h"
  31 #include "gdcmUtil.h"
  32 #include "gdcmArgMgr.h"
  33
  34 /**
  35   * \brief
  36   *  Converts the "pcpdense" ".txt" (2008 version)  files into 16 bits Dicom Files,
  37   * Hope they don't change soon!
  38   */
  39
  40 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames,
  41                     std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m );
  42
  43 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int * );
  44
  45 void LoadImageX2(std::ifstream &from, unsigned short int * );
  46 bool verbose;
  47
  48 int main(int argc, char *argv[])
  49 {
  50    START_USAGE(usage)
  51    " \n pcpdenseToDicom :\n                                                   ",
  52    "        Converts the '.txt' files into 16 bits Dicom-like Files,          ",
  53    " usage:                                                                   ",
  54    " pcpdenseToDicom rootfilename=...                                         ",
  55    "                 (e.g.. :   meas_MID380_DENSE_stacked_slices_aif_FID81637)",
  56    "                 numberOfSlices =  (default : 3)                          ",
  57    "                 X2 : multiply x 2 image size                             ",
  58    "                 m :create multiframe files instead of image stacks       ",
  59    "                 [patientname = Patient's name]                           ",
  60    "                 [verbose] [debug]                                        ",
  61    "                                                                          ",
  62    " verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'               ",
  63    " debug    : *developer*  wants to run the program in 'debug mode'         ",
  64    FINISH_USAGE
  65
  66    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  67
  68    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  69
  70    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  71    {
  72       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  73       delete am;
  74       return 0;
  75    }
  76    // Seems that ArgMgrWantString doesn't work on MacOS
  77    if(!am->ArgMgrDefined("rootfilename"))
  78    {
  79       std::cout << "'rootfilename' is mandatory" << std::endl;
  80       exit(0);
  81    }
  82
  83    const char *rootfilename = am->ArgMgrWantString("rootfilename",usage);
  84    int numberOfSlices       = am->ArgMgrGetInt("numberOfSlices",3);
  85    const char *patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
  86
  87    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  88       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  89
  90    verbose         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  91    bool X2         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("X2") );
  92    bool multiframe = ( 0 != am->ArgMgrDefined("m") );
  93
  94    // if unused Param we give up
  95    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  96    {
  97       am->ArgMgrUsage(usage);
  98       delete am;
  99       return 0;
 100    }
 101    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 102
 103    // ----- Begin Processing -----
 104
 105    std::ostringstream Ecc;
 106    std::ostringstream perf;
 107    std::ostringstream WashoutTc;
 108
 109    std::string strSerieUID;
 110    std::string strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 111    std::string dcmImageName, textFileName, patientname, serieDescr;
 112    std::string deb(rootfilename);
 113
 114    unsigned short int *image;
 115
 116    int NX, NY;
 117
 118   // Get some info
 119   // -------------
 120
 121    {
 122         Ecc.str(rootfilename);
 123         Ecc   << Ecc.str() << "_s0" << "_Ecc.txt";
 124
 125         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 126         if ( !fromEcc )
 127         {
 128            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 129            exit(0);
 130         }
 131         std::string str1;
 132
 133          fromEcc >> str1;
 134          fromEcc >> str1;
 135
 136          fromEcc >> NX;
 137          fromEcc >> NY;
 138          std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 139    }
 140
 141    int mult;
 142    if (X2)
 143       mult=4;
 144    else
 145       mult=1;
 146
 147    if (multiframe)
 148       image = new unsigned short int[NX*NY*mult*numberOfSlices];
 149    else
 150       image = new unsigned short int[NX*NY*mult];
 151
 152
 153
 154    // === Ecc ===
 155
 156    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 157
 158    serieDescr = "Ecc";
 159
 160    if (!multiframe) {
 161      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 162      {
 163         Ecc.str(rootfilename);
 164         Ecc << Ecc.str() << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 165
 166         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 167         if ( !fromEcc )
 168         {
 169            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 170            exit(0);
 171         }
 172         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 173         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 174
 175         if (X2)
 176         {
 177            LoadImageX2(fromEcc, image);
 178            MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 179         }
 180         else
 181         {
 182            LoadImage(fromEcc, image);
 183            MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 184         }
 185         fromEcc.close();
 186
 187      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 188    }
 189
 190    if (multiframe) {
 191      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 192      {
 193         Ecc.str(rootfilename);
 194         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 195
 196         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 197         if ( !fromEcc )
 198         {
 199            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 200            exit(0);
 201         }
 202
 203         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 204         if (X2)
 205           LoadImageX2(fromEcc ,&image[NX*NY*4*i] );
 206         else
 207           LoadImage(fromEcc, &image[NX*NY*i] );
 208
 209         fromEcc.close();
 210      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 211
 212      dcmImageName = deb + "_Ecc.dcm";
 213      if (X2)
 214         MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 215      else
 216         MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 217    }  // end : if (multiframe)
 218
 219
 220
 221 // === perf ===
 222
 223    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 224
 225    serieDescr = "perf";
 226
 227    if (!multiframe) {
 228      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 229      {
 230         perf.str(rootfilename);
 231         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 232
 233         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 234         if ( !fromperf )
 235         {
 236            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 237            exit(0);
 238         }
 239         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 240
 241         if (X2)
 242           LoadImageX2(fromperf ,image );
 243         else
 244           LoadImage(fromperf, image );
 245
 246         fromperf.close();
 247
 248         dcmImageName = perf.str() + ".dcm";
 249
 250         if (X2)
 251            MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 252         else
 253            MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 254
 255      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 256    }
 257
 258
 259    if (multiframe) {
 260      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 261      {
 262         perf.str(rootfilename);
 263         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 264
 265         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 266         if ( !fromperf )
 267         {
 268            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 269            exit(0);
 270         }
 271         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 272
 273       if (X2)
 274          LoadImageX2(fromperf, &image[NX*NY*i*4]);
 275       else
 276          LoadImage(fromperf, &image[NX*NY*i] );
 277
 278       fromperf.close();
 279    } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 280
 281      dcmImageName = deb + "_perf.dcm";
 282      if (X2)
 283         MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 284      else
 285         MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 286  }
 287
 288
 289
 290 // === WashoutTc ===
 291
 292
 293    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 294
 295    serieDescr = "WashoutTc";
 296
 297    if (!multiframe) {
 298
 299    for (int i1=0; i1<numberOfSlices; i1++)
 300    {
 301       WashoutTc.str(rootfilename);
 302       WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i1 << "_WashoutTc.txt";
 303
 304       std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 305       if ( !fromWashoutTc )
 306       {
 307          std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 308          exit(0);
 309       }
 310
 311       std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 312       if (X2)
 313          LoadImageX2(fromWashoutTc,image );
 314        else
 315          LoadImage(fromWashoutTc,image );
 316       fromWashoutTc.close();
 317
 318       dcmImageName = WashoutTc.str() + ".dcm";
 319       if (X2)
 320          MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i1, multiframe );
 321       else
 322          MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i1, multiframe );
 323     } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 324   }
 325
 326    if (multiframe) {
 327      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 328      {
 329         WashoutTc.str(rootfilename);
 330         WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i << "_WashoutTc.txt";
 331
 332         std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 333         if ( !fromWashoutTc )
 334         {
 335            std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 336            exit(0);
 337         }
 338         std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 339
 340         if (X2)
 341           LoadImageX2(fromWashoutTc,  &image[NX*NY*4*i]);
 342         else
 343           LoadImage(fromWashoutTc, &image[NX*NY*i] );
 344         fromWashoutTc.close();
 345
 346      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 347
 348      dcmImageName = deb + "_WashoutTc.dcm";
 349      if (X2)
 350         MakeDicomImage(image, NX*2, NY*2, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 351      else
 352         MakeDicomImage(image, NX, NY,     dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 353    }
 354
 355    delete []image;
 356    return 1;
 357 }
 358
 359 // =====================================================================================================================
 360
 361 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int *image)
 362 {
 363 // in any file ".txt" :
 364
 365 /*
 366 XY Dimensions           47          50
 367      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 368      ...
 369 */
 370
 371    if (!from)
 372       return;
 373
 374    std::string str1;
 375
 376    from >> str1;
 377    from >> str1;
 378
 379    int NX, NY;
 380    from >> NX;
 381    from >> NY;
 382    std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 383
 384    float pixelValue;
 385
 386     int i, j;
 387     for( i=0;i<NY;i++) {
 388         for(j=0;j<NX;j++) {
 389            from >> pixelValue;
 390            image[i*NX+j] = (unsigned short int)(pixelValue * 1000.); // Why do we multiply by 1000? // JPR
 391         }
 392      }
 393 }
 394
 395
 396 // =====================================================================================================================
 397
 398 void LoadImageX2(std::ifstream &from,  unsigned short int *image )
 399 {
 400 // in any file ".txt" :
 401
 402 /*
 403 XY Dimensions           47          50
 404      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 405      ...
 406 */
 407
 408    if (!from)
 409       return;
 410
 411    std::string str1;
 412
 413     from >> str1;
 414     from >> str1;
 415
 416     int NX, NY;
 417     from >> NX;
 418     from >> NY;
 419     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 420
 421      int k;
 422      for( k=0;k<NX*NY*4;k++)
 423           image[k] = 0;
 424
 425     float pixelValue;
 426
 427      int i, j;
 428  /*
 429      for( i=0;i<NY;i++) {
 430            for(j=0;j<NX;j++) {
 431               from >> pixelValue;
 432               pixelValue*=1000.;  // Why do we multiply by 1000? // JPR
 433               image[i*4*NX + j*2] = image[i*4*NX + j*2+1] =  image[(i*4+2)*NX + j*2] =  image[(i*4+2)*NX + j*2+1] = (unsigned short int)(pixelValue);
 434            }
 435      }
 436  */
 437
 438      int lgrLigneNvlleImage = NX+NX;
 439      int debLigneNvlleImage = 0;
 440      for( i=0;i<NY;i++) {
 441            for(j=0;j<NX;j++) {
 442               from >> pixelValue;
 443               pixelValue*=1000.;  // Why do we multiply by 1000? // JPR
 444               image[debLigneNvlleImage + j+j] =
 445               image[debLigneNvlleImage + j+j +1] =
 446               image[debLigneNvlleImage + lgrLigneNvlleImage +j+j] =
 447               image[debLigneNvlleImage + lgrLigneNvlleImage + j+j +1] =
 448                  (unsigned short int)(pixelValue);
 449            }
 450            debLigneNvlleImage += 2*lgrLigneNvlleImage;
 451      }
 452 }
 453 // =====================================================================================================================================
 454
 455
 456 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames, std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m)
 457 {
 458
 459 std::cout << "in MakeDicomImage : dcmImageName = [" << dcmImageName << "]" << std::endl;
 460  // GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 461
 462    std::ostringstream str;
 463
 464    GDCM_NAME_SPACE::File *file;
 465    file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 466
 467   // Set the image size
 468    str.str("");
 469    str << X;
 470    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
 471    str.str("");
 472    str << Y;
 473    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 474
 475   // Set the pixel type
 476   //      16; //8, 16, 32
 477    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 478
 479    str.str("");
 480    str << 16; // may be 12 or 16 if componentSize =16
 481    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 482    file->InsertEntryString("15",0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 483
 484   // Set the pixel representation // 0/1 , 0=unsigned
 485    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 486
 487   // Set the samples per pixel // 1:Grey level, 3:RGB
 488    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 489
 490
 491    if (nbFrames != 1)
 492    {
 493       str.str("");
 494       str << nbFrames;
 495       file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
 496    }
 497
 498    if (strlen(patientName) != 0)
 499       file->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 500
 501    file->InsertEntryString(studyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");
 502    file->InsertEntryString(serieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");
 503
 504    file->InsertEntryString(SerieDescr,0x0008,0x103e, "LO");  // Series Description
 505
 506 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 507    file->InsertEntryString("1.0\\0.0\\0.0\\0.0\\1.0\\0.0",0x0020,0x0037, "DS"); //[1\0\0\0\1\0] : Axial   (Tant pis!)
 508
 509 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 510    char charImagePosition[256];
 511    sprintf(charImagePosition,"0.0\\0.0\\%f",(float)imgNum);
 512    file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x0032, "DS");  //0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 513
 514 // 0020 0x1041 DS 1 Slice Location
 515         sprintf(charImagePosition,"%f",float(imgNum));
 516         file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x1041, "DS");
 517 /*
 518   // Set Rescale Intercept
 519         str.str("");
 520         str << div;
 521         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1052,"DS");
 522
 523   // Set Rescale Slope
 524         str.str("");
 525         str << mini;
 526         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1053,"DS");
 527 */
 528
 529    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH;
 530    fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(file);
 531    // cast is just to avoid warnings (*no* conversion is performed)
 532    //fileH->SetImageData((uint8_t *)img,int(maxX*maxY)*sizeof(uint16_t)); // troubles when maxX, mayY are *actually* float!
 533
 534    fileH->SetImageData((uint8_t *)tabVal,X*Y*nbFrames*sizeof(uint16_t));
 535    fileH->SetWriteModeToRaw();
 536    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 537
 538    if( !fileH->Write(dcmImageName))
 539       std::cout << "Failed for [" << dcmImageName << "]\n"
 540                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 541
 542   // file->Print();
 543
 544   // delete img;
 545    file->Delete();
 546    fileH->Delete();
 547 }
 548
 549
 550
 551 // =====================================================================================================================
 552