Example/PcpdenseToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PcpdenseToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/08/26 12:46:12 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <fstream>
  20 #include <iostream>
  21 //#include <values.h>
  22
  23 #if defined(__BORLANDC__)
  24 #include <ctype.h>
  25 #endif
  26
  27 #include "gdcmFile.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmDebug.h"
  30 #include "gdcmDirList.h"
  31 #include "gdcmUtil.h"
  32 #include "gdcmArgMgr.h"
  33
  34 /**
  35   * \brief
  36   *  Converts the "pcpdense" ".txt" (2008 version)  files into 16 bits Dicom Files,
  37   * Hope they don't change soon!
  38   */
  39
  40 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames,
  41                     std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m );
  42
  43 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int * );
  44
  45 void LoadImageX2(std::ifstream &from, unsigned short int * );
  46 bool verbose;
  47
  48 int main(int argc, char *argv[])
  49 {
  50    START_USAGE(usage)
  51    " \n pcpdenseToDicom :\n                                                  ",
  52    "        Converts the '.txt' files into 16 bits Dicom Files,               ",
  53    " usage:                                                                   ",
  54    " pcpdenseToDicom rootfilename=...                                        ",
  55    "                 (e.g.. :   meas_MID380_DENSE_stacked_slices_aif_FID81637)",
  56    "                 numberOfSlices =  (default : 3)                          ",
  57    "                 X2 : multiply x 2 image size                             ",
  58    "                 m :create multiframe files instead of image stacks       ",
  59    "                 [patientname = Patient's name]                           ",
  60    "                 [verbose] [debug]                                        ",
  61    "                                                                          ",
  62    " verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'               ",
  63    " debug    : *developer*  wants to run the program in 'debug mode'         ",
  64    FINISH_USAGE
  65
  66    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  67
  68    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  69
  70    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  71    {
  72       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  73       delete am;
  74       return 0;
  75    }
  76    // Seems that ArgMgrWantString doesn't work on MacOS
  77    if(!am->ArgMgrDefined("rootfilename"))
  78    {
  79       std::cout << "'rootfilename' is mandatory" << std::endl;
  80       exit(0);
  81    }
  82
  83    const char *rootfilename = am->ArgMgrWantString("rootfilename",usage);
  84    int numberOfSlices       = am->ArgMgrGetInt("numberOfSlices",3);
  85    const char *patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
  86
  87    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  88       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  89
  90    verbose         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  91    bool X2         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("X2") );
  92    bool multiframe = ( 0 != am->ArgMgrDefined("m") );
  93
  94    // if unused Param we give up
  95    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  96    {
  97       am->ArgMgrUsage(usage);
  98       delete am;
  99       return 0;
 100    }
 101    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 102
 103    // ----- Begin Processing -----
 104
 105    std::ostringstream Ecc;
 106    std::ostringstream perf;
 107    std::ostringstream WashoutTc;
 108
 109    std::string strSerieUID;
 110    std::string strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 111    std::string dcmImageName, textFileName, patientname,/* studyUID, serieUID, */ serieDescr ;
 112    std::string deb(rootfilename);
 113
 114    unsigned short int *image;
 115
 116    int NX, NY;
 117
 118   // Get some info
 119   // -------------
 120
 121      {
 122         Ecc.str(rootfilename);
 123         Ecc   << Ecc.str() << "_s0" << "_Ecc.txt";
 124
 125         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 126         if ( !fromEcc )
 127         {
 128            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 129            exit(0);
 130         }
 131         std::string str1;
 132
 133          fromEcc >> str1;
 134          fromEcc >> str1;
 135
 136          fromEcc >> NX;
 137          fromEcc >> NY;
 138          std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 139    }
 140
 141    int mult;
 142    if (X2)
 143       mult=4;
 144    else
 145       mult=1;
 146
 147    if (multiframe)
 148       image = new unsigned short int[NX*NY*mult*numberOfSlices];
 149    else
 150       image = new unsigned short int[NX*NY*mult];
 151
 152
 153
 154    // === Ecc ===
 155
 156    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 157
 158    serieDescr = "Ecc";
 159
 160    if (!multiframe) {
 161
 162      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 163      {
 164         Ecc.str(rootfilename);
 165         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 166
 167         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 168         if ( !fromEcc )
 169         {
 170            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 171            exit(0);
 172         }
 173         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 174
 175         if (X2)
 176            LoadImageX2(fromEcc, image);
 177         else
 178            LoadImage(fromEcc, image);
 179         fromEcc.close();
 180
 181         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 182
 183         MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 184    } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 185    delete []image;
 186 }
 187
 188
 189    if (multiframe) {
 190
 191      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 192      {
 193         Ecc.str(rootfilename);
 194         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 195
 196         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 197         if ( !fromEcc )
 198         {
 199            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 200            exit(0);
 201         }
 202
 203         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 204         if (X2)
 205           LoadImageX2(fromEcc ,&image[NX*NY*i] );
 206         else
 207           LoadImage(fromEcc, &image[NX*NY*i] );
 208
 209         fromEcc.close();
 210      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 211
 212      dcmImageName = deb + "_Ecc.dcm";
 213      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 214
 215    }  // end : if (multiframe)
 216
 217
 218
 219 // === perf ===
 220
 221    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 222
 223    serieDescr = "perf";
 224
 225    if (!multiframe) {
 226      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 227      {
 228         perf.str(rootfilename);
 229         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 230
 231         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 232         if ( !fromperf )
 233         {
 234            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 235            exit(0);
 236         }
 237         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 238
 239         if (X2)
 240           LoadImageX2(fromperf ,image );
 241         else
 242           LoadImage(fromperf, image );
 243
 244         fromperf.close();
 245
 246         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 247         MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i, multiframe );
 248
 249      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 250    }
 251
 252
 253    if (multiframe) {
 254      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 255      {
 256         perf.str(rootfilename);
 257         perf  << perf.str()    << "_s" << i << "_perf.txt";
 258
 259         std::ifstream fromperf( perf.str().c_str() );
 260         if ( !fromperf )
 261         {
 262            std::cout << "Can't open file [" << perf.str() << "]" << std::endl;
 263            exit(0);
 264         }
 265         std::cout << "Open file [" << perf.str() << "] : OK" << std::endl;
 266
 267       if (X2)
 268          LoadImageX2(fromperf, &image[NX*NY*i]);
 269       else
 270          LoadImage(fromperf, &image[NX*NY*i] );
 271
 272       fromperf.close();
 273    } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 274
 275      dcmImageName = deb + "_perf.dcm";
 276      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, numberOfSlices, multiframe );
 277  }
 278
 279
 280
 281 // === WashoutTc ===
 282
 283
 284    strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 285
 286    serieDescr = "WashoutTc";
 287
 288    if (multiframe) {
 289      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 290      {
 291         WashoutTc.str(rootfilename);
 292         WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i << "_WashoutTc.txt";
 293
 294         std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 295         if ( !fromWashoutTc )
 296         {
 297            std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 298            exit(0);
 299         }
 300         std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 301
 302         if (X2)
 303           LoadImageX2(fromWashoutTc,  &image[NX*NY*i]);
 304         else
 305           LoadImage(fromWashoutTc, &image[NX*NY*i] );
 306         fromWashoutTc.close();
 307
 308      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 309
 310      dcmImageName = deb + "_WashoutTc.dcm";
 311      MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, numberOfSlices, multiframe );
 312  }
 313
 314
 315    if (!multiframe) {
 316
 317    for (int i1=0; i1<numberOfSlices; i1++)
 318    {
 319       WashoutTc.str(rootfilename);
 320       WashoutTc <<  WashoutTc.str() << "_s" << i1 << "_WashoutTc.txt";
 321
 322       std::ifstream fromWashoutTc( WashoutTc.str().c_str() );
 323       if ( !fromWashoutTc )
 324       {
 325          std::cout << "Can't open file [" << WashoutTc.str() << "]" << std::endl;
 326          exit(0);
 327       }
 328
 329       std::cout << "Open file [" << WashoutTc.str() << "] : OK" << std::endl;
 330       if (X2)
 331          LoadImageX2(fromWashoutTc,image );
 332        else
 333          LoadImage(fromWashoutTc,image );
 334       fromWashoutTc.close();
 335
 336       dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 337       MakeDicomImage(image, NX, NY, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, i1, multiframe );
 338     } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 339
 340   }
 341
 342    delete []image;
 343    return 1;
 344 }
 345
 346 // =====================================================================================================================
 347
 348 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int *image)
 349 {
 350 // in any file ".txt" :
 351
 352 /*
 353 XY Dimensions           47          50
 354      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 355      ...
 356 */
 357
 358    if (!from)
 359       return;
 360
 361    std::string str1;
 362
 363     from >> str1;
 364     from >> str1;
 365
 366     int NX, NY;
 367     from >> NX;
 368     from >> NY;
 369     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 370
 371     float pixelValue;
 372
 373      int i, j;
 374      for( i=0;i<NY;i++)
 375         for(j=0;j<NX;j++) {
 376            from >> pixelValue;
 377            image[i*NX+j] = (unsigned short int)(pixelValue * 1000.); // Why do we multiply by 1000? // JPR
 378         }
 379 }
 380
 381
 382 // =====================================================================================================================
 383
 384 void LoadImageX2(std::ifstream &from,  unsigned short int *image )
 385 {
 386 // in any file ".txt" :
 387
 388 /*
 389 XY Dimensions           47          50
 390      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 391      ...
 392 */
 393
 394    if (!from)
 395       return;
 396
 397    std::string str1;
 398
 399     from >> str1;
 400     from >> str1;
 401
 402     int NX, NY;
 403     from >> NX;
 404     from >> NY;
 405     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 406
 407     float pixelValue;
 408
 409      int i, j;
 410      for( i=0;i<NY;i++) {
 411            for(j=0;j<NX;j++) {
 412               from >> pixelValue;
 413               pixelValue*=1000.;  // Why do we multiply by 1000? // JPR
 414               image[i*4*NX + j*2] = image[i*4*NX + j*2+1] =  image[(i*4+2)*NX + j*2] =  image[(i*4+2)*NX + j*2+1] = (unsigned short int)(pixelValue);
 415    }
 416         }
 417
 418 }
 419 // =====================================================================================================================================
 420
 421
 422 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames, std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m)
 423 {
 424
 425  // GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 426
 427    std::ostringstream str;
 428
 429    GDCM_NAME_SPACE::File *file;
 430    file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 431
 432   // Set the image size
 433    str.str("");
 434    str << X;
 435    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
 436    str.str("");
 437    str << Y;
 438    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 439
 440   // Set the pixel type
 441   //      16; //8, 16, 32
 442    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 443
 444    str.str("");
 445    str << 16; // may be 12 or 16 if componentSize =16
 446    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 447    file->InsertEntryString("15",0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 448
 449   // Set the pixel representation // 0/1 , 0=unsigned
 450    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 451
 452   // Set the samples per pixel // 1:Grey level, 3:RGB
 453    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 454
 455
 456    if (nbFrames != 1)
 457    {
 458       str.str("");
 459       str << nbFrames;
 460       file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
 461    }
 462
 463    if (strlen(patientName) != 0)
 464       file->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 465
 466    file->InsertEntryString(studyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");
 467    file->InsertEntryString(serieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");
 468
 469    file->InsertEntryString(SerieDescr,0x0008,0x103e, "LO");  // Series Description
 470
 471 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 472    file->InsertEntryString("1.0\\0.0\\0.0\\0.0\\1.0\\0.0",0x0020,0x0037, "DS"); //[1\0\0\0\1\0] : Axial   (Tant pis!)
 473
 474 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 475    char charImagePosition[256];
 476    sprintf(charImagePosition,"0.0\\0.0\\%f",(float)imgNum);
 477    file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x0032, "DS");  //0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 478
 479 // 0020 0x1041 DS 1 Slice Location
 480         sprintf(charImagePosition,"%f",float(imgNum));
 481         file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x1041, "DS");
 482 /*
 483   // Set Rescale Intercept
 484         str.str("");
 485         str << div;
 486         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1052,"DS");
 487
 488   // Set Rescale Slope
 489         str.str("");
 490         str << mini;
 491         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1053,"DS");
 492 */
 493
 494    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH;
 495    fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(file);
 496    // cast is just to avoid warnings (*no* conversion is performed)
 497    //fileH->SetImageData((uint8_t *)img,int(maxX*maxY)*sizeof(uint16_t)); // troubles when maxX, mayY are *actually* float!
 498
 499    fileH->SetImageData((uint8_t *)tabVal,X*Y*nbFrames*sizeof(uint16_t));
 500    fileH->SetWriteModeToRaw();
 501    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 502
 503    if( !fileH->Write(dcmImageName))
 504       std::cout << "Failed for [" << dcmImageName << "]\n"
 505                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 506
 507   // file->Print();
 508
 509   // delete img;
 510    file->Delete();
 511    fileH->Delete();
 512 }
 513
 514
 515
 516 // =====================================================================================================================
 517