Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/06/12 13:21:20 $
   7   Version:   $Revision: 1.16 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * User has to supply parameters.
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmArgMgr.h"
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <sstream>
  32
  33 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize);
  34
  35 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize)
  36 {
  37    unsigned int i;
  38    if ( pixelSize == 2 )
  39    {
  40       uint16_t *im16 = (uint16_t*)Raw;
  41       for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
  42       {
  43          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
  44       }
  45    }
  46    else if ( pixelSize == 4 )
  47    {
  48       uint32_t s32;
  49       uint16_t high;
  50       uint16_t low;
  51       uint32_t *im32 = (uint32_t*)Raw;
  52
  53       for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
  54       {
  55          low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
  56          high    = im32[i] >> 16;
  57          s32     = low;
  58          im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
  59       }
  60
  61    }
  62 }
  63
  64 int main(int argc, char *argv[])
  65 {
  66    START_USAGE(usage)
  67    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  68    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  69    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  70    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  71    "                   rows=nb of Rows                                        ",
  72    "                   lines=nb of Lines,                                     ",
  73    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  74    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S|32U|32S}                      ",
  75    "                   [{b|l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l         ",
  76    "                   [samples = {1|3}}       //(1:Gray,3:RGB) defaulted to 1",
  77    "                   [monochrome1]                                          ",
  78    "                   [studyid = ] [patientname = Patient's name]            ",
  79    "                   [debug]                                                ",
  80    "                                                                          ",
  81    "  monochrome1 = user wants MONOCHROME1 photom. interp. (0=white)          ",
  82    "  studyUID   : *aware* user wants to add the serie                        ",
  83    "                                             to an already existing study ",
  84    "  debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
  85    FINISH_USAGE
  86
  87
  88    // ------------ Initialize Arguments Manager ----------------
  89    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  90
  91    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  92    {
  93       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  94       delete am;
  95       return 1;
  96    }
  97
  98    const char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein");
  99    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
 100
 101    const char *patientName = am->ArgMgrGetString("patientname", "g^Fantomas");
 102
 103    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
 104    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
 105    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
 106    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
 107
 108    int b = am->ArgMgrDefined("b");
 109    int l = am->ArgMgrDefined("l");
 110
 111    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
 112
 113    bool monochrome1 = ( 0 != am->ArgMgrDefined("monochrome1") );
 114
 115    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 116       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 117
 118    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("studyUID") );
 119    const char *studyUID;
 120    if (userDefinedStudy)
 121       studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
 122
 123    // not described *on purpose* in the Usage !
 124    bool userDefinedSerie = ( 0 != am->ArgMgrDefined("serieUID") );
 125    const char *serieUID;
 126    if(userDefinedSerie)
 127       serieUID = am->ArgMgrGetString("serieUID");
 128
 129    /* if unused Param we give up */
 130    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 131    {
 132       am->ArgMgrUsage(usage);
 133       delete am;
 134       return 1;
 135    }
 136
 137    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 138
 139    // ----------- End Arguments Manager ---------
 140
 141  /// \TODO Deal with all the images of a directory
 142
 143  // Read the Raw file
 144    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
 145    if ( ! *Fp )
 146    {
 147       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
 148       delete Fp;
 149       Fp = 0;
 150       return 0;
 151    }
 152
 153    bool bigEndian = GDCM_NAME_SPACE::Util::IsCurrentProcessorBigEndian();
 154
 155    std::string strPixelType(pixelType);
 156    int pixelSign;
 157    int pixelSize;
 158
 159    if (strPixelType == "8S")
 160    {
 161       pixelSize = 1;
 162       pixelSign = 1;
 163    }
 164    else if (strPixelType == "8U")
 165    {
 166       pixelSize = 1;
 167       pixelSign = 0;
 168    }
 169    else if (strPixelType == "16S")
 170    {
 171       pixelSize = 2;
 172       pixelSign = 1;
 173    }
 174    else if (strPixelType == "16U")
 175    {
 176       pixelSize = 2;
 177       pixelSign = 0;
 178    }
 179    else if (strPixelType == "32S")
 180    {
 181       pixelSize = 4;
 182       pixelSign = 1;
 183    }
 184    else if (strPixelType == "32U")
 185    {
 186       pixelSize = 4;
 187       pixelSign = 0;
 188    }
 189    else
 190    {
 191       std::cout << "Wrong 'pixeltype' (" << strPixelType << ")" << std::endl;
 192       return 1;
 193    }
 194
 195    std::string strStudyUID;
 196    std::string strSerieUID;
 197
 198    if (userDefinedStudy)
 199       strSerieUID = studyUID;
 200    else
 201       strStudyUID = GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 202
 203    if (userDefinedSerie)
 204      strSerieUID = serieUID;
 205    else
 206       strSerieUID = GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 207
 208    // Read the pixels
 209
 210    int dataSize =  nX*nY*nZ*samplesPerPixel*pixelSize;
 211
 212    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 213
 214    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 215
 216    if ( pixelSize !=1 && ( (l && bigEndian) || (b && ! bigEndian) ) )
 217    {
 218       ConvertSwapZone(pixelSize, pixels, dataSize);
 219    }
 220
 221 // Create an empty FileHelper
 222
 223    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New();
 224
 225  // Get the (empty) image header.
 226    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 227
 228    // 'Study Instance UID'
 229    // The user is allowed to create his own Study,
 230    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 231    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 232    //          adding new Series to an already existing Study
 233
 234    fileToBuild->InsertEntryString(strStudyUID,0x0020,0x000d,"UI");  //  Study UID
 235
 236    // 'Serie Instance UID'
 237    // The user is allowed to create his own Series,
 238    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
 239    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
 240    // but there is no way no to prevent him for doing that
 241
 242    fileToBuild->InsertEntryString(strSerieUID,0x0020,0x000e,"UI");  //  Serie UID
 243
 244    std::ostringstream str;
 245
 246    // Set the image size
 247    str.str("");
 248    str << nX;
 249    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 250    str.str("");
 251    str << nY;
 252    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 253
 254    str.str("");
 255    str << nZ;
 256    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 257
 258    // Set the pixel type
 259
 260    str.str("");
 261    str << pixelSize*8;
 262    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 263
 264    str.str("");
 265    str << pixelSize*8;
 266    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 267
 268    str.str("");
 269    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 270    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 271
 272    str.str("");
 273    str << pixelSign;
 274    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 275
 276    str.str("");
 277    str << samplesPerPixel;
 278
 279 // If you deal with a Serie of images, as slices of a volume,
 280 // it up to you to tell gdcm, for each image, what are the values of :
 281 //
 282 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 283 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 284
 285    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 286
 287    if (strlen(patientName) != 0)
 288       fileToBuild->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 289
 290    //  0=white
 291    if(monochrome1)
 292       fileH->SetPhotometricInterpretationToMonochrome1();
 293
 294 // Set the image Pixel Data
 295    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 296
 297 // Set the writting mode and write the image
 298    fileH->SetWriteModeToRaw();
 299
 300  // Write a DICOM Explicit VR file
 301    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 302
 303    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 304    {
 305       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 306                 << "           File is unwrittable\n";
 307    }
 308
 309    fileH->Delete();
 310
 311    delete[] pixels;
 312    return 1;
 313 }