Example/ReWriteExtended.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWriteExtended.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/07/13 08:17:20 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWriteExtended :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image using new features           ",
  31    "     (DO NOT use right now; checking no achieved !).                    ",
  32    "                                                                        ",
  33    " usage: ReWriteExtended filein=inputFileName fileout=outputFileName     ",
  34    "      filecontent = 1 : USER_OWN_IMAGE                                  ",
  35    "                  = 2 : FILTERED_IMAGE                                  ",
  36    "                  = 3 : CREATED_IMAGE                                   ",
  37    "                  = 4 : UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE                         ",
  38    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  39    "                                                                        ",
  40    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  41    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences        ",
  42    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  43    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  44    "        rgb      : user wants to transform LUT (if any) to RGB pixels   ",
  45    "        warning  : developper wants to run the program in 'warning mode'",
  46    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'  ",
  47    FINISH_USAGE
  48
  49    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  50    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  51
  52    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  53    {
  54       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  55       delete am;
  56       return 0;
  57    }
  58    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  59    if ( fileName == NULL )
  60    {
  61       std::cout << "'filein= ...' is mandatory" << std::endl;
  62       delete am;
  63       return 0;
  64    }
  65
  66    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  67    if ( outputFileName == NULL )
  68    {
  69       std::cout << "'fileout= ...' is mandatory" << std::endl;
  70       delete am;
  71       return 0;
  72    }
  73
  74    const char *mode = am->ArgMgrGetString("mode","X");
  75
  76    int filecontent =  am->ArgMgrGetInt("filecontent", GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
  77
  78    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  79    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  80       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
  81    else
  82    {
  83    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  84          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
  85       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  86          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
  87    }
  88
  89    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  90
  91    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  92       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  93
  94    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  95       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  96
  97     bool fail = false;
  98
  99    int *boundRoiVal;
 100    bool roi = false;
 101    if (am->ArgMgrDefined("roi"))
 102    {
 103       int nbRoiBound;
 104       boundRoiVal = am->ArgMgrGetListOfInt("roi", &nbRoiBound);
 105
 106       if (nbRoiBound !=4)
 107       {
 108         std::cout << "Illegal number of 'ROI' boundary values (expected : 4, found:"
 109                   << nbRoiBound << "); 'ROI' ignored" << std::endl;
 110         fail = true;
 111       }
 112       else
 113         roi = true;
 114    }
 115
 116    int beg = am->ArgMgrGetInt("firstFrame",-1);
 117    int end = am->ArgMgrGetInt("lastFrame",-1);
 118
 119    // if unused Params we give up
 120    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 121    {
 122       am->ArgMgrUsage(usage);
 123       delete am;
 124       return 0;
 125    }
 126
 127    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 128
 129    // ----------- End Arguments Manager ---------
 130
 131    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 132    f->SetLoadMode( loadMode );
 133    f->SetFileName( fileName );
 134    bool res = f->Load();
 135    if ( !res )
 136    {
 137       f->Delete();
 138       return 0;
 139    }
 140
 141    if (!f->IsReadable())
 142    {
 143        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 144        f->Delete();
 145        return 0;
 146    }
 147
 148    //std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 149    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 150    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 151    nX=f->GetXSize();
 152    nY=f->GetYSize();
 153    nZ=f->GetZSize();
 154    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 155
 156    pixelType    = f->GetPixelType();
 157    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 158    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 159
 160    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 161              << " SampleserPixel="      << sPP
 162              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 163              << " PhotometricInterpretation="
 164              << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 165              << std::endl;
 166
 167    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 168    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents
 169              <<std::endl;
 170    transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 171    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 172              << std::endl;
 173
 174    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 175    void *imageData;
 176    int dataSize;
 177
 178     int subImDimX = nX;
 179     int subImDimY = nY;
 180
 181     if (roi)
 182     {
 183     std::cout << " " << boundRoiVal[0] << " " <<  boundRoiVal[1] << " " << boundRoiVal[2] << " " <<
 184      boundRoiVal[3] <<std::endl;
 185       if (boundRoiVal[0]<0 || boundRoiVal[0]>=nX)
 186       {
 187          std::cout << "xBegin out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 188          fail = true;
 189       }
 190       if (boundRoiVal[1]<0 || boundRoiVal[1]>=nX)
 191       {
 192          std::cout << "xEnd out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 193          fail = true;
 194       }
 195       if (boundRoiVal[0] > boundRoiVal[1])
 196       {
 197          std::cout << "xBegin greater than xEnd; 'roi' ignored" << std::endl;
 198          fail = true;
 199       }
 200
 201       if (boundRoiVal[2]<0 || boundRoiVal[2]>=nY)
 202       {
 203          std::cout << "yBegin out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 204          fail = true;
 205       }
 206       if (boundRoiVal[3]<0 || boundRoiVal[3]>=nY)
 207       {
 208          std::cout << "yEnd out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 209          fail = true;
 210       }
 211       if (boundRoiVal[2] > boundRoiVal[3])
 212       {
 213          std::cout << "yBegin greater than yEnd; 'roi' ignored" << std::endl;
 214          fail = true;
 215       }
 216
 217    }
 218    else
 219    {
 220
 221      boundRoiVal = new int[4];
 222      boundRoiVal[0] = 0;
 223      boundRoiVal[1] = nX-1;
 224      boundRoiVal[2] = 0;
 225      boundRoiVal[3] = nY-1;
 226   }
 227
 228    subImDimX = boundRoiVal[1]-boundRoiVal[0]+1;
 229    subImDimY = boundRoiVal[3]-boundRoiVal[2]+1;
 230
 231    // =======================================================================
 232    if (rgb)
 233    {
 234       dataSize  = fh->GetImageDataSize();
 235       imageData = fh->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 236       fh->SetWriteModeToRGB();
 237    }
 238    else
 239    {
 240       dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 241       imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 242       fh->SetWriteModeToRaw();
 243    }
 244
 245    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 246    {
 247       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 248    }
 249
 250    // We trust user. (just an example; *never* trust an user !)
 251    fh->SetContentType((GDCM_NAME_SPACE::ImageContentType)filecontent);
 252
 253    /// \todo Here, give the detail of operations a 'decent' user should perform,
 254    ///       according to what *he* wants to do.
 255
 256    // an user shouldn't add images to a 'native' serie.
 257    // He is allowed to create his own Serie, within a 'native' Study :
 258    // if he wants to do so, he has to call GDCM_NAME_SPACE::Util::GetUniqueUID
 259    // only once for a given image set, belonging to a single 'user Serie'
 260
 261    std::string SerieInstanceUID;
 262    switch(filecontent)
 263    {
 264       case GDCM_NAME_SPACE::USER_OWN_IMAGE :
 265          SerieInstanceUID = GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 266          f->SetEntryString(SerieInstanceUID,0x0020,0x000e);
 267       break;
 268
 269       case GDCM_NAME_SPACE::FILTERED_IMAGE :
 270       /// \todo : to be finished!
 271       break;
 272
 273       case GDCM_NAME_SPACE::CREATED_IMAGE :
 274       /// \todo : to be finished!
 275       break;
 276
 277       case GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE :
 278       /// \todo : to be finished!
 279       break;
 280    }
 281
 282    switch (mode[0])
 283    {
 284       case 'A' :
 285       case 'a' :
 286       // Writting an ACR file
 287       // from a full gdcm readable File
 288          std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 289          fh->WriteAcr(outputFileName);
 290          break;
 291
 292       case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method
 293       case 'd' : //                             is known to be bugged.
 294       // Writting a DICOM Implicit VR file
 295       // from a full gdcm readable File
 296          std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 297          fh->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 298          break;
 299
 300       case 'X' :
 301       case 'x' :
 302       // writting a DICOM Explicit VR
 303       // from a full gdcm readable File
 304          std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 305          // fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 306          // Try this one :
 307          fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 308          fh->Write(outputFileName);
 309          break;
 310
 311       case 'R' :
 312       case 'r' :
 313       //  Writting a Raw File,
 314          std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 315          fh->WriteRawData(outputFileName);
 316          break;
 317
 318  // Just for fun :
 319  // Write a 'Video inverse' version of the file.
 320  // *Not* described, on purpose,  in the USAGE
 321       case 'V' :
 322       case 'v' :
 323          if ( fh->GetFile()->GetBitsAllocated() == 8)
 324          {
 325             std::cout << "videoinv for 8 bits" << std::endl;
 326             for (int i=0; i<dataSize; i++)
 327             {
 328                ((uint8_t*)imageData)[i] = 255 - ((uint8_t*)imageData)[i];
 329             }
 330          }
 331          else
 332          {
 333             std::cout << "videoinv for 16 bits" << std::endl;
 334             for (int i=0; i<dataSize/2; i++)
 335             {
 336                ((uint16_t*)imageData)[i] =  65535 - ((uint16_t*)imageData)[i];
 337             }
 338          }
 339          std::cout << "WriteDCM Explicit VR + VideoInv" << std::endl;
 340          fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 341          break;
 342    }
 343
 344    f->Delete();
 345    fh->Delete();
 346    return 0;
 347 }