Example/SingleFrames2Multiframe.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: SingleFrames2Multiframe.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/09/01 14:40:00 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmDocument.h"
  20 #include "gdcmSeqEntry.h"
  21 #include "gdcmSQItem.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23 #include "gdcmUtil.h"
  24
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmDirList.h"
  28 #include "gdcmGlobal.h"
  29 #include "gdcmDictSet.h"
  30 #include "gdcmArgMgr.h"
  31 #include "gdcmOrientation.h"
  32 #include <iostream>
  33
  34 #include <algorithm>
  35
  36 int main(int argc, char *argv[])
  37 {
  38
  39    START_USAGE(usage)
  40    " \n SingleFrames2Multiframe : \n                                          ",
  41    "   Converts a directory holding a set of SingleFrames to a Multiframe file",
  42    " usage: SingleFrames2Multiframe {dirin=inputDirectoryName}                ",
  43    "                        fileout=nomDuFichierMultiframe                    ",
  44
  45    "                       [debug] [warning]                                  ",
  46    "  studyUID   : *aware* user wants to add the serie                        ",
  47    "                                             to an already existing study ",
  48    "  serieUID   : *aware* user wants to give his own serie UID               ",
  49    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  50    "      warning    : user wants to be warned about any oddity in the File   ",
  51    FINISH_USAGE
  52
  53    // Initialize Arguments Manager
  54    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  55
  56    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  57    {
  58       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  59       delete am;
  60       return 1;
  61    }
  62
  63    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  64
  65    if  (dirName == 0 )
  66    {
  67       std::cerr << std::endl
  68         << "'dirin=' must be present;";
  69       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  70       delete am;
  71       return 1;
  72    }
  73
  74    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
  75    if  (outputFileName == 0 )
  76    {
  77       std::cerr << std::endl
  78         << "'fileout=' must be present;" ;
  79       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  80       delete am;
  81       return 1;
  82    }
  83
  84    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  85       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  86
  87    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  88       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  89
  90    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("studyUID") );
  91    const char *studyUID;
  92    if (userDefinedStudy)
  93       studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
  94
  95    // not described *on purpose* in the Usage !
  96    bool userDefinedSerie = ( 0 != am->ArgMgrDefined("serieUID") );
  97    const char *serieUID;
  98    if(userDefinedSerie)
  99       serieUID = am->ArgMgrGetString("serieUID");
 100
 101    /* if unused Param we give up */
 102    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 103    {
 104       am->ArgMgrUsage(usage);
 105       delete am;
 106       return 1;
 107    }
 108
 109    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 110
 111    // ----------- End Arguments Manager ---------
 112
 113
 114       GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirName,false); // gets recursively (or not) the file list
 115       GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 116       GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 117
 118       bool res;
 119
 120       if (fileList.size() == 0)
 121       {
 122          std::cout << "No file found in : [" << dirName << "]" << std::endl;
 123          exit(0);
 124       }
 125
 126       // Order on file name (no pertinent info within header for 'secondary capture storage' images
 127       //fileList.sort();
 128       std::sort( fileList.begin(), fileList.end() );
 129
 130       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 131       f->SetFileName( fileList[0].c_str() );
 132       res = f->Load();
 133
 134       // if first file is not gdcm-readable, we give up.
 135       // (maybe we should check *all* the files ...)
 136
 137       if (!res)
 138       {
 139             std::cout << "Cannot process file [" << fileList[0].c_str() << "]"
 140                       << std::endl;
 141             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 142                       << std::endl;
 143             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 144                       << std::endl;
 145             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 146                       << "to try to guess the pb"
 147                       << std::endl;
 148             f->Delete();
 149             exit(0);
 150       }
 151
 152       int nX   = f->GetXSize();
 153       int nY   = f->GetYSize();
 154       int nZ   = fileList.size();
 155       int pxSz = f->GetPixelSize();
 156       int sPP  = f->GetSamplesPerPixel();
 157
 158       std::string stud= f->GetEntryString(0x0020,0x000d );
 159       std::cout << "------------------------------------------------ Study UID " << stud << std::endl;
 160
 161
 162      std::cout << "First file nX " << nX << " nY " << nY << " nZ " << nZ << " pxSz " << pxSz << " sPP " << sPP << std::endl;
 163      std::cout << "Image size " << nX*nY*pxSz*sPP << std::endl;
 164
 165       char *imageBuffer; //   = new char[nX*nY*pxSz];
 166       char *globalBuffer = new char[nX*nY*nZ*pxSz*sPP];
 167
 168       int i = 0;  // image counter
 169       for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 170                                  it != fileList.end();
 171                                  ++it )
 172       {
 173          std::cout << std::endl<<" Start processing :[" << it->c_str() << "]"
 174                    << std::endl;
 175          f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 176          f->SetFileName( it->c_str() );
 177          res = f->Load();
 178
 179          if ( !res )
 180          {
 181             std::cout << "Cannot process file [" << it->c_str() << "]"
 182                       << std::endl;
 183             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 184                       << std::endl;
 185             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 186                       << std::endl;
 187             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 188                       << "to try to guess the pb"
 189                       << std::endl;
 190             f->Delete();
 191             continue;
 192          }
 193
 194          GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 195          imageBuffer = (char *)fh->GetImageData();
 196          int lgr     = fh->GetImageDataSize();
 197
 198       //  we check all the files are consistent with the first one
 199          if ( lgr != nX*nY*pxSz*sPP)
 200          {
 201             std::cout << "File : [" << it->c_str() << "] inconsistent with first one (lgr " <<  lgr  << " vs " << nX*nY*pxSz*sPP<< "); ignored!" << std::endl;
 202             continue;
 203          }
 204          else
 205
 206          {
 207             memcpy(globalBuffer+i*nX*nY*pxSz*sPP, imageBuffer, lgr );
 208             i++;
 209          }
 210          fh->Delete();
 211       }
 212
 213       GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh2 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New();
 214
 215    std::string strStudyUID;
 216    std::string strSerieUID;
 217
 218    if (userDefinedStudy)
 219       strSerieUID = studyUID;
 220    else
 221    {
 222       //strStudyUID = GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 223
 224       strStudyUID = stud;
 225    }
 226
 227    if (userDefinedSerie)
 228      strSerieUID = serieUID;
 229    else
 230       strSerieUID = GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 231
 232       char temp[64];
 233
 234       sprintf(temp, "%d", sPP);
 235       fh2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 236
 237       sprintf(temp, "%d", nY);
 238       fh2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Number of Rows
 239
 240       sprintf(temp, "%d", nX);
 241       fh2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Number of Columns
 242
 243       sprintf(temp, "%d", nZ);
 244       fh2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 245
 246       sprintf(temp, "%d", pxSz*8);
 247       fh2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 248
 249
 250
 251    // 'Study Instance UID'
 252    // The user is allowed to create his own Study,
 253    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 254    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 255    //          adding new Series to an already existing Study
 256
 257    fh2->InsertEntryString(strStudyUID,0x0020,0x000d,"UI");  //  Study UID
 258
 259    // 'Serie Instance UID'
 260    // The user is allowed to create his own Series,
 261    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
 262    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
 263    // but there is no way no to prevent him for doing that
 264
 265    fh2->InsertEntryString(strSerieUID,0x0020,0x000e,"UI");  //  Serie UID
 266
 267       // Set the image Pixel Data
 268       fh2->SetUserData((uint8_t *)globalBuffer, nX*nY*pxSz*sPP*nZ);
 269
 270       res = fh2->Write(outputFileName);
 271
 272       if(!res)
 273          std::cout <<"Fail to write [" << outputFileName << "]" <<std::endl;
 274
 275       f->Delete();
 276       fh2->Delete();
 277
 278       return 0;
 279 }