Example/SplitIntoXCoherentDirectories.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: SplitIntoXCoherentDirectories.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/03/29 07:35:58 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmSerieHelper.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include <iostream>
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25 #include "gdcmArgMgr.h"
  26 #include "gdcmDictSet.h"  // for GetName
  27 int main(int argc, char *argv[])
  28 {
  29
  30    START_USAGE(usage)
  31    "\n exXCoherentFileSet :\n                                                 ",
  32    "Shows the various 'XCoherent' Filesets within a directory                 ",
  33    "Optionaly copies the images in a Directories tree                         ",
  34    "usage: exXCoherentFileSet {dirin=inputDirectoryName}                      ",
  35    "                           dirout=outputDirectoryName                     ",
  36    "                       { tag=group-elem | pos | ori } [sort]              ",
  37    "                       [{ write | copy }] [studyUID = ]                   ",
  38    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  39    "                                                                          ",
  40    "       dirin : user wants to analyze *all* the files                      ",
  41    "                            within the directory                          ",
  42    "       copy  : user wants to copy the files into a directories tree       ",
  43    "       write : user wants to rewrite the files into a directories tree    ",
  44    "               each directory with the same 'Series Instance UID'         ",
  45    "       dirout : will be created if doesn't exist                          ",
  46    "       pos  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  47    "                         'Image Position '                                ",
  48    "       ori  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  49    "                         'Image Orientation '                             ",
  50    "       tag : group-elem    (in hexa, no space)                            ",
  51    "                       the user wants to split on                         ",
  52    "       sort :  user wants FileHelper to sort the images                   ",
  53    "               Warning : will probabely crash if sort has no meaning      ",
  54    "                (not only look at image names)                            ",
  55    "       studyUID   : *aware* user wants to add the serie                   ",
  56    "                                             to an already existing study ",
  57    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  58    "       debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'   ",
  59    FINISH_USAGE
  60
  61    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  62
  63    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  64
  65    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  66    {
  67       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  68       delete am;
  69       return 0;
  70    }
  71
  72    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  73       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  74
  75    int loadMode;
  76    int maxSize;
  77
  78    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  79    if (dirName == 0)
  80    {
  81        std::cout <<std::endl
  82                  << "'dirin=' must be present;"
  83                  <<  std::endl;
  84        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  85        delete am;
  86        return 0;
  87    }
  88
  89    const char *dirNameout;
  90    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",".");
  91
  92    bool pos  =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("pos") );
  93    bool ori  =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("ori") );
  94    bool sort =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("sort") );
  95    bool copy =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("copy") );
  96    bool write =   ( 0 != am->ArgMgrDefined("write") );
  97    bool verbose = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  98    bool tag     = ( 0 != am->ArgMgrDefined("tag") );
  99
 100    if( copy && write )
 101    {
 102       std::cout << "COPY and WRITE are mutually exclusive" << std::endl;
 103       delete am;
 104       return 0;
 105    }
 106
 107    if( (tag && (pos || ori)) || (pos && (tag || ori)) || (ori && (tag || pos)) )
 108    {
 109       std::cout << " POS, ORI and TAG are mutually exclusive" << std::endl;
 110       delete am;
 111       return 0;
 112    }
 113
 114    if( (!tag && !pos && !ori))
 115    {
 116       std::cout << " One of POS, ORI and TAG is mandatory!" << std::endl;
 117       delete am;
 118       return 0;
 119    }
 120    int nb;
 121    uint16_t *groupelem;
 122    if (tag)
 123    {
 124       groupelem = am->ArgMgrGetXInt16Enum("tag", &nb);
 125       if (nb != 1)
 126       {
 127          std::cout << "TAG : one and only one group,elem!" << std::endl;
 128          delete am;
 129          return 0;
 130       }
 131    }
 132
 133    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("userDefinedStudy") );
 134    const char *studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
 135
 136    /* if unused Param we give up */
 137    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 138    {
 139       am->ArgMgrUsage(usage);
 140       delete am;
 141       return 0;
 142    }
 143
 144    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 145
 146
 147    GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *s;
 148    s = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 149
 150    s->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL); // Load everything for each File
 151    s->SetDirectory(dirName, true);          // true : recursive exploration
 152
 153    GDCM_NAME_SPACE::DirList dirlist(dirName, true); // recursive exploration
 154    GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileNames = dirlist.GetFilenames();
 155    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = new GDCM_NAME_SPACE::FileList;
 156
 157    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 158 // Loop on all the gdcm-readable files
 159    for (GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it = fileNames.begin();
 160                                     it != fileNames.end();
 161                                   ++it)
 162    {
 163       if (verbose)
 164          std::cout << *it << std::endl;
 165
 166       if (write) {
 167          loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL; // load any DataElement
 168          maxSize  = 0x7fff;                  // load any length
 169       } else {
 170          loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW ;
 171          maxSize  = 0x0100;
 172       }
 173
 174       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 175       f->SetLoadMode(loadMode);
 176       f->SetMaxSizeLoadEntry(maxSize);
 177       f->SetFileName( *it );
 178       f->Load();
 179       l->push_back(f);
 180    }
 181
 182    std::string systemCommand;
 183    std::string filenameout;
 184    if (write || copy) {
 185       if (verbose)
 186          std::cout << "Check for output directory :[" << dirNameout << "]."
 187                    <<std::endl;
 188       if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirNameout) )    // dirout not found
 189       {
 190          std::string strDirNameout(dirNameout);          // to please gcc 4
 191          systemCommand = "mkdir " +strDirNameout;        // create it!
 192          if (verbose)
 193             std::cout << systemCommand << std::endl;
 194          system (systemCommand.c_str());
 195          if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirNameout) ) // be sure it worked
 196          {
 197              std::cout << "KO : not a dir : [" << dirNameout << "] (creation failure ?)"
 198                        << std::endl;
 199          return 0;
 200          }
 201          else
 202          {
 203             if (verbose)
 204                std::cout << "Directory [" << dirNameout << "] created." << std::endl;
 205          }
 206       }
 207       else
 208       {
 209          if (verbose)
 210             std::cout << "Output Directory [" << dirNameout
 211                       << "] already exists; Used as is."
 212                       << std::endl;
 213       }
 214    }
 215       // --> End of checking supposed-to-be-directory names
 216
 217    int nbFiles;
 218    std::string fileName;
 219
 220    // For all the Single SerieUID Files Sets of the GDCM_NAME_SPACE::Serie
 221
 222   // GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 223
 224    l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 225    if (l == NULL) {
 226       std::cout << "No Serie found ?!?" << std::endl;
 227       exit (0);
 228    }
 229
 230    GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap xcm;
 231
 232    std::string serieUID;
 233    std::string currentSerieWriteDir = "";
 234    std::string xCoherentWriteDir = "";
 235    std::string xCoherentName = "";
 236    std::string serieDirectory;
 237    std::string lastFilename;
 238    std::string rep("_");
 239    int controlCount = 0;
 240
 241    // 'Study Instance UID'
 242    // The user is allowed to create his own Study,
 243    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 244    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 245    //          adding new Series to an already existing Study
 246    std::string strStudyUID;
 247    if (write) {
 248       if ( !userDefinedStudy )
 249          strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 250       else
 251          strStudyUID = studyUID;
 252    }
 253
 254    while (l) // for each 'Single SerieUID FileSet' //===> Ignore 'Serie UID"
 255    {
 256  currentSerieWriteDir = "";
 257       nbFiles = l->size() ;
 258       if ( l->size() > 2 ) // ignore a Directory with less than 2 images.
 259                            // Why not ? Just an example, for testing!
 260       {
 261           // Just not to make too many modif in the code
 262           //serieUID = "SingleSerie"; // s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID();
 263           serieUID = s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID();
 264
 265           GDCM_NAME_SPACE::Util::ReplaceSpecChar(serieUID, rep);
 266
 267           // --- for write
 268           if (write || copy)
 269           {
 270              currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + dirNameout;
 271              unsigned int l = strlen(dirNameout)-1;
 272              if ( dirNameout[l] != '/'  &&  dirNameout[l] != '\\')
 273                 currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR;
 274
 275              currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + serieUID;
 276              if (verbose)
 277                 std::cout << "[" << currentSerieWriteDir<< "]" << std::endl;
 278             // if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(currentSerieWriteDir) )
 279              {
 280                 systemCommand   = "mkdir " + currentSerieWriteDir;
 281                 system( systemCommand.c_str());
 282                 if (verbose)
 283                    std::cout <<  "1 " <<systemCommand << std::endl;
 284              }
 285          }
 286           // --- end for write
 287
 288          std::cout << "Split the 'Single SerieUID' FileSet :["
 289                    << serieUID
 290                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 291          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 292
 293          if (ori)
 294             xcm = s->SplitOnOrientation(l);
 295          else if (pos)
 296             xcm = s->SplitOnPosition(l);
 297          else if (groupelem != 0) {
 298          // Crashes if DataElement not found
 299          //std:: cout << GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(groupelem[0],groupelem[1])->GetName() << std::endl;
 300
 301             xcm = s->SplitOnTagValue(l, groupelem[0],groupelem[1] );
 302          }
 303
 304          GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh;
 305
 306          for (GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap::iterator i = xcm.begin();
 307                                                   i != xcm.end();
 308                                                 ++i)
 309          {
 310             xCoherentName = (*i).first;
 311             if (verbose)
 312                std::cout << "==========================================xCoherentName = " << xCoherentName << std::endl;
 313              GDCM_NAME_SPACE::Util::ReplaceSpecChar(xCoherentName, rep);
 314              // --- for write
 315              if (write || copy)
 316              {
 317                 xCoherentWriteDir = currentSerieWriteDir + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR+ xCoherentName;
 318                // if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(xCoherentWriteDir) )
 319                 {
 320                    systemCommand   = "mkdir " + xCoherentWriteDir;
 321                    system( systemCommand.c_str());
 322                    if (verbose)
 323                       std::cout << "2 " << systemCommand << std::endl;
 324                 }
 325             }
 326             // --- end for write
 327
 328             if (ori)
 329                std::cout << "Orientation : ";
 330             else if (pos)
 331                std::cout << "Position : ";
 332             else if (groupelem != 0)
 333                std::cout << "Tag (" << std::hex << groupelem[0]
 334                          << "|" << groupelem[1] << ") value : ";
 335             std::cout << "[" << (*i).first << "]" << std::endl;
 336
 337             if (verbose)
 338                std::cout << "xCoherentName [" << xCoherentName << "]" << std::endl;
 339
 340            // Within a 'just to see' program,
 341            // OrderFileList() causes trouble, since some files
 342            // (eg:MIP views) don't have 'Position', now considered as mandatory
 343            // --> Activated on user demand.
 344
 345            if (sort) {
 346               s->OrderFileList((*i).second);  // sort the XCoherent Fileset
 347               std::cout << "ZSpacing for the file set " << s->GetZSpacing()
 348                         << std::endl;
 349            }
 350
 351             std::string strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 352
 353             for (GDCM_NAME_SPACE::FileList::iterator it2 =  ((*i).second)->begin();
 354                                           it2 != ((*i).second)->end();
 355                                         ++it2)
 356             {
 357                controlCount ++;
 358                fileName = (*it2)->GetFileName();
 359                // --- for write
 360                lastFilename =  GDCM_NAME_SPACE::Util::GetName( fileName );
 361                filenameout = xCoherentWriteDir  + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR+ lastFilename;
 362                if (write)
 363                {
 364                   fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( (*it2) );
 365                   fh->SetKeepOverlays( true );
 366                   fh->InsertEntryString(strSerieUID,0x0020,0x000e,"UI");
 367                   unsigned int dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 368                   uint8_t *imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important : Loads the Pixels in memory !
 369                   if (!imageData)
 370                      std::cout << "fail to read [" << (*it2)->GetFileName() << std::endl;
 371                   fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 372                   fh->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 373                   if (!fh->Write(filenameout))
 374                   {
 375                      std::cout << "Fail to write :[" << filenameout << "]"
 376                                << std::endl;
 377                   }
 378                   fh->Delete();
 379                }
 380                else if (copy)
 381                {
 382                    systemCommand   = "cp " + fileName + " " + filenameout;
 383                    system( systemCommand.c_str());
 384                }
 385                if (verbose)
 386                      std::cout << "3 " << systemCommand << std::endl;
 387             }
 388          }
 389          std::cout << std::endl;
 390       }
 391       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 392    }
 393
 394    if ( controlCount == 0 )
 395       std::cout << "No suitable file was found!" << std::endl;
 396
 397    s->Delete();
 398    return 0;
 399 }