Example/exCurveData.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exCurveData.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/03/10 14:30:08 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include "gdcmDataEntry.h"
  24
  25 static const char* TypeOfDataArrays[13][2] = {
  26     { "TAC" , "time activity curve" },
  27     { "PROF" , "image profile" },
  28     { "HIST" , "histogram" },
  29     { "ROI" , "polygraphic region of interest" },
  30     { "TABL" , "table of values" },
  31     { "FILT" , "filter kernel" },
  32     { "POLY" , "poly line" },
  33     { "ECG" , "ecg data" },
  34     { "PRESSURE" , "pressure data" },
  35     { "FLOW" , "flow data" },
  36     { "PHYSIO" , "physio data" },
  37     { "RESP" , "Respiration trace" },
  38     { NULL, NULL }
  39 };
  40
  41 // Part 3, C.10.2.1.1 Type of data
  42 // Convert from acronym to full description
  43 const char *ConvertTypeOfData(std::string const &type)
  44 {
  45   const char **p = *TypeOfDataArrays;
  46   while(*p != NULL)
  47     {
  48     if( strncmp(p[0], type.c_str(), strlen(p[0])) == 0 ) // std::string== operator
  49       {
  50       // ok we found it:
  51       return p[1];
  52       }
  53     p+=2;
  54     }
  55   return NULL;
  56 }
  57
  58 // Helper function
  59 template<class DataValueRepresentation>
  60 inline size_t PrintCurveData(DataValueRepresentation* data, unsigned short numPts)
  61 {
  62    for(unsigned int i=0; i<numPts;++i)
  63      {
  64      std::cout << "Pt(" << i <<  ") = " << data[i] << std::endl;
  65      }
  66
  67    // ok this is ugly but I need the size outside of the function
  68    return sizeof(DataValueRepresentation);
  69 }
  70
  71 template <int datarep> struct DataRepToType;
  72 template<> struct DataRepToType<0> { typedef unsigned short Type; };
  73 template<> struct DataRepToType<1> { typedef signed short Type; };
  74 template<> struct DataRepToType<2> { typedef float Type; };
  75 template<> struct DataRepToType<3> { typedef double Type; };
  76 template<> struct DataRepToType<4> { typedef signed long Type; };
  77
  78 /*
  79  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  80  * V 5004|0000 [UL]                  [Group Length] [1998] x(7ce)
  81  * V 5004|0005 [US]              [Curve Dimensions] [1] x(1)
  82  * V 5004|0010 [US]              [Number of Points] [969] x(3c9)
  83  * V 5004|0020 [CS]                  [Type of Data] [PHYSIO]
  84  * V 5004|0022 [LO]             [Curve Description] []
  85  * V 5004|0103 [US]     [Data Value Representation] [0] x(0)
  86  * B 5004|3000 [OW]                    [Curve Data] [GDCM_NAME_SPACE::Binary data loaded;length = 1938]
  87  */
  88
  89 int main(int argc, char *argv[])
  90 {
  91    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  92
  93    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  94    std::cout << "Gets the 'Curve Data' from a full gdcm-readable DICOM " << std::endl;
  95    std::cout << "(Note :  we just have ONE image : "
  96              << "GE_DLX-8-MONO2-Multiframe.dcm"
  97              << std::endl;
  98    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  99
 100    std::string fileName;
 101    if( argc > 1 )
 102       fileName = argv[1];
 103    else
 104       fileName = "GE_DLX-8-MONO2-Multiframe.dcm";
 105
 106    std::cout << fileName << std::endl;
 107 // ============================================================
 108 //   Read the input image.
 109 // ============================================================
 110
 111    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 112
 113    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 114    f->SetFileName( fileName );
 115    f->SetMaxSizeLoadEntry(0xffff);
 116    bool res = f->Load();
 117
 118    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 119    {
 120       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 121       f->Print();
 122       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 123    }
 124    if (!res) {
 125        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 126            << "DICOM / ACR File"
 127            <<std::endl;
 128       f->Delete();
 129       return 1;
 130    }
 131    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 132
 133 // ============================================================
 134 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 135 // ============================================================
 136
 137    const uint16_t curvedatagroup = 0x5000;
 138    //* B 5004|3000 [OW]                    [Curve Data] [GDCM_NAME_SPACE::Binary data loaded;length = 1938]
 139    std::string curve_data_str = f->GetEntryString(curvedatagroup, 0x3000);
 140    if (curve_data_str == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND)
 141    {
 142       std::cout << " Image doesn't contain any Curve Data" << std::endl;
 143       f->Delete();
 144       return 1;
 145    }
 146    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 147
 148
 149 // ============================================================
 150 //   Load the Curve Data in memory.
 151 // ============================================================
 152   std::istringstream convert;
 153  //* V 5004|0005 [US]              [Curve Dimensions] [1] x(1)
 154    std::string curve_dim_str = f->GetEntryString(curvedatagroup,0x0005);
 155    unsigned short curve_dim;
 156    convert.str(curve_dim_str);
 157    convert >> curve_dim;
 158    std::cout << "Curve Dimensions: " << curve_dim << std::endl;
 159  //* V 5004|0010 [US]              [Number of Points] [969] x(3c9)
 160    std::string num_points_str = f->GetEntryString(curvedatagroup,0x0010);
 161    unsigned short num_points;
 162    convert.clear(); //important
 163    convert.str(num_points_str);
 164    convert >> num_points;
 165    std::cout << "Number of Points: " << num_points << std::endl;
 166  //* V 5004|0020 [CS]                  [Type of Data] [PHYSIO]
 167    std::string data_type = f->GetEntryString(curvedatagroup,0x0020);
 168    std::cout << "Type of Data: " << data_type << std::endl;
 169    const char *datatype = ConvertTypeOfData(data_type);
 170    std::cout << " this is thus a : " << (datatype ? datatype : "") << std::endl;
 171  //* V 5004|0022 [LO]             [Curve Description] []
 172    std::string curve_desc = f->GetEntryString(curvedatagroup,0x0022);
 173    std::cout << "Curve Description: " << curve_desc << std::endl;
 174  //* V 5004|0103 [US]     [Data Value Representation] [0] x(0)
 175    std::string data_rep_str = f->GetEntryString(curvedatagroup,0x0103);
 176    unsigned short data_rep;
 177    convert.clear(); //important
 178    convert.str(data_rep_str);
 179    convert >> data_rep;
 180
 181
 182    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *pCurveDataDoc = f->GetDocEntry(curvedatagroup, 0x3000);
 183    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *pCurveData = dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *>(pCurveDataDoc);
 184    uint8_t *curve_data = pCurveData->GetBinArea();
 185
 186    // From Part3, C.10.2.1.2 Data value representation (p668)
 187    size_t sz;
 188    int sizeofdatarep = 0;
 189    switch( data_rep)
 190    {
 191       case 0:
 192          sz = PrintCurveData((DataRepToType<0>::Type*)(curve_data), num_points);
 193          sizeofdatarep = sizeof( DataRepToType<0>::Type );
 194          break;
 195       case 1:
 196          sz = PrintCurveData((DataRepToType<1>::Type*)(curve_data), num_points);
 197          sizeofdatarep = sizeof( DataRepToType<1>::Type );
 198          break;
 199       case 2:
 200          sz = PrintCurveData((DataRepToType<2>::Type*)(curve_data), num_points);
 201          sizeofdatarep = sizeof( DataRepToType<2>::Type );
 202          break;
 203       case 3:
 204          sz = PrintCurveData((DataRepToType<3>::Type*)(curve_data), num_points);
 205          sizeofdatarep = sizeof( DataRepToType<3>::Type );
 206          break;
 207       case 4:
 208          sz = PrintCurveData((DataRepToType<4>::Type*)(curve_data), num_points);
 209          sizeofdatarep = sizeof( DataRepToType<4>::Type );
 210          break;
 211       default:
 212          std::cerr << "Error don't know the type: " << data_rep_str << std::endl;
 213          f->Delete();
 214          return 1;
 215    }
 216    // Just to make sure that values read are consistant and we won't read out of bound data:
 217    //assert( sz*num_points*sizeofdatarep == pCurveData->GetLength());
 218
 219    // Write out the data as a file:
 220    //std::ofstream o("/tmp/curve_data.raw");
 221    //o.write((char*)curve_data, num_points*sz);
 222    //o.close();
 223
 224    f->Delete();
 225    return 0;
 226 }
 227
 228