TODO

   1 -----------------------------------------------------------------------------
   2 Proposed Template of an entry in this TODO:
   3 (Note: Date is the date of registering of first demand.)
   4
   5 -------------
   6 Description:
   7 Date:
   8 Attributed:
   9 Details:
  10 Comments:
  11 -------------
  12
  13 -----------------------------------------------------------------------------
  14 Description: Problem with PrintFile and OB field
  15 Date: 2005 Dec 30
  16 Attributed: Mathieu
  17 Details:
  18   Doing a PrintFile on RickAvila DataSet we get:
  19 D 0043|1028 lg :        x(2)        2 Off.:      x(bb2)     2994 [OB]                                                  [Unique image iden] [00]
  20 Whereas hexedit shows 3030 ??
  21 -----------------------------------------------------------------------------
  22 Description: Make sure that that gdcm lib can be dlopen'ed/dlclose
  23 Date: 2005 Sep 14
  24 Attributed: Mathieu
  25 Details:
  26   As reported in ITK mailing list, the global symbols are completely
  27   skrewed up in gdcm, preventing one to dlopen/dlclose gdcm lib.
  28   -> Need to add a nighlty test
  29   -> Need to write the code :(
  30 -----------------------------------------------------------------------------
  31 Description: Add testing of valid dictionary
  32 Date: 2005 Aug 31
  33 Attributed: Mathieu
  34 Details:
  35 Since that now private/shadow dictionary are available
  36 it would be nice to start implementing an automatic mode of loading
  37 those dictionary as we read the public one.
  38 Comments: It shouldn't be too difficult to 'manualy' ask memory merging
  39           of a Private Dict into the public one (I can do it soon).
  40                          Automatic recognition of the Private Dict to be used seems hopeless.
  41 -----------------------------------------------------------------------------
  42 Description: gdcm::SerieHelper / UID / set of rules
  43 Date: 2005 Aug 30
  44 Attributed: Mathieu
  45 Details:
  46   gdcm::SerieHelper now offer a mechanism to add rules to sub select image
  47 as we iterate over them within a subdirectory structure. But what if UID was too
  48 restrictive ? Therefore UID subselection become only a good default rule, which
  49 should ideally be removed when user need a specific task.
  50 Comments:
  51 -----------------------------------------------------------------------------
  52 Description: Add testing of valid dictionary
  53 Date: 2005 Aug 29
  54 Attributed: Mathieu
  55 Details:
  56 It is potentially possible that user modifies the dictionary that gdcm provides
  57 and this is also possible that the dictionary generated from pdf is buggy
  58 (see 2001,xx5F. VR = SQ, VM = 1-n, from
  59 www.medical.philips.com/main/company/connectivity/assets/docs/dicomcs/mr91.pdf)
  60 Therefore gdcm should check for any typo, and report it (if possible)
  61 Comments:
  62 -----------------------------------------------------------------------------
  63 Description: Add kwsys as a subdir somewhere in gdcm
  64 Date: 2004 Oct 8
  65 Attributed: Mathieu
  66 Details:
  67   kwsys is a lightweight library developped by kitware, used in project like
  68 ITK, VTK, CMake and ParaView. It runs and compile on almost any plateform with c++
  69 compiler. And it provide a cross plateform approach to any kind of system call
  70 (executing a process, killing a process, realpath, filename/directory management ...)
  71 Comments:
  72    * jpr : what does 'kwsys' stand for?
  73 -----------------------------------------------------------------------------
  74 Description: Extent reading support
  75 Date: 2004 Oct 8
  76 Attributed: Mathieu
  77 Details:
  78 Comments: All ITK/VTK readers support selecting extent. gdcm should support
  79 selecting extent before being inserted into ITK
  80 -----------------------------------------------------------------------------
  81 Description: gdcmDicomDir and SQItem creation
  82 Date: 2004 Nov 16
  83 Attributed:
  84 Details: DicomDir creates some SQItem (by new). Then, it creates
  85   the corresponding DicomDirPatient, etc. using the content of the SQItem
  86   (the content is composed with some DocEntry's that can't be destroyed).
  87   So, if the SQItem is deleted, then it's content is deleted to. But the
  88   DicomDirPatient, etc. use the content of the SQItem. Then, the SQItem can't
  89   be deleted, and when have memory leaks
  90 Comments :
  91    * JPR : Fixed
  92 -----------------------------------------------------------------------------
  93 Description: [BUG] Better handling of unfound Dicom dictionary.
  94              When gdcm doesn't find the Dicom dictionary (because it's
  95              path to the directory of dictionary is uncorrect, either
  96              because the install relative layout was broken after file moves
  97              or because the environnement variable GDCM_DICT_PATH is
  98              unpropely set), gdcm will:
  99              1/ print a warning
 100              2/ throw an exception (that is internaly UNcatched by gdcm)
 101                 that in most cases provoques the caller application to
 102                 exit uncleanly (uncatched excpetions in fine call abort() ).
 103              Additionaly on Win32 the warning print isn't displayed because
 104              exiting occurs prior to cerr or cout is flushed properly.
 105 Date: 2004 Oct 15
 106 Attributed:
 107 Details: fixes (from dirty to clean)
 108          1/ force Win32 to flush it's buffer so at least the user gets some
 109             reason why it's application exited (when called in command
 110             environement). Note: it looks like the "cerr << flush" fails. Sigh.
 111          2/ within gdcm catch the exception, display a decent warning, and
 112             return to caller.
 113          3/ see the comment below on how to enhance the API and fix things
 114             really cleanly.
 115 Comments: ENH proposal:
 116           The caller migth not be aware of the path to the dictionaries
 117           on invocation of gdcm (think this path is set by the Interface
 118           because the caller wants to skip the default gdcm dictionary in order
 119           to provide his own ones e.g. another language based one).
 120              Hence, gdcm should postpone the parsing of the default dictionary
 121           instead of doing it on library entry.
 122           This would enable two things:
 123            - It would give a chance to the caller to set the path to
 124              the dictionaries he whishes to use, through a call to
 125              newly created DictSet::SetDictionaryPath( string ).
 126            - It would avoid the burden of using the GDCM_DICT_PATH
 127              environnement variable and enable GDCM CONTROL FROM WITHIN
 128              THE API. Optionaly, if the caller didn't use the API to
 129              provide his prefered path, gdcm could still default to
 130              GDCM_DICT_PATH...
 131 -----------------------------------------------------------------------------
 132 Description: vtk/vtkGdcmReader doesn't positionate the normal to the image
 133 Date: 2004 Oct 1
 134 Attributed:
 135 Details: vtkGdcmReader::CheckFileCoherence() sets the DataOrigin[i]
 136          but doesn't set the plane (image seen in 3D) normal (is it
 137          possible any how). This plane normal could be extracted from
 138          the "orientation" info of the gdcmHeader ( refer to
 139          grep "Orientation" Dicts/dicomV3.dic).
 140          Problem exhibiting this defect: cine loop on a stack of images
 141                whose Origin is correct, but whose normal is not set will
 142                plainly suck !
 143 Comments:
 144         * vtkGdcmReader inherits from vtkImageReader which aggregates
 145           a vtkTranform. vtkGdcmReader could store (when the user requires
 146           it, see below) the origin/normal taken from the Dicom Header
 147           within this vtkTransform (looks like a natural place to store
 148           this spacial information).
 149         * Both settings of the origin and/OR the normal of the plane (image)
 150           should be an option defined with a flag (On/Off) in the
 151           vtkGdcmReader...
 152 -----------------------------------------------------------------------------
 153 Description: test the private dictionary part.
 154 Date: 2004 Sep 24
 155 Attributed:
 156 Details:
 157 Comments:
 158  * Frog: where can we obtain such a private/dictionary and the corresponding
 159          Dicom file ? Any examples on-line ?
 160  * jpr : some are in gdcm/Dicts (built from pdf documents found on constructors'
 161         www sites.
 162         When we check them against existing images, we see the are uncomplete
 163         and unaccurate ...
 164 -----------------------------------------------------------------------------
 165 Description: generate methods based on VM.
 166 Date: 2004 Jul 30
 167 Attributed:
 168 Details:
 169  * cmake should parse le DICOM dictionary to generate methods like
 170    gdcm???::SetImagePosition(int, int)
 171    {
 172      //generated content do not edit
 173      ...
 174    }
 175    gdcm???::SetImageNumber(int)
 176    {
 177      //generated content do not edit
 178      ...
 179    }
 180 Comments:
 181  * Regrain: a dicom dictionary entry name is NOT UNIQUE [this means
 182      two tags=(group, element) can share the same name].
 183      What should the wrapper do in such a case !?
 184  * Frog: what does VM stand for ?
 185  * VM = Value Multiplicity
 186 -----------------------------------------------------------------------------
 187 Description: Add information on supported imagers (constructor/model)
 188 Date: 2004 9 7
 189 Attributed:
 190 Details: in order to promote gdcm make a list (on the web pages)
 191          of images successfully parsed based on a constructor/model ordering
 192 Comments:
 193  * frog: gdcmData only lists pathological images. How to collect
 194          the ones gdcm works smoothly with (hopefully gdcmData is a small
 195          subset of what we would like).
 196   * jpr : gdcmData contains images that caus*ed* us some troubles.
 197           the aim of gdcm is to read *all* the images, from *all* the
 198           constructors and *all* the models.
 199           Better we do a 'gdcm Dicom Hall of Shame' with bugged header images,
 200           explaining *why* the header is bugged.
 201 -----------------------------------------------------------------------------
 202 Description: Add a GetVersion() global function.
 203 Date: 2003 july 7
 204 Attributed:
 205 Details: This is to be used for version assertion with gdcmPython
 206 Comments: Done (August 2005)
 207 -----------------------------------------------------------------------------
 208 * vtk/vtkGdcmHeader.cxx: if speed becomes a concern some changes can
 209   be made at the cost of memory consumption (refer to header of
 210   vtk/vtkGdcmHeader.cxx)
 211 -----------------------------------------------------------------------------
 212 * gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber IMNSHO should be trashed.
 213   It's only purpose is a onliner substitute to calling GetElValueByNumber
 214   and then SetLength. This only obfuscates the caller code more than
 215   clarifying it.
 216   Besides the definition of gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber itself
 217   it quite poor since it is a almost exact copy of
 218   gdcmElValSet::GetElValueByNumber except for the returned code.
 219   gdcmHeader::SetPubElValLengthByNumber (which is based on
 220   gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber) is used nowhere...
 221 Comments:
 222    * jpr : all the methods SetxxxByName were trashed.
 223            all the methods SetxxxByNumber were renamed
 224            A general method clean out was performed
 225 -----------------------------------------------------------------------------
 226 * All (or at least many of) the methods of gdcmHeader whose only arguments
 227   are an ElValue* (e.g.  FindLength, FindVR, LoadElementValue...) can
 228   be moved away to ElValue class on condition of transmitting the
 229   gdcmHeader.fp attribute. This change should be considered since it
 230   would allow those method to avoid artificial calls to ElValue::GetElement(),
 231   ElValue::GetVR()...
 232 -----------------------------------------------------------------------------
 233 * Group length is not a unique tag in a file. Hence avoid putting it
 234   in the element values dictionary without doing something smarter
 235   (say, instead of storing the length store the group and the length
 236    so we can related a length to a group).
 237 -----------------------------------------------------------------------------
 238 * GetPubElValByNumber doit faire la difference entre chaine vide
 239   et chaine pas trouve'e. Eventuellement raiser une exception ?
 240 -----------------------------------------------------------------------------
 241 * gdcmHeader::LoadElements only loads the element whose length is
 242   below the specified size. When accessing the value of such an element
 243   the content is unfound ! Find a decent way of loading the value on
 244   explicit demand.
 245 -----------------------------------------------------------------------------
 246 * JPR: supply a method that only reads/loads (?) the Dicom elements
 247   given as a list(?).
 248 -----------------------------------------------------------------------------
 249 * JPR: gdcmHeader::CheckSwap() dans le cas ACR pas propre, degager tout de
 250   suite si on a deduit que c'en est pas...
 251 -----------------------------------------------------------------------------
 252 * python /usr/lib/python2.2/site-packages/DaVaW/demo/dvwDcmReader.py
 253   and load image /home/frog/cvs/DCMlib/Data/CT-MONO2-16-ankle.dcm
 254   will yield wrong coloring scheme as opposed to
 255   affim filein=/home/frog/cvs/DCMlib/Data/CT-MONO2-16-ankle.dcm
 256 -----------------------------------------------------------------------------
 257 * gdcmFile should implement the following API:
 258    gdcmFile WriteDicom;
 259    WriteDicom.SetFileName("MyDicomFile.dcm");
 260    string * AllTags = gdcmHeader.GetDcmTagNames();
 261    WriteDicom.SetDcmTag(AllTags[5], "253");
 262    WriteDicom.SetDcmTag("Patient Name", "bozo");
 263    WriteDicom.SetDcmTag("Patient Name", "bozo");
 264    WriteDicom.SetImageData(Image);
 265    WriteDicom.Write();
 266
 267    Anonymize(ostream& output) {
 268       a = gdcmFile("toto1");
 269       a.SetPubValueByName("Patient Name", "");
 270       a.SetPubValueByName("Date", "");
 271       a.SetPubValueByName("Study Date", "");
 272       a.write(output);
 273    }
 274 -----------------------------------------------------------------------------
 275