src/gdcmDocument.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/04/27 13:40:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.155 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef _GDCMDOCUMENT_H_
  20 #define _GDCMDOCUMENT_H_
  21
  22 #include "gdcmVR.h"
  23 #include "gdcmDict.h"
  24 #include "gdcmElementSet.h"
  25 #include "gdcmException.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"  // for LEGACY
  27 #include "gdcmCommandManager.h"
  28
  29 #include <map>
  30 #include <list>
  31 #include <fstream>
  32
  33 namespace GDCM_NAME_SPACE
  34 {
  35 class SeqEntry;
  36 class Dict;
  37
  38 //-----------------------------------------------------------------------------
  39 /**
  40  * \brief Derived by both GDCM_NAME_SPACE::File and GDCM_NAME_SPACE::DicomDir
  41  */
  42 class GDCM_EXPORT Document : public ElementSet
  43 {
  44    gdcmTypeMacro(Document);
  45
  46 public:
  47    typedef std::list<DicomElement> ListElements;
  48
  49 // Loading
  50    //Deprecated : use SetFileName() + Load()
  51 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
  52 //   virtual bool Load( std::string const &filename );
  53 //#endif
  54    virtual bool Load( );
  55
  56 // Dictionaries
  57    Dict *GetPubDict();
  58    Dict *GetShaDict();
  59    bool SetShaDict(Dict *dict);
  60    bool SetShaDict(DictKey const &dictName);
  61
  62 // Informations contained in the GDCM_NAME_SPACE::Document
  63    bool IsParsable();
  64    virtual bool IsReadable();
  65    bool IsDicomV3();
  66    bool IsPapyrus();
  67    FileType GetFileType();
  68    std::string GetTransferSyntax();
  69    /// Return the Transfer Syntax as a string
  70    std::string GetTransferSyntaxName();
  71
  72 // Swap code
  73    /// 'Swap code' accessor (see  SwapCode )
  74    int GetSwapCode() { return SwapCode; }
  75
  76 // File I/O
  77    /// Accessor to  Filename
  78    const std::string &GetFileName() const { return Filename; }
  79    /// Accessor to  Filename
  80    virtual void SetFileName(std::string const &fileName)
  81                    { if (Filename != fileName)
  82                         Filename = fileName, IsDocumentModified = true; }
  83
  84    std::ifstream *OpenFile();
  85    bool CloseFile();
  86    void WriteContent( std::ofstream *fp, FileType type, bool insideMetaElements, bool insideSequence );
  87
  88 // Data entries
  89    virtual void LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem);
  90    virtual void LoadEntryBinArea(DataEntry *entry);
  91
  92    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
  93    void AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
  94
  95 // Ordering of Documents
  96    bool operator<(Document &document);
  97
  98 /**
  99  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
 100  *        LD_NOSEQ, LD_NOSHADOW, LD_NOSHADOWSEQ
 101  ... (nothing more, right now)
 102  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 103  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 104  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 105  * @param   mode Load mode to be used
 106  */
 107    void SetLoadMode (int mode) {
 108    //if (LoadMode != mode)
 109    //    LoadMode=mode, IsDocumentModified = true;
 110
 111    // fix definitively any misuse of LoadMode !
 112    LoadMode = 0;
 113 }
 114
 115 protected:
 116 // Methods
 117    // Constructor and destructor are protected to forbid end user
 118    // to instanciate from this class Document (only GDCM_NAME_SPACE::File and
 119    // GDCM_NAME_SPACE::DicomDir are meaningfull).
 120    Document();
 121    virtual ~Document();
 122
 123    virtual void CallStartMethod();
 124    virtual void CallProgressMethod();
 125    virtual void CallEndMethod();
 126
 127    uint16_t ReadInt16() throw ( FormatError );
 128    uint32_t ReadInt32() throw ( FormatError );
 129
 130    /// \brief skips bytes inside the source file
 131    void     SkipBytes(uint32_t nBytes) { Fp->seekg((long)nBytes, std::ios::cur);}
 132    int ComputeGroup0002Length( );
 133
 134 // Variables
 135    /// Refering underlying filename.
 136    std::string Filename;
 137
 138    /// \brief Swap code gives an information on the byte order of a
 139    ///  supposed to be an int32, as it's read on disc
 140    /// (depending on the image Transfer Syntax *and* on the processor endianess)
 141    /// as opposed as it should in memory to be dealt as an int32.
 142    /// For instance :
 143    /// - a 'Little Endian' image, read with a little endian processor
 144    /// will have a SwapCode= 1234 (the order is OK; nothing to do)
 145    /// - a 'Little Endian' image, read with a big endian procesor
 146    /// will have a SwapCode= 4321 (the order is wrong; int32 an int16 must be
 147    /// swapped)
 148    /// note : values 2143, 4321, 3412 remain for the ACR-NEMA time, and
 149    /// the well known 'Bad Big Endian' and 'Bad Little Endian' codes
 150    int SwapCode;
 151
 152    ///\brief whether we already parsed group 0002 (Meta Elements)
 153    bool Group0002Parsed;
 154
 155    ///\brief whether file has a DCM Preamble
 156    bool HasDCMPreamble;
 157
 158    /// File Pointer, opened during Document parsing.
 159    std::ifstream *Fp;
 160
 161    /// ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 162    FileType Filetype;
 163
 164    /// After opening the file, we read HEADER_LENGTH_TO_READ bytes.
 165    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 166    /// \brief Elements whose value is longer than MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
 167    /// are NOT loaded.
 168    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 169
 170    /// User supplied list of elements to Anonymize
 171    ListElements UserAnonymizeList;
 172
 173    /// User supplied list of elements to force Load
 174    ListElements UserForceLoadList;
 175
 176    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 177    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 178    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 179    ///        Probabely, some more to add
 180    int LoadMode;
 181
 182    /// \brief Whether the GDCM_NAME_SPACE::Document is already parsed/loaded :
 183    /// False from the creation of the GDCM_NAME_SPACE::Document untill
 184    ///   GDCM_NAME_SPACE::Document:Load()
 185    bool IsDocumentAlreadyLoaded; // FIXME : probabely useless now
 186
 187    /// Whether the GDCM_NAME_SPACE::Document was modified since the last Load()
 188    bool IsDocumentModified;
 189
 190 private:
 191 // Methods
 192    void Initialize();
 193    bool DoTheLoadingDocumentJob();
 194
 195       // System access (meaning endian related !?)
 196    void ReadBegBuffer(size_t l) throw ( FormatError );
 197    uint16_t SwapShort(uint16_t);
 198    uint32_t SwapLong(uint32_t);
 199    double SwapDouble(double);
 200    /// \brief  Unswaps back the bytes of 2-bytes long integer
 201    ///         so they agree with the processor order.
 202    uint16_t UnswapShort(uint16_t a) { return SwapShort(a);}
 203    /// \brief  Unswaps back the bytes of 4-byte long integer
 204    ///         so they agree with the processor order.
 205    uint32_t UnswapLong(uint32_t a) { return SwapLong(a);}
 206
 207    // Read
 208    void ParseDES(DocEntrySet *set, long offset, long l_max, bool delim_mode);
 209    bool ParseSQ (SeqEntry *seq,    long offset, long l_max, bool delim_mode);
 210
 211    void LoadDocEntry         (DocEntry *e, bool forceLoad = false);
 212    void FindDocEntryLength   (DocEntry *e) throw ( FormatError );
 213    uint32_t FindDocEntryLengthOBOrOW() throw( FormatUnexpected );
 214    VRKey FindDocEntryVR();
 215    bool CheckDocEntryVR      (const VRKey &k);
 216
 217    void SkipDocEntry          (DocEntry *entry);
 218    void SkipToNextDocEntry    (DocEntry *entry);
 219
 220    void FixDocEntryFoundLength(DocEntry *entry, uint32_t l);
 221    bool IsDocEntryAnInteger   (DocEntry *entry);
 222
 223    bool CheckSwap();
 224    void SwitchByteSwapCode();
 225
 226    // DocEntry related utilities
 227    DocEntry *ReadNextDocEntry();
 228    uint16_t GetInt16();
 229    uint32_t GetInt32();
 230
 231    void HandleBrokenEndian  (uint16_t &group, uint16_t &elem);
 232    void HandleOutOfGroup0002(uint16_t &group, uint16_t &elem);
 233    DocEntry *Backtrack(DocEntry *docEntry, DocEntrySet *set);
 234
 235 // Variables
 236 protected:
 237    /// value of the ??? for any progress bar
 238    float Progress;
 239    mutable bool Abort;
 240
 241    /// Public dictionary used to parse this header
 242    Dict *RefPubDict;
 243    /// \brief Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse
 244    /// this header
 245    Dict *RefShaDict;
 246
 247    /// \brief Size threshold above which an element value will NOT be loaded
 248    /// in memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 249    /// this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 250    /// when one considers the definition of the various VR contents).
 251    uint32_t MaxSizeLoadEntry;
 252
 253    /// \brief to allow any inner method to know current tag Group number
 254    uint16_t CurrentGroup;
 255    /// \brief to allow any inner method to know current tag Element number
 256    uint16_t CurrentElem;
 257
 258 //  uint32_t GenerateFreeTagKeyInGroup(uint16_t group);
 259 //  void BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT &builtHT,
 260 //                                  DocEntrySet *set );
 261
 262 private:
 263    /// \brief buffer to avoid some freads
 264    char BegBuffer[8];
 265    char *PtrBegBuffer;
 266    /// \brief to avoid time consuming ftellg
 267    size_t CurrentOffsetPosition;
 268    /// \brief to indicate if last supposed to be UN DataElement is not
 269    ///        (according to a private Dicom dictionary)
 270    bool changeFromUN;
 271    /// \brief whether an unexpected EOF was encountered
 272    bool UnexpectedEOF;
 273    /// \brief to avoid infinite loop when illegal UN stands for OB
 274    size_t OffsetOfPreviousParseDES;
 275 };
 276
 277 } // end namespace gdcm
 278
 279 //-----------------------------------------------------------------------------
 280 #endif