src/gdcmSerieHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSerieHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/04/09 15:38:18 $
   7   Version:   $Revision: 1.70 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmSerieHelper.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 //#include "gdcmDictEntry.h" // for TranslateToKey : no more !
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25
  26 #include <math.h>
  27 #include <vector>
  28 #include <algorithm>
  29 #include <map>
  30 #include <stdio.h>  //for sscanf
  31
  32 namespace GDCM_NAME_SPACE
  33 {
  34
  35 //-----------------------------------------------------------------------------
  36 // Constructor / Destructor
  37 /**
  38  * \brief   Constructor from a given SerieHelper
  39  */
  40 SerieHelper::SerieHelper()
  41 {
  42    m_UseSeriesDetails = false;
  43    ClearAll();
  44    UserLessThanFunction = 0;
  45    DirectOrder = true;
  46    DropDuplicatePositions = false;
  47 }
  48
  49 /**
  50  * \brief   Canonical destructor.
  51  */
  52 SerieHelper::~SerieHelper()
  53 {
  54    ClearAll();
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief  Preventively, clear everything at constructor time.
  59  *         ( use it at destructor time.)
  60  */
  61 void SerieHelper::ClearAll()
  62 {
  63    // For all the 'Single SerieUID' Filesets that may already exist
  64    FileList *l = GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  65    while (l)
  66    {
  67       // For all the GDCM_NAME_SPACE::File of a File set
  68       for (GDCM_NAME_SPACE::FileList::iterator it  = l->begin();
  69                                     it != l->end();
  70                                   ++it)
  71       {
  72          (*it)->Delete(); // remove each entry
  73       }
  74       l->clear();
  75       delete l;     // remove the container
  76       l = GetNextSingleSerieUIDFileSet();
  77    }
  78    // Need to clear that too:
  79    SingleSerieUIDFileSetHT.clear();
  80 }
  81
  82 //-----------------------------------------------------------------------------
  83
  84 //-----------------------------------------------------------------------------
  85
  86 // Public
  87 /**
  88  * \brief add a GDCM_NAME_SPACE::File to the Fileset corresponding to its Serie UID
  89  * @param   filename Name of the file to deal with
  90  */
  91 void SerieHelper::AddFileName(std::string const &filename)
  92 {
  93    // Create a DICOM file
  94    File *header = File::New();
  95    header->SetLoadMode(LoadMode);
  96    header->SetFileName( filename );
  97    header->Load();
  98
  99    if ( header->IsReadable() )
 100    {
 101       if ( !AddFile( header ) )
 102       {
 103          // at least one rule was unmatched we need to deallocate the file:
 104          header->Delete();
 105       }
 106    }
 107    else
 108    {
 109       gdcmWarningMacro("Could not read file: " << filename );
 110       header->Delete();
 111    }
 112 }
 113
 114 /**
 115  * \brief add a GDCM_NAME_SPACE::File to the first (and supposed to be unique) file set
 116  *        of the GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper.
 117  * \warning : this method should be used by aware users only!
 118  *           Passing a GDCM_NAME_SPACE::File* has the same effect than passing a file name!
 119  * \todo : decide which one is wrong (the method, or the commentary)!
 120  *           the following comment doesn't match the method :-(
 121  *            User is supposed to know the files he want to deal with
 122  *           and consider them they belong to the same Serie
 123  *           (even if their Serie UID is different)
 124  *           user will probabely OrderFileList() this list (actually, ordering
 125  *           user choosen gdm::File is the sole interest of this method)
 126  *           Moreover, using vtkGdcmReader::SetCoherentFileList() will avoid
 127  *           vtkGdcmReader parsing twice the same files.
 128  *           *no* coherence check is performed, but those specified
 129  *           by SerieHelper::AddRestriction()
 130  * @param   header GDCM_NAME_SPACE::File* of the file to deal with
 131  * @return  true if file was added, false if file was rejected
 132  */
 133 bool SerieHelper::AddFile(File *header)
 134 {
 135    int allrules = 1;
 136    // First step the user has defined a set of rules for the DICOM
 137    // he is looking for.
 138    // make sure the file correspond to his set of rules:
 139
 140    std::string s;
 141    for(SerieExRestrictions::iterator it2 = ExRestrictions.begin();
 142      it2 != ExRestrictions.end();
 143      ++it2)
 144    {
 145       const ExRule &r = *it2;
 146       s = header->GetEntryString( r.group, r.elem );
 147       if ( !Util::CompareDicomString(s, r.value.c_str(), r.op) )
 148       {
 149          // Argh ! This rule is unmatched; let's just quit
 150          allrules = 0;
 151          break;
 152       }
 153    }
 154
 155    if ( allrules ) // all rules are respected:
 156    {
 157       // Allright! we have a found a DICOM that matches the user expectation.
 158       // Let's add it to the specific 'id' which by default is uid (Serie UID)
 159       // but can be `refined` by user with more paramater (see AddRestriction(g,e))
 160
 161       std::string id = CreateUniqueSeriesIdentifier( header );
 162       // if id == GDCM_UNFOUND then consistently we should find GDCM_UNFOUND
 163       // no need here to do anything special
 164
 165       if ( SingleSerieUIDFileSetHT.count(id) == 0 )
 166       {
 167          gdcmDebugMacro(" New/gdcmSerieHelper.cxx Serie UID :[" << id << "]");
 168          // create a std::list in 'id' position
 169          SingleSerieUIDFileSetHT[id] = new FileList;
 170       }
 171       // Current Serie UID and DICOM header seems to match add the file:
 172       SingleSerieUIDFileSetHT[id]->push_back( header );
 173    }
 174    else
 175    {
 176       // one rule not matched, tell user:
 177       return false;
 178    }
 179    return true;
 180 }
 181
 182 /**
 183  * \brief add a rule for restricting a DICOM file to be in the serie we are
 184  * trying to find. For example you can select only the DICOM files from a
 185  * directory which would have a particular EchoTime==4.0.
 186  * This method is a user level, value is not required to be formatted as a DICOM
 187  * string
 188  * \todo find a trick to allow user to say if he wants the Rectrictions
 189  *       to be *ored* (and not only *anded*)
 190  * @param   key  Target tag we want restrict on a given value
 191  * @param value value to be checked to exclude File
 192  * @param op  operator we want to use to check
 193  */
 194 void SerieHelper::AddRestriction(TagKey const &key,
 195                                  std::string const &value, int op)
 196 {
 197    ExRule r;
 198    r.group = key[0];
 199    r.elem  = key[1];
 200    r.value = value;
 201    r.op    = op;
 202    ExRestrictions.push_back( r );
 203 }
 204
 205 void SerieHelper::AddRestriction(TagKey const &key)
 206 {
 207   ExRule r;
 208   r.group = key[0];
 209   r.elem  = key[1];
 210   ExRefine.push_back( r );
 211 }
 212
 213 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 214 /**
 215  * \brief add a rule for restricting a DICOM file to be in the serie we are
 216  * trying to find. For example you can select only the DICOM files from a
 217  * directory which would have a particular EchoTime==4.0.
 218  * This method is a user level, value is not required to be formatted as a DICOM
 219  * string
 220  * @param   group tag group number we want restrict on a given value
 221  * @param   elem  tag element number we want restrict on a given value
 222  * @param value value to be checked to exclude File
 223  * @param op  operator we want to use to check
 224  * @deprecated use : AddRestriction(TagKey const &key,
 225  *                                 std::string const &value, int op);
 226  */
 227
 228 void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
 229                                  std::string const &value, int op)
 230 {
 231   TagKey t(group, elem);
 232   AddRestriction(t, value, op);
 233 }
 234
 235 //#endif
 236
 237 /**
 238  * \brief add an extra  'SerieDetail' for building a 'Serie Identifier'
 239  *        that ensures (hope so) File consistency (Series Instance UID doesn't)
 240  * @param   group tag group number we want restrict on a given value
 241  * @param   elem  tag element number we want restrict on a given value
 242  * @param  convert wether we want 'convertion', to allow further ordering
 243  *         e.g : 100 would be *before* 20; 000020.00 vs 00100.00 : OK
 244  */
 245 void SerieHelper::AddSeriesDetail(uint16_t group, uint16_t elem, bool convert)
 246 {
 247    ExDetail d;
 248    d.group   = group;
 249    d.elem    = elem;
 250    d.convert = convert;
 251    ExDetails.push_back( d );
 252 }
 253 /**
 254  * \brief Sets the root Directory
 255  * @param   dir Name of the directory to deal with
 256  * @param recursive whether we want explore recursively the root Directory
 257  */
 258 void SerieHelper::SetDirectory(std::string const &dir, bool recursive)
 259 {
 260    DirList dirList(dir, recursive); // OS specific
 261
 262    DirListType filenames_list = dirList.GetFilenames();
 263    for( DirListType::const_iterator it = filenames_list.begin();
 264         it != filenames_list.end(); ++it)
 265    {
 266      // std::cout << "-----------------------------filename [" << *it << "]"
 267      //           << std::endl;
 268       gdcmDebugMacro("filename [" << *it << "]" );
 269       AddFileName( *it );
 270    }
 271 }
 272
 273 /**
 274  * \brief Sets the DicomDirSerie
 275  * @param   se DicomDirSerie to deal with
 276  */
 277 void SerieHelper::SetDicomDirSerie(DicomDirSerie *se)
 278 {
 279    DirList dirList(se);
 280
 281    DirListType filenames_list = dirList.GetFilenames();
 282    for( DirListType::const_iterator it = filenames_list.begin();
 283         it != filenames_list.end(); ++it)
 284    {
 285       AddFileName( *it );
 286    }
 287 }
 288
 289 /**
 290  * \brief Sorts the given Fileset
 291  * \warning This could be implemented in a 'Strategy Pattern' approach
 292  *          But as I don't know how to do it, I leave it this way
 293  *          BTW, this is also a Strategy, I don't know this is
 294  *          the best approach :)
 295  */
 296 void SerieHelper::OrderFileList(FileList *fileSet)
 297 {
 298    // Only computed during ImagePositionPatientOrdering
 299    // (need to sort the FileList using IPP and IOP !)
 300    ZSpacing = -1.0;
 301
 302    if ( SerieHelper::UserLessThanFunction )
 303    {
 304       gdcmDebugMacro("Use UserLessThanFunction");
 305       UserOrdering( fileSet );
 306       return;
 307    }
 308    else if ( ImagePositionPatientOrdering( fileSet ) )
 309    {
 310       gdcmDebugMacro("ImagePositionPatientOrdering succeeded");
 311       return ;
 312    }
 313    else if ( ImageNumberOrdering(fileSet ) )
 314    {
 315       gdcmDebugMacro("ImageNumberOrdering succeeded");
 316       return ;
 317    }
 318    else
 319    {
 320       gdcmDebugMacro("Use FileNameOrdering");
 321       FileNameOrdering(fileSet );
 322    }
 323 }
 324
 325 /**
 326  * \brief Elementary coherence checking of the files with the same Serie UID
 327  * Only sizes and pixel type are checked right now ...
 328  */
 329 bool SerieHelper::IsCoherent(FileList *fileSet)
 330 {
 331    if(fileSet->size() == 1)
 332    return true;
 333
 334    FileList::const_iterator it = fileSet->begin();
 335
 336    int nX =               (*it)->GetXSize();
 337    int nY =               (*it)->GetYSize();
 338    int pixelSize =        (*it)->GetPixelSize();
 339    bool signedPixelData = (*it)->IsSignedPixelData();
 340    it ++;
 341    for ( ;
 342          it != fileSet->end();
 343        ++it)
 344    {
 345       if ( (*it)->GetXSize() != nX )
 346          return false;
 347       if ( (*it)->GetYSize() != nY )
 348          return false;
 349       if ( (*it)->GetPixelSize() != pixelSize )
 350          return false;
 351       if ( (*it)->IsSignedPixelData() != signedPixelData )
 352          return false;
 353       // probabely more is to be checked (?)
 354    }
 355    return true;
 356 }
 357
 358 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 359 /**
 360  * \brief   accessor (DEPRECATED :  use GetFirstSingleSerieUIDFileSet )
 361  *          Warning : 'coherent' means here they have the same Serie UID
 362  * @return  The first FileList if found, otherwhise NULL
 363  */
 364  /*
 365 FileList *SerieHelper::GetFirstCoherentFileList()
 366 {
 367    ItFileSetHt = SingleSerieUIDFileSetHT.begin();
 368    if ( ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end() )
 369       return ItFileSetHt->second;
 370    return NULL;
 371 }
 372 */
 373 /**
 374  * \brief   accessor (DEPRECATED :  use GetNextSingleSerieUIDFileSet )
 375  *          Warning : 'coherent' means here they have the same Serie UID
 376  * \note : meaningfull only if GetFirstCoherentFileList() already called
 377  * @return  The next FileList if found, otherwhise NULL
 378  */
 379  /*
 380 FileList *SerieHelper::GetNextCoherentFileList()
 381 {
 382    gdcmAssertMacro (ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end());
 383
 384    ++ItFileSetHt;
 385    if ( ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end() )
 386       return ItFileSetHt->second;
 387    return NULL;
 388 }
 389 */
 390
 391 /**
 392  * \brief   accessor (DEPRECATED :  use GetSingleSerieUIDFileSet )
 393   *          Warning : 'coherent' means here they have the same Serie UID
 394  * @param SerieUID SerieUID
 395  * \return  pointer to the FileList if found, otherwhise NULL
 396  */
 397  /*
 398 FileList *SerieHelper::GetCoherentFileList(std::string SerieUID)
 399 {
 400    if ( SingleSerieUIDFileSetHT.count(SerieUID) == 0 )
 401       return 0;
 402    return SingleSerieUIDFileSetHT[SerieUID];
 403 }
 404 */
 405 //#endif
 406
 407
 408 /**
 409  * \brief   Get the first Fileset while visiting the SingleSerieUIDFileSetmap
 410  * @return  The first FileList (SingleSerieUIDFileSet) if found, otherwhise 0
 411  */
 412 FileList *SerieHelper::GetFirstSingleSerieUIDFileSet()
 413 {
 414    ItFileSetHt = SingleSerieUIDFileSetHT.begin();
 415    if ( ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end() )
 416       return ItFileSetHt->second;
 417    return NULL;
 418 }
 419
 420 /**
 421  * \brief   Get the next Fileset while visiting the SingleSerieUIDFileSetmap
 422  * \note : meaningfull only if GetNextSingleSerieUIDFileSet() already called
 423  * @return  The next FileList (SingleSerieUIDFileSet) if found, otherwhise 0
 424  */
 425 FileList *SerieHelper::GetNextSingleSerieUIDFileSet()
 426 {
 427    gdcmAssertMacro (ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end());
 428
 429    ++ItFileSetHt;
 430    if ( ItFileSetHt != SingleSerieUIDFileSetHT.end() )
 431       return ItFileSetHt->second;
 432    return NULL;
 433 }
 434
 435 /**
 436  * \brief   Get the SingleSerieUIDFileSet according to its Serie UID
 437  * @param SerieUID SerieUID to retrieve
 438  * \return pointer to the FileList (SingleSerieUIDFileSet) if found, otherwhise 0
 439  */
 440 FileList *SerieHelper::GetSingleSerieUIDFileSet(std::string SerieUID)
 441 {
 442    if ( SingleSerieUIDFileSetHT.count(SerieUID) == 0 )
 443       return 0;
 444    return SingleSerieUIDFileSetHT[SerieUID];
 445 }
 446
 447 /**
 448  * \brief   Splits a Single SerieUID Fileset according to the Orientations
 449  * @param fileSet File Set to be splitted
 450  * \return  std::map of 'Xcoherent' File sets
 451  */
 452
 453 XCoherentFileSetmap SerieHelper::SplitOnOrientation(FileList *fileSet)
 454 {
 455    XCoherentFileSetmap CoherentFileSet;
 456
 457    int nb = fileSet->size();
 458    if (nb == 0 ) {
 459       gdcmWarningMacro("Empty FileList passed to SplitOnOrientation");
 460       return CoherentFileSet;
 461    }
 462
 463    float iop[6];
 464    std::string strOrient;
 465    std::ostringstream ossOrient;
 466
 467    FileList::const_iterator it = fileSet->begin();
 468    for ( ;
 469          it != fileSet->end();
 470        ++it)
 471    {
 472       // Information is in :
 473       // 0020 0037 : Image Orientation (Patient) or
 474       // 0020 0035 : Image Orientation (RET)
 475
 476       // Let's build again the 'cosines' string, to be sure of its format
 477       (*it)->GetImageOrientationPatient(iop);
 478
 479       ossOrient << iop[0];
 480       for (int i = 1; i < 6; i++)
 481       {
 482         ossOrient << "\\";
 483         ossOrient << iop[i];
 484       }
 485       strOrient = ossOrient.str();
 486       ossOrient.str("");
 487       if ( CoherentFileSet.count(strOrient) == 0 )
 488       {
 489          gdcmDebugMacro(" New Orientation :[" << strOrient << "]");
 490          // create a File set in 'orientation' position
 491          CoherentFileSet[strOrient] = new FileList;
 492          gdcmDebugMacro(" CoherentFileSet[strOrient]" << strOrient << "created");
 493       }
 494       // Current Orientation and DICOM header match; add the file:
 495       CoherentFileSet[strOrient]->push_back( (*it) );
 496       gdcmDebugMacro(" CoherentFileSet[strOrient]" << "pushed back")
 497    }
 498    return CoherentFileSet;
 499 }
 500
 501 /**
 502  * \brief   Splits a 'Single SerieUID' Fileset according to the Positions
 503  * @param fileSet File Set to be splitted
 504  * \return  std::map of 'Xcoherent' File sets
 505  */
 506
 507 XCoherentFileSetmap SerieHelper::SplitOnPosition(FileList *fileSet)
 508 {
 509    XCoherentFileSetmap CoherentFileSet;
 510
 511    int nb = fileSet->size();
 512    if (nb == 0 ) {
 513       gdcmWarningMacro("Empty FileList passed to SplitOnPosition");
 514       return CoherentFileSet;
 515    }
 516    float pos[3];
 517    std::string strImPos;  // read on disc
 518    std::ostringstream ossPosition;
 519    std::string strPosition; // re computed
 520    FileList::const_iterator it = fileSet->begin();
 521    for ( ;
 522          it != fileSet->end();
 523        ++it)
 524    {
 525       // Information is in :
 526       // 0020,0032 : Image Position Patient
 527       // 0020,0030 : Image Position (RET)
 528
 529       strImPos = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x0032);
 530       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 531       {
 532          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 533          strImPos = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 534          if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 535          {
 536             gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 537             // User wants to split on the 'Position'
 538             // No 'Position' info found.
 539             // We return an empty Htable !
 540             return CoherentFileSet;
 541          }
 542       }
 543
 544       if ( sscanf( strImPos.c_str(), "%f \\%f \\%f ",
 545                                               &pos[0], &pos[1], &pos[2]) != 3 )
 546       {
 547             gdcmWarningMacro( "Wrong number for Position : ["
 548                        << strImPos << "]" );
 549             return CoherentFileSet;
 550       }
 551
 552       // Let's build again the 'position' string, to be sure of it's format
 553
 554       ossPosition << pos[0];
 555       for (int i = 1; i < 3; i++)
 556       {
 557         ossPosition << "\\";
 558         ossPosition << pos[i];
 559       }
 560       strPosition = ossPosition.str();
 561       ossPosition.str("");
 562
 563       if ( CoherentFileSet.count(strPosition) == 0 )
 564       {
 565          gdcmDebugMacro(" New Position :[" << strPosition << "]");
 566          // create a File set in 'position' position
 567          CoherentFileSet[strPosition] = new FileList;
 568       }
 569       // Current Position and DICOM header match; add the file:
 570       CoherentFileSet[strPosition]->push_back( (*it) );
 571    }
 572    return CoherentFileSet;
 573 }
 574
 575 /**
 576  * \brief   Splits a 'Single SerieUID' File set Coherent according to the
 577  *          value of a given Tag
 578  * @param fileSet File Set to be splitted
 579  * @param   group  group number of the target Element
 580  * @param   element element number of the target Element
 581  * \return  std::map of 'Xcoherent' File sets
 582  */
 583
 584 XCoherentFileSetmap SerieHelper::SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 585                                                uint16_t group, uint16_t element)
 586 {
 587    XCoherentFileSetmap CoherentFileSet;
 588
 589    int nb = fileSet->size();
 590    if (nb == 0 ) {
 591       gdcmWarningMacro("Empty FileList passed to SplitOnPosition");
 592       return CoherentFileSet;
 593    }
 594
 595    std::string strTagValue;  // read on disc
 596
 597    FileList::const_iterator it = fileSet->begin();
 598    //it ++;
 599    for ( ;
 600          it != fileSet->end();
 601        ++it)
 602    {
 603       // Information is in :
 604       // 0020,0032 : Image Position Patient
 605       // 0020,0030 : Image Position (RET)
 606
 607       strTagValue = (*it)->GetEntryString(group,element);
 608
 609       if ( CoherentFileSet.count(strTagValue) == 0 )
 610       {
 611          gdcmDebugMacro("  :[" << strTagValue << "]");
 612          // create a File set in 'position' position
 613          CoherentFileSet[strTagValue] = new FileList;
 614       }
 615       // Current Tag value and DICOM header match; add the file:
 616       CoherentFileSet[strTagValue]->push_back( (*it) );
 617    }
 618    return CoherentFileSet;
 619 }
 620
 621 //-----------------------------------------------------------------------------
 622 // Protected
 623
 624 //-----------------------------------------------------------------------------
 625 // Private
 626 /**
 627  * \brief sorts the images, according to their Patient Position.
 628  *  As a side effect, it computes the ZSpacing, according to Jolinda Smith's
 629  *  algorithm. (get it with double GetZSpacing() !)
 630  *  We may order, considering :
 631  *   -# Image Position Patient
 632  *   -# Image Number
 633  *   -# file name
 634  *   -# More to come :-)
 635  * \note : FileList = std::vector<File* >
 636  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 637  * @return false only if the header is bugged !
 638  */
 639 bool SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering( FileList *fileList )
 640 //based on Jolinda Smith's algorithm
 641 {
 642 //Tags always use the same coordinate system, where "x" is left
 643 //to right, "y" is posterior to anterior, and "z" is foot to head (RAH).
 644
 645    //iop is calculated based on the file file
 646    float cosines[6];
 647    double normal[3];
 648    double ipp[3];
 649    double dist;
 650    double min = 0, max = 0;
 651    bool first = true;
 652    ZSpacing = -1.0;  // will be updated if process doesn't fail
 653
 654    gdcmDebugMacro("============================================DropDuplicatePositions : " << DropDuplicatePositions );
 655
 656    std::multimap<double,File *> distmultimap;
 657    // Use a multimap to sort the distances from 0,0,0
 658    for ( FileList::const_iterator
 659          it = fileList->begin();
 660          it != fileList->end(); ++it )
 661    {
 662       gdcmDebugMacro("deal with " << (*it)->GetFileName() );
 663       if ( first )
 664       {
 665          (*it)->GetImageOrientationPatient( cosines );
 666
 667    // The "Image Orientation Patient" tag gives the direction cosines
 668    // for the rows and columns for the three axes defined above.
 669    // Typical axial slices will have a value 1/0/0/0/1/0:
 670    // rows increase from left to right,
 671    // columns increase from posterior to anterior. This is your everyday
 672    // "looking up from the bottom of the head with the eyeballs up" image.
 673
 674    // The "Image Position Patient" tag gives the coordinates of the first
 675    // voxel in the image in the "RAH" coordinate system, relative to some
 676    // origin.
 677
 678    // First, calculate the slice normal from IOP :
 679
 680          // You only have to do this once for all slices in the volume. Next,
 681          // for each slice, calculate the distance along the slice normal
 682          // using the IPP ("Image Position Patient") tag.
 683          // ("dist" is initialized to zero before reading the first slice) :
 684          normal[0] = cosines[1]*cosines[5] - cosines[2]*cosines[4];
 685          normal[1] = cosines[2]*cosines[3] - cosines[0]*cosines[5];
 686          normal[2] = cosines[0]*cosines[4] - cosines[1]*cosines[3];
 687
 688    // For each slice (here : the first), calculate the distance along
 689    // the slice normal using the IPP tag
 690
 691          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 692          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 693          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 694
 695          dist = 0;
 696          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 697          {
 698             dist += normal[i]*ipp[i];
 699          }
 700
 701          gdcmDebugMacro("dist : " << dist);
 702          distmultimap.insert(std::pair<const double,File *>(dist, *it));
 703
 704          max = min = dist;
 705          first = false;
 706       }
 707       else
 708       {
 709    // Next, for each slice, calculate the distance along the slice normal
 710    // using the IPP tag
 711          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 712          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 713          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 714
 715          dist = 0;
 716          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 717          {
 718             dist += normal[i]*ipp[i];
 719          }
 720
 721          distmultimap.insert(std::pair<const double,File *>(dist, *it));
 722          gdcmDebugMacro("dist : " << dist);
 723          min = (min < dist) ? min : dist;
 724          max = (max > dist) ? max : dist;
 725       }
 726    }
 727
 728    gdcmDebugMacro("After parsing vector, nb of elements : " << fileList->size() );
 729
 730    // Find out if min/max are coherent
 731    if ( min == max )
 732    {
 733      gdcmWarningMacro("Looks like all images have the exact same image position. "
 734                       << "No PositionPatientOrdering sort performed. "
 735                       << "No 'ZSpacing' calculated! ");
 736      return false;
 737    }
 738
 739    // Check to see if image shares a common position
 740    bool ok = true;
 741    for (std::multimap<double, File *>::iterator it2 = distmultimap.begin();
 742         it2 != distmultimap.end();
 743         ++it2)
 744    {
 745
 746       gdcmDebugMacro("Check if image shares a common position : " << (*it2).second->GetFileName() );
 747
 748       if (distmultimap.count((*it2).first) != 1)
 749       {
 750          gdcmWarningMacro("File: ["
 751               << ((*it2).second->GetFileName())
 752               << "] : more than ONE file at distance: '"
 753               << (*it2).first
 754               << " (position is not unique!) "
 755               << "No PositionPatientOrdering sort performed. "
 756               << "No 'ZSpacing' calculated! ");
 757
 758          ok = false;
 759       }
 760    }
 761    if (!ok)
 762    {
 763       if (! DropDuplicatePositions)
 764          return false;
 765    }
 766
 767 // Now, we can calculate Z Spacing as the difference
 768 // between the "dist" values for the first two slices.
 769
 770 // The following (un)-commented out code is let here
 771 // to be re-used by whomsoever is interested...
 772
 773     std::multimap<double, File *>::iterator it5 = distmultimap.begin();
 774     double d1 = (*it5).first;
 775     it5++;
 776     double d2 = (*it5).first;
 777     ZSpacing = d1-d2;
 778     if (ZSpacing < 0.0)
 779        ZSpacing = - ZSpacing;
 780
 781    fileList->clear();  // doesn't delete list elements, only nodes
 782
 783 // Acording to user requierement, we sort direct order or reverse order.
 784    if (DirectOrder)
 785    {
 786       for (std::multimap<double, File *>::iterator it3 = distmultimap.begin();
 787            it3 != distmultimap.end();
 788            ++it3)
 789       {
 790          fileList->push_back( (*it3).second );
 791          if (DropDuplicatePositions)
 792          {
 793             // ImagePositionPatientOrdering  wrong duplicates are found ???
 794             // --> fixed. See comment
 795
 796             it3 =  distmultimap.upper_bound((*it3).first); // skip all duplicates
 797            // the upper_bound function increments the iterator to the next non-duplicate entry
 798            // The for loop iteration also increments the iterator, which causes the code to skip every other image
 799            // --> decrement the iterator after the upper_bound function call
 800             it3--;
 801             if (it3 == distmultimap.end() )  // if last image, stop iterate
 802                break;
 803          }
 804       }
 805    }
 806    else // user asked for reverse order
 807    {
 808       std::multimap<double, File *>::const_iterator it4;
 809       it4 = distmultimap.end();
 810       do
 811       {
 812          it4--;
 813          fileList->push_back( (*it4).second );
 814          if (DropDuplicatePositions)  // skip all duplicates
 815          {
 816             // lower_bound finds the next element that is
 817             // less than or *equal to* the current value!
 818             //it4 =  distmultimap.lower_bound((*it4).first);
 819
 820            // David Feng's fix
 821            std::multimap<double, File *>::const_iterator itPrev = it4;
 822            while (itPrev->first == it4->first)
 823               --itPrev;
 824            it4 = itPrev;
 825
 826            if (it4 == distmultimap.begin() ) // if first image, stop iterate
 827                break;
 828          }
 829       } while (it4 != distmultimap.begin() );
 830    }
 831
 832    distmultimap.clear();
 833
 834    return true;
 835 }
 836
 837 bool SerieHelper::ImageNumberLessThan(File *file1, File *file2)
 838 {
 839   return file1->GetImageNumber() < file2->GetImageNumber();
 840 }
 841
 842 bool SerieHelper::ImageNumberGreaterThan(File *file1, File *file2)
 843 {
 844   return file1->GetImageNumber() > file2->GetImageNumber();
 845 }
 846
 847 /**
 848  * \brief sorts the images, according to their Image Number
 849  * \note Works only on bona fide files  (i.e image number is a character string
 850  *                                      corresponding to an integer)
 851  *             within a bona fide serie (i.e image numbers are consecutive)
 852  * @param fileList File set (same Serie UID) to sort
 853  * @return false if non bona fide stuff encountered
 854  */
 855 bool SerieHelper::ImageNumberOrdering(FileList *fileList)
 856 {
 857    int min, max, pos;
 858    int n = fileList->size();
 859
 860    FileList::const_iterator it = fileList->begin();
 861    min = max = (*it)->GetImageNumber();
 862
 863    for (; it != fileList->end(); ++it, ++n)
 864    {
 865       pos = (*it)->GetImageNumber();
 866       min = (min < pos) ? min : pos;
 867       max = (max > pos) ? max : pos;
 868    }
 869
 870    // Find out if image numbers are coherent (consecutive)
 871    if ( min == max || max == 0 || max >= (n+min) )
 872    {
 873       gdcmWarningMacro( " 'Image numbers' not coherent. "
 874                         << " No ImageNumberOrdering sort performed.");
 875       return false;
 876    }
 877    if (DirectOrder)
 878       Sort(fileList,SerieHelper::ImageNumberLessThan);
 879    else
 880       Sort(fileList,SerieHelper::ImageNumberGreaterThan);
 881
 882    return true;
 883 }
 884
 885 bool SerieHelper::FileNameLessThan(File *file1, File *file2)
 886 {
 887    return file1->GetFileName() < file2->GetFileName();
 888 }
 889
 890 bool SerieHelper::FileNameGreaterThan(File *file1, File *file2)
 891 {
 892    return file1->GetFileName() > file2->GetFileName();
 893 }
 894 /**
 895  * \brief sorts the images, according to their File Name
 896  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 897  * @return false only if the header is bugged !
 898  */
 899 bool SerieHelper::FileNameOrdering(FileList *fileList)
 900 {
 901    if (DirectOrder)
 902       Sort(fileList,SerieHelper::FileNameLessThan);
 903    else
 904       Sort(fileList,SerieHelper::FileNameGreaterThan);
 905
 906    return true;
 907 }
 908
 909 /**
 910  * \brief sorts the images, according to user supplied function
 911  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 912  * @return false only if the header is bugged !
 913  */
 914 bool SerieHelper::UserOrdering(FileList *fileList)
 915 {
 916    Sort(fileList,SerieHelper::UserLessThanFunction);
 917    if (!DirectOrder)
 918    {
 919       std::reverse(fileList->begin(), fileList->end());
 920    }
 921    return true;
 922 }
 923
 924 //-----------------------------------------------------------------------------
 925 // Print
 926 /**
 927  * \brief   Canonical printer.
 928  */
 929 void SerieHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &indent)
 930 {
 931    // For all the Coherent File lists of the GDCM_NAME_SPACE::Serie
 932    SingleSerieUIDFileSetmap::iterator itl = SingleSerieUIDFileSetHT.begin();
 933    if ( itl == SingleSerieUIDFileSetHT.end() )
 934    {
 935       gdcmWarningMacro( "No SingleSerieUID File set found" );
 936       return;
 937    }
 938    while (itl != SingleSerieUIDFileSetHT.end())
 939    {
 940       os << "Serie UID :[" << itl->first << "]" << std::endl;
 941
 942       // For all the files of a SingleSerieUID File set
 943       for (FileList::iterator it =  (itl->second)->begin();
 944                               it != (itl->second)->end();
 945                             ++it)
 946       {
 947          os << indent << " --- " << (*it)->GetFileName() << std::endl;
 948       }
 949       ++itl;
 950    }
 951 }
 952
 953 void SerieHelper::CreateDefaultUniqueSeriesIdentifier()
 954 {
 955    // If the user requests, additional information can be appended
 956    // to the SeriesUID to further differentiate volumes in the DICOM
 957    // objects being processed.
 958
 959    // 0020 0011 Series Number
 960    // A scout scan prior to a CT volume scan can share the same
 961    //   SeriesUID, but they will sometimes have a different Series Number
 962    AddRestriction( TagKey(0x0020, 0x0011) );
 963
 964    // 0018 0024 Sequence Name
 965    // For T1-map and phase-contrast MRA, the different flip angles and
 966    //   directions are only distinguished by the Sequence Name
 967    AddRestriction( TagKey(0x0018, 0x0024) );
 968
 969    // 0018 0050 Slice Thickness
 970    // On some CT systems, scout scans and subsequence volume scans will
 971    //   have the same SeriesUID and Series Number - YET the slice
 972    //   thickness will differ from the scout slice and the volume slices.
 973    AddRestriction( TagKey(0x0018, 0x0050));
 974
 975    // 0028 0010 Rows
 976    // If the 2D images in a sequence don't have the same number of rows,
 977    //   then it is difficult to reconstruct them into a 3D volume.
 978    AddRestriction( TagKey(0x0028, 0x0010));
 979
 980    // 0028 0011 Columns
 981    // If the 2D images in a sequence don't have the same number of columns,
 982    //   then it is difficult to reconstruct them into a 3D volume.
 983    AddRestriction( TagKey(0x0028, 0x0011));
 984 }
 985
 986 /**
 987  * \brief Heuristics to *try* to build a Serie Identifier that would ensure
 988  *        all the images are coherent.
 989  *
 990  * By default, uses the SeriesUID.  If UseSeriesDetails(true) has been called,
 991  *         then additional identifying information is used.
 992  *  We allow user to add his own critierions, using AddSeriesDetail
 993  *        (he knows more than we do about his images!)
 994  *        ex : in tagging series, the only pertinent tag is
 995  *        0018|1312 [In-plane Phase Encoding Direction] value : ROW/COLUMN
 996  * @param inFile GDCM_NAME_SPACE::File we want to build a Serie Identifier for.
 997  * @return the SeriesIdentifier
 998  */
 999 std::string SerieHelper::CreateUniqueSeriesIdentifier( File *inFile )
1000 {
1001    if( inFile->IsReadable() )
1002    {
1003     // 0020 000e UI REL Series Instance UID
1004     std::string uid = inFile->GetEntryString (0x0020, 0x000e);
1005     std::string id = uid.c_str();
1006     if(m_UseSeriesDetails)
1007       {
1008       for(SerieExRestrictions::iterator it2 = ExRefine.begin();
1009         it2 != ExRefine.end();
1010         ++it2)
1011         {
1012         const ExRule &r = *it2;
1013         std::string s = inFile->GetEntryString( r.group, r.elem );
1014         if( s == GDCM_UNFOUND )
1015           {
1016           s = "";
1017           }
1018         if( id == uid && !s.empty() )
1019           {
1020           id += "."; // add separator
1021           }
1022         id += s;
1023         }
1024       }
1025     // Eliminate non-alnum characters, including whitespace...
1026     //   that may have been introduced by concats.
1027     unsigned int s_size = id.size();
1028     for(unsigned int i=0; i<s_size; i++)
1029     {
1030      while(i<s_size
1031        && !( id[i] == '.' || id[i] == '%' || id[i] == '_'
1032          || (id[i] >= '+' && id[i] <= '-')
1033          || (id[i] >= 'a' && id[i] <= 'z')
1034          || (id[i] >= '0' && id[i] <= '9')
1035          || (id[i] >= 'A' && id[i] <= 'Z')))
1036       {
1037          id.replace(i, 1, "_");  // ImagePositionPatient related stuff will be more human readable
1038       }
1039    }
1040    // deal with Dicom strings trailing '\0'
1041     if(s_size && id[s_size-1] == '_')
1042       id.erase(s_size-1, 1);
1043     return id;
1044     }
1045   else // Could not open inFile
1046     {
1047     gdcmWarningMacro("Could not parse series info.");
1048     std::string id = GDCM_UNFOUND;
1049     return id;
1050     }
1051 }
1052
1053 /**
1054  * \brief Allow user to build is own File Identifier (to be able to sort
1055  *        temporal series just as he wants)
1056  *        Criterions will be set with AddSeriesDetail.
1057  *        (Maybe the method should be moved elsewhere
1058  *       -File class? FileHelper class?-
1059  * @return FileIdentifier (Tokenizable on '%%%'. Hope it's enough !)
1060  */
1061 std::string SerieHelper::CreateUserDefinedFileIdentifier( File *inFile )
1062 {
1063   //     Deal with all user supplied tags.
1064   //      (user knows more than we do about his images!)
1065
1066    double converted;
1067    std::string id;
1068    std::string s;
1069    char charConverted[17];
1070
1071    for(SeriesExDetails::iterator it2 = ExDetails.begin();
1072       it2 != ExDetails.end();
1073       ++it2)
1074    {
1075       const ExDetail &r = *it2;
1076       s = inFile->GetEntryString( r.group, r.elem );
1077       if (s == "") // avoid troubles when empty string is found
1078          s = "-";
1079
1080       // User is allowed to ask for 'convertion', to allow further ordering
1081       // e.g : 100 would be *before* 20; 000020.00 vs 00100.00 : OK
1082       if (it2->convert)
1083       {
1084          if ( s != GDCM_UNFOUND) // Don't convert unfound fields !
1085          {
1086             converted = atof(s.c_str());
1087             // probabely something much more complicated is possible,
1088             // using C++ features
1089             /// \todo check the behaviour when there are >0 and <0 numbers
1090             sprintf(charConverted, "%016.6f",converted);
1091             s = charConverted;
1092          }
1093       }
1094       // Eliminate non-alphanum characters, including whitespace.
1095
1096       unsigned int s_size = s.size();
1097       if(s_size == 0)
1098       { // to avoid further troubles when wild anonymization was performed
1099          s = "a";
1100       }
1101       else
1102       {
1103          for(unsigned int i=0; i<s_size; i++)
1104          {
1105             while(i<s_size
1106                && !( s[i] == '.' || s[i] == '%' || s[i] == '_'
1107                  || (s[i] >= '+' && s[i] <= '-')
1108                  || (s[i] >= 'a' && s[i] <= 'z')
1109                  || (s[i] >= '0' && s[i] <= '9')
1110                  || (s[i] >= 'A' && s[i] <= 'Z')))
1111             {
1112                s.replace(i, 1, "_");  // ImagePositionPatient related stuff will be more human readable
1113             }
1114          }
1115          // deal with Dicom strings trailing '\0'
1116          if(s[s_size-1] == '_')
1117             s.erase(s_size-1, 1);
1118       }
1119       id += s.c_str();
1120       id += "%%%"; // make the FileIdentifier Tokenizable
1121    }
1122    id += inFile->GetFileName();
1123    id += "%%%";
1124    return id;
1125 }
1126
1127 //-----------------------------------------------------------------------------
1128 // Sort
1129 /**
1130  * \brief   Sort FileList.
1131  */
1132 void SerieHelper::Sort(FileList *fileList, bool (*pt2Func)( File *file1, File *file2) )
1133 {
1134  std::sort(fileList->begin(), fileList->end(), pt2Func );
1135 }
1136
1137 /*
1138 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
1139 bool SerieHelper::AddGdcmFile(File* header)
1140 {
1141   return AddFile(header);
1142 }
1143 #endif
1144 */
1145
1146 //-----------------------------------------------------------------------------
1147 } // end namespace gdcm