vtk/Bmp2Dcm.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Bmp2Dcm.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/01/28 12:47:07 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmArgMgr.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23
  24 #include <vtkImageData.h>
  25
  26 #include <vtkBMPReader.h>
  27 #include <vtkBMPWriter.h>
  28 #include "vtkGdcmWriter.h"
  29
  30 #include <vtkImageExtractComponents.h>
  31 #include <vtkPointData.h>
  32 #include <vtkDataArray.h>
  33
  34 #include <stdio.h>
  35 #include <string.h>
  36 #include <stdlib.h>
  37 #include <math.h>
  38
  39 //---------------------------------------------------------------------------
  40
  41 int main( int argc, char *argv[] )
  42 {
  43    START_USAGE(usage)
  44    "\n Bmp2Dcm :\n                                                            ",
  45    "usage: Bmp2Dcm {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}            ",
  46    "              [studyUID = ] [patName = ] [debug]                          ",
  47    "                                                                          ",
  48    " inputFileName : Name of the (single) file user wants to transform        ",
  49    " inputDirectoryName : user wants to transform *all* the files             ",
  50    " studyUID   : *aware* user wants to add the serie                         ",
  51    "                                             to an already existing study ",
  52    " verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'             ",
  53    " debug      : *developper* wants to run the program in 'debug mode'       ",
  54
  55    FINISH_USAGE
  56
  57    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  58
  59    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  60
  61    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  62    {
  63       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  64       delete am;
  65       return 0;
  66    }
  67
  68    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  69       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  70
  71    bool verbose = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  72
  73    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
  74    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  75
  76    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
  77         ||
  78         (fileName != 0 && dirName != 0) )
  79    {
  80        std::cout <<std::endl
  81                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
  82                  << std::endl << "Not both" << std::endl;
  83        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  84        delete am;
  85        return 0;
  86  }
  87
  88    std::string patName  = am->ArgMgrGetString("patname", dirName);
  89    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("studyUID") );
  90    const char *studyUID;
  91    if (userDefinedStudy)
  92       studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
  93
  94    // not described *on purpose* in the Usage !
  95    bool userDefinedSerie = ( 0 != am->ArgMgrDefined("serieUID") );
  96    const char *serieUID;
  97    if(userDefinedSerie)
  98       serieUID = am->ArgMgrGetString("serieUID");
  99
 100     /* if unused Param we give up */
 101    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 102    {
 103       am->ArgMgrUsage(usage);
 104       delete am;
 105       return 0;
 106    }
 107
 108    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 109
 110
 111    // ----- Begin Processing -----
 112
 113    int *dim;
 114    std::string nomFich;
 115
 116    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 117    {
 118      vtkBMPReader* Reader = vtkBMPReader::New();
 119      if ( Reader->CanReadFile(fileName ) == 0) {
 120          // skip 'non BMP' files
 121         Reader->Delete();
 122         if (verbose)
 123             std::cout << "Sorry, [" << fileName << "] is not a BMP file!" << std::endl;
 124         return 0;
 125     }
 126
 127     if (verbose)
 128        std::cout << "deal with [" <<  fileName << "]" << std::endl;
 129      //Read BMP file
 130
 131      Reader->SetFileName(fileName);
 132      Reader->Update();
 133
 134      vtkImageExtractComponents* Red = vtkImageExtractComponents::New();
 135      Red->SetInput(Reader->GetOutput());
 136      Red->SetComponents(0);
 137      Red->Update();
 138
 139      vtkGdcmWriter* Writer = vtkGdcmWriter::New();
 140      Writer->SetInput(Red->GetOutput());
 141      nomFich = "";
 142      nomFich = nomFich+fileName+".acr";
 143      Writer->Write();
 144
 145      Reader->Delete();
 146      Red->Delete();
 147      Writer->Delete();
 148
 149      }
 150      else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======
 151      {
 152
 153         if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirName) )
 154         {
 155           std::cout << "KO : [" << dirName << "] is not a Directory." << std::endl;
 156           return 0;
 157         }
 158         else
 159         {
 160           if (verbose)
 161             std::cout << "OK : [" << dirName << "] is a Directory." << std::endl;
 162         }
 163         std::string strStudyUID;
 164         std::string strSerieUID;
 165
 166         if (userDefinedStudy)
 167            strSerieUID =  studyUID;
 168         else
 169            strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 170
 171         if (userDefinedStudy)
 172           strSerieUID =  serieUID;
 173         else
 174            strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 175
 176        if(verbose)
 177            std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 178
 179         GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 180         GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 181
 182         for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 183                                    it != fileList.end();
 184                                    ++it )
 185         {
 186            if ( GDCM_NAME_SPACE::Util::GetName((*it)).c_str()[0] == '.' )
 187            {
 188               // skip hidden files
 189               continue;
 190            }
 191
 192            vtkBMPReader* Reader = vtkBMPReader::New();
 193
 194            if ( Reader->CanReadFile(it->c_str() ) == 0) {
 195               // skip 'non BMP' files
 196                Reader->Delete();
 197                continue;
 198             }
 199
 200            if (verbose)
 201              std::cout << "deal with [" <<  it->c_str() << "]" << std::endl;
 202
 203            Reader->SetFileName(it->c_str());
 204            Reader->Update();
 205
 206            dim=Reader->GetOutput()->GetDimensions();
 207            vtkImageExtractComponents* Red = vtkImageExtractComponents::New();
 208            Red->SetInput(Reader->GetOutput());
 209            Red->SetComponents(0);
 210            Red->Update();
 211
 212            // At least, created files will look like a Serie from a single Study ...
 213            GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 214            f->InsertEntryString(strStudyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");
 215            f->InsertEntryString(strSerieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");
 216            f->InsertEntryString(patName,     0x0010, 0x0010, "PN");   // Patient's Name
 217
 218            vtkGdcmWriter* Writer = vtkGdcmWriter::New();
 219            Writer->SetInput(Red->GetOutput());
 220            nomFich = "";
 221            nomFich = nomFich+it->c_str()+".acr";
 222            Writer->SetFileName(nomFich.c_str());
 223            Writer->SetGdcmFile(f);
 224            Writer->Write();
 225
 226            f->Delete();
 227
 228       }
 229    }
 230    return 0;
 231 }