vtk/test4DSplitter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: test4DSplitter.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/04/20 15:03:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /* Raisons ne pas utiliser itkImageSeriesReader:
  20
  21 On Wed, Feb 16, 2011 at 11:51 AM, Roger Bramon Feixas <rogerbramon@gmail.com>
  22     Hi,
  23     I'm developing with ITK 3.20 + GDCM 2.0.17 + VTK 5.6 and I've noticed
  24     itkImageSeriesReader is ~2x slower than vtkGDCMImageReader (from GDCM2).
  25     I compared both codes and I think the difference is the extra copy which
  26     itkImageSeriesReader makes from ImageFileReader's output to its own output
  27     (ImageSeriesReader::GenerateData() line 393). I've commented it just to test
  28     the time needed without making the copy and now both readers take more or less
  29     the same time.
  30 */
  31
  32
  33 #include "gdcmFile.h"
  34 #include "gdcmSerieHelper.h"
  35 #include <vtkImageData.h>
  36 #include <iostream>
  37 #include "vtkGdcmReader.h"
  38
  39 #include <algorithm>
  40 #include "vtkGdcm4DSplitter.h"
  41
  42 /**
  43   * \brief
  44   */
  45
  46 typedef std::map<std::string, GDCM_NAME_SPACE::File*> SortedFiles;
  47
  48 // Due to a deep C++ trouble in 'SortOnTag', we use 'SortOnUserFunction'
  49 bool myCompareFunction(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  50  {
  51    return atof(file1->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str());
  52  }
  53
  54 bool myCompareFunction0008_0032(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  55  {
  56    return atof(file1->GetEntryString(0x0008,0x0032).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0008,0x0032).c_str());
  57  }
  58 int main(int argc, char *argv[])
  59 {
  60
  61
  62    std::cout << "... inside : " << argv[0] << std::endl;
  63
  64 // 3D
  65 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/dSSh_DWISENSE_602");
  66
  67 // 4D
  68 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/DYN7INJDYN6_901");
  69
  70 // n directories
  71 std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/patient Andrei Dyn/dyn");
  72
  73    // ----- Begin Processing -----
  74
  75    unsigned short int grSplit;
  76    unsigned short int elSplit;
  77
  78    unsigned short int grSort;
  79    unsigned short int elSort;
  80
  81 // Pour un directory '4D'
  82 // en sortie, chaque vtkImageData contiendra une coupe au cours du temps
  83 // n * 2D+T
  84
  85   std::vector<vtkImageData*> *output;
  86   std::vector<vtkImageData*>::iterator it;
  87
  88 //  ========================================
  89 //  Split on Position (IPP)
  90 //  Sort on UserFunction (use 0008|0032 : Aquisition Time )
  91 //
  92 // Should give a vector of 2D+T vtkImageData*
  93 //  ========================================
  94
  95 //vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
  96
  97 if (1) {
  98
  99    std::cout << "Try with :  Split on Position (IPP) / Sort on UserFunction (use 0008|0032 : Aquisition Time )" << std::endl;
 100
 101    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
 102    spl->setFlipY(false);
 103    spl->setDirName(strDirName);
 104    spl->setRecursive(true);
 105
 106    spl->setSplitOnPosition();
 107
 108    // Time triger : 0018|1060
 109    //grSort=0x0018;
 110    //elSort=0x1060;
 111
 112    // ==> use SortOnUserFunction !
 113    spl->setSortOnUserFunction(myCompareFunction0008_0032);
 114
 115
 116    std::cout << "Everything set" << std::endl;
 117    bool res=spl->Go();
 118
 119     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 120     if(!res)
 121     {
 122        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 123     }
 124
 125    output = spl->GetImageDataVector();
 126
 127
 128 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 129 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 130 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 131
 132 // Print the first one (why not?)
 133 //(*output)[0]->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 134
 135    for(it=output->begin(); it!=output->end(); ++it) {
 136       //std::cout << "========================================" << std::endl;
 137       //(*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 138    }
 139    //delete spl;
 140 }
 141
 142
 143 for(int i=0; i<3; i++)
 144    std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 145
 146
 147
 148 //  ========================================
 149 //  Split on Tag 0008|0032 (Aquisition Time)
 150 //  Sort on Position (IPP)
 151 //
 152 // Should give a vector of 'true 3D' vtkImageData*
 153 //  ========================================
 154
 155  if (1) {
 156
 157    std::cout << "Try with :  Split on Tag 0008|0032 (Aquisition Time) / Sort on Position (IPP)" << std::endl;
 158
 159    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
 160    spl->setFlipY(false);
 161    spl->setDirName(strDirName);
 162    spl->setRecursive(true);
 163
 164    // Time triger : 0018|1060
 165    //grSort=0x0018;
 166    //elSort=0x1060;
 167
 168  // Aquisition Time  : 0008|0032
 169 spl->setSplitOnTag(0x0008, 0x0032);
 170
 171 spl->setSortOnPosition();
 172
 173    std::cout << "Everything set" << std::endl;
 174    bool res=spl->Go();
 175
 176     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 177     if(!res)
 178     {
 179        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 180     }
 181
 182    output = spl->GetImageDataVector();
 183
 184
 185 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 186 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 187 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 188
 189 // Print the first one (why not?)
 190 //(*output)[0]->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 191
 192
 193    for(it=output->begin(); it!=output->end(); ++it) {
 194       //std::cout << "========================================" << std::endl;
 195       //(*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 196    }
 197
 198   // delete spl;
 199 }
 200
 201 // Pour un directory '4D'
 202 // en sortie, chaque  vtkImageData contiendra un volume au cours du temps.
 203 // 3D + T
 204
 205
 206 }