vtk/test4DSplitter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: test4DSplitter.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/03/30 14:50:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /* Raisons ne pas utiliser itkImageSeriesReader:
  20
  21 On Wed, Feb 16, 2011 at 11:51 AM, Roger Bramon Feixas <rogerbramon@gmail.com>
  22     Hi,
  23     I'm developing with ITK 3.20 + GDCM 2.0.17 + VTK 5.6 and I've noticed
  24     itkImageSeriesReader is ~2x slower than vtkGDCMImageReader (from GDCM2).
  25     I compared both codes and I think the difference is the extra copy which
  26     itkImageSeriesReader makes from ImageFileReader's output to its own output
  27     (ImageSeriesReader::GenerateData() line 393). I've commented it just to test
  28     the time needed without making the copy and now both readers take more or less
  29     the same time.
  30 */
  31
  32 //#include "gdcmDocEntry.h"
  33 //#include "gdcmDicomDir.h"
  34 //#include "gdcmDicomDirPatient.h"
  35 #include "gdcmFile.h"
  36 #include "gdcmFileHelper.h"
  37 //#include "gdcmDirList.h"
  38 //#include "gdcmDebug.h"
  39 //#include "gdcmArgMgr.h"
  40 #include "gdcmUtil.h"
  41 #include "gdcmSerieHelper.h"
  42 #include <vtkImageData.h>
  43 #include <iostream>
  44 #include "vtkGdcmReader.h"
  45
  46 #include <algorithm>
  47 #include "vtkGdcm4DSplitter.h"
  48
  49 /**
  50   * \brief
  51   */
  52
  53 typedef std::map<std::string, GDCM_NAME_SPACE::File*> SortedFiles;
  54
  55 // Due to a deep C++ trouble in 'SortOnTag', we use 'SortOnUserFunction'
  56 bool myCompareFunction(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  57  {
  58    return atof(file1->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str());
  59  }
  60
  61 int main(int argc, char *argv[])
  62 {
  63
  64
  65    std::cout << "... inside " << argv[0] << std::endl;
  66
  67
  68
  69 std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/DYN7INJDYN6_901");
  70
  71
  72    // ----- Begin Processing -----
  73
  74    unsigned short int grSplit;
  75    unsigned short int elSplit;
  76
  77    unsigned short int grSort;
  78    unsigned short int elSort;
  79
  80 // Pour un directory '4D'
  81 // en sortie, chaque vtkImageData contiendra une coupe au cours du temps
  82 // n * 2D+T
  83
  84 std::vector<vtkImageData*> *output;
  85
  86  if (1) {
  87    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
  88    spl->setDirName(strDirName);
  89    spl->setRecursive(false);
  90    spl->setSplitOnPosition();
  91
  92    // Time triger : 0018|1060
  93    grSort=0x0018;
  94    elSort=0x1060;
  95
  96    // ==> Big troubles with SortOnTag
  97    //spl->setSortOnTag(grSort, elSort);
  98    //spl->setSortConvertToFloat(true);
  99
 100    // ==> use SortOnUserFunction !
 101    spl->setSortOnUserFunction(myCompareFunction);
 102
 103    std::cout << "Everything set" << std::endl;
 104    bool res=spl->Go();
 105
 106     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 107     if(!res)
 108     {
 109        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 110     }
 111
 112    output = spl->GetImageDataVector();
 113 }
 114
 115 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 116 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 117 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 118
 119 std::vector<vtkImageData*>::iterator it;
 120 // Print the first one (why not?)
 121 it=output->begin();
 122 (*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 123
 124
 125 // Pour un directory '4D'
 126 // en sortie, chaque  vtkImageData contiendra un volume au cours du temps.
 127 // 3D + T
 128
 129 }
 130
 131
 132