vtk/test4DSplitter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: test4DSplitter.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/04/08 00:14:18 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /* Raisons ne pas utiliser itkImageSeriesReader:
  20
  21 On Wed, Feb 16, 2011 at 11:51 AM, Roger Bramon Feixas <rogerbramon@gmail.com>
  22     Hi,
  23     I'm developing with ITK 3.20 + GDCM 2.0.17 + VTK 5.6 and I've noticed
  24     itkImageSeriesReader is ~2x slower than vtkGDCMImageReader (from GDCM2).
  25     I compared both codes and I think the difference is the extra copy which
  26     itkImageSeriesReader makes from ImageFileReader's output to its own output
  27     (ImageSeriesReader::GenerateData() line 393). I've commented it just to test
  28     the time needed without making the copy and now both readers take more or less
  29     the same time.
  30 */
  31
  32
  33 #include "gdcmFile.h"
  34 #include "gdcmSerieHelper.h"
  35 #include <vtkImageData.h>
  36 #include <iostream>
  37 #include "vtkGdcmReader.h"
  38
  39 #include <algorithm>
  40 #include "vtkGdcm4DSplitter.h"
  41
  42 /**
  43   * \brief
  44   */
  45
  46 typedef std::map<std::string, GDCM_NAME_SPACE::File*> SortedFiles;
  47
  48 // Due to a deep C++ trouble in 'SortOnTag', we use 'SortOnUserFunction'
  49 bool myCompareFunction(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  50  {
  51    return atof(file1->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str());
  52  }
  53
  54 int main(int argc, char *argv[])
  55 {
  56
  57
  58    std::cout << "... inside " << argv[0] << std::endl;
  59
  60 // 3D
  61 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/dSSh_DWISENSE_602");
  62
  63 // 4D
  64 std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/DYN7INJDYN6_901");
  65
  66
  67    // ----- Begin Processing -----
  68
  69    unsigned short int grSplit;
  70    unsigned short int elSplit;
  71
  72    unsigned short int grSort;
  73    unsigned short int elSort;
  74
  75 // Pour un directory '4D'
  76 // en sortie, chaque vtkImageData contiendra une coupe au cours du temps
  77 // n * 2D+T
  78
  79 std::vector<vtkImageData*> *output;
  80
  81  if (1) {
  82    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
  83    spl->setDirName(strDirName);
  84    spl->setRecursive(false);
  85    spl->setSplitOnPosition();
  86    //spl->setSplitOnOrientation();
  87    // Time triger : 0018|1060
  88    grSort=0x0018;
  89    elSort=0x1060;
  90
  91    // ==> Big troubles with SortOnTag
  92    //spl->setSortOnTag(grSort, elSort);
  93    //spl->setSortConvertToFloat(true);
  94
  95    // ==> use SortOnUserFunction !
  96    spl->setSortOnUserFunction(myCompareFunction);
  97
  98    std::cout << "Everything set" << std::endl;
  99    bool res=spl->Go();
 100
 101     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 102     if(!res)
 103     {
 104        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 105     }
 106
 107    output = spl->GetImageDataVector();
 108 }
 109
 110 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 111 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 112 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 113
 114 // Print the first one (why not?)
 115 //(*output)[0]->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 116
 117  std::vector<vtkImageData*>::iterator it;
 118  for(it=output->begin(); it!=output->end(); ++it) {
 119    std::cout << "========================================" << std::endl;
 120    (*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 121  }
 122
 123 // Pour un directory '4D'
 124 // en sortie, chaque  vtkImageData contiendra un volume au cours du temps.
 125 // 3D + T
 126
 127 }
 128
 129
 130