vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/12/13 16:18:13 $
   7   Version:   $Revision: 1.94 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------------------
  20 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  21 //
  22 //===>  Many users expect from vtkGdcmReader it 'orders' the images
  23 //     (that's the job of GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper ...)
  24 //     When user *knows* the files with same Serie UID
  25 //        have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
  26 //     the right way to proceed is as follow :
  27 //
  28 //      GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh= new GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper();
  29 //      // if user wants *not* to load some parts of the file headers
  30 //      sh->SetLoadMode(loadMode);
  31 //
  32 //      // if user wants *not* to load some files
  33 //      sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
  34 //      sh->AddRestriction( ...
  35 //      sh->SetDirectory(directoryWithImages);
  36 //
  37 //      // if user wants to sort reverse order
  38 //      sh->SetSortOrderToReverse();
  39 //
  40 //      // here, we suppose only the first 'Serie' is of interest
  41 //      // it's up to the user to decide !
  42 //      GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  43 //
  44 //      // if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
  45 //      if ( !sh->IsCoherent(l) )
  46 //         return; // not same sizes, same 'pixel' type -> stop
  47 //
  48 //      // WARNING : all  that follows works only with 'bona fide' Series
  49 //      // (In some Series; there are more than one 'orientation'
  50 //      // Don't expected to build a 'volume' with that!
  51 //      //
  52 //      // -> use sh->SplitOnOrientation(l)
  53 //      //  - or sh->SplitOnPosition(l), or SplitOnTagValue(l, gr, el) -
  54 //      // depending on what you want to do
  55 //      // and iterate on the various 'X Coherent File Sets'
  56 //
  57 //      // if user *knows* he has to drop the 'duplicates' images
  58 //      // (same Position)
  59 //      sh->SetDropDuplicatePositions(true);
  60 //
  61 //      // Sorting the list is mandatory
  62 //      // a side effect is to compute ZSpacing for the fle set
  63 //      sh->OrderFileList(l);        // sort the list
  64 //
  65 //      vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  66 //
  67 //      // if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, 90°Rotate, ...)
  68 //      // he has to supply the function that does the job
  69 //      // (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
  70 //      reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
  71 //
  72 //      // to pass a 'Coherent File List' as produced by GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper
  73 //      reader->SetCoherentFileList(l);
  74 //      reader->Update();
  75 //
  76 // WARNING TODO CLEANME
  77 // Actual limitations of this code
  78 //  when a Coherent File List from SerieHelper is not used (bad idea :-(
  79 //
  80 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  81
  82 #include "gdcmFileHelper.h"
  83 #include "gdcmFile.h"
  84 #include "gdcmSerieHelper.h" // for ImagePositionPatientOrdering()
  85
  86 #include "vtkGdcmReader.h"
  87 #include "gdcmDebug.h"
  88 #include "gdcmCommon.h"
  89
  90 #include <vtkObjectFactory.h>
  91 #include <vtkImageData.h>
  92 #include <vtkPointData.h>
  93 #include <vtkLookupTable.h>
  94
  95 vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.94 $")
  96 vtkStandardNewMacro(vtkGdcmReader)
  97
  98 //-----------------------------------------------------------------------------
  99 // Constructor / Destructor
 100 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
 101 {
 102    this->LookupTable = NULL;
 103    this->AllowLookupTable = false;
 104    //this->AllowLightChecking = false;
 105    this->LoadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL; // Load everything (possible values :
 106                                   //  - LD_NOSEQ,
 107                                   //  - LD_NOSHADOW,
 108                                   //  - LD_NOSHADOWSEQ)
 109    this->CoherentFileList = 0;
 110    this->UserFunction     = 0;
 111
 112    this->OwnFile=true;
 113    // this->Execution=false; // For VTK5.0
 114
 115    this->KeepOverlays = false;
 116 }
 117
 118 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
 119 {
 120    this->RemoveAllFileName();
 121    this->InternalFileNameList.clear();
 122    if(this->LookupTable)
 123       this->LookupTable->Delete();
 124 }
 125
 126 //-----------------------------------------------------------------------------
 127 // Print
 128 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream &os, vtkIndent indent)
 129 {
 130    this->Superclass::PrintSelf(os,indent);
 131    os << indent << "Filenames  : " << endl;
 132    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
 133    for (std::list<std::string>::iterator it = FileNameList.begin();
 134         it != FileNameList.end();
 135         ++it)
 136    {
 137       os << nextIndent << it->c_str() << endl ;
 138    }
 139 }
 140
 141 //-----------------------------------------------------------------------------
 142 // Public
 143 /*
 144  * Remove all files from the list of images to read.
 145  */
 146 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
 147 {
 148    this->FileNameList.clear();
 149    this->Modified();
 150 }
 151
 152 /*
 153  * Adds a file name to the list of images to read.
 154  */
 155 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 156 {
 157    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 158    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 159    this->FileNameList.push_back(name);
 160    this->Modified();
 161 }
 162
 163 /*
 164  * Sets up a filename to be read.
 165  */
 166 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 167 {
 168    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 169    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 170    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 171    // this list when we manually positionate the filename.
 172    vtkDebugMacro(<< "Clearing all files given with AddFileName");
 173    this->FileNameList.clear();
 174    this->Modified();
 175 }
 176
 177 //-----------------------------------------------------------------------------
 178 // Protected
 179 /*
 180  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 181  */
 182 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 183 {
 184 //   if(this->Execution)  // For VTK5.0
 185 //      return;
 186 //
 187 //   this->Execution=true; // end For VTK5.0
 188    this->RemoveAllInternalFile();
 189    if(this->MTime>this->fileTime)
 190    {
 191       this->TotalNumberOfPlanes = 0;
 192
 193       if ( this->CoherentFileList != 0 )
 194       {
 195          this->UpdateFileInformation();
 196       }
 197       else
 198       {
 199          this->BuildFileListFromPattern();
 200          this->LoadFileInformation();
 201       }
 202
 203       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 204       {
 205          vtkErrorMacro(<< "File set is not coherent. Exiting...");
 206          return;
 207       }
 208
 209       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 210       // set the z axis extent to the VOI z axis
 211       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 212          (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 213       {
 214          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 215          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 216       }
 217
 218       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 219       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 220       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 221       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 222       {
 223          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 224              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 225              (this->DataVOI[2] < 0) ||
 226              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 227              (this->DataVOI[4] < 0) ||
 228              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 229          {
 230             vtkWarningMacro(<< "The requested VOI is larger than expected extent.");
 231             this->DataVOI[0] = 0;
 232             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 233             this->DataVOI[2] = 0;
 234             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 235             this->DataVOI[4] = 0;
 236             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 237          }
 238       }
 239
 240       // Set the Extents.
 241       this->DataExtent[0] = 0;
 242       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 243       this->DataExtent[2] = 0;
 244       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 245       this->DataExtent[4] = 0;
 246       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 247
 248       // We don't need to set the Endian related stuff (by using
 249       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 250       // since the reading of the file is done by gdcm.
 251       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 252       if      ( ImageType == "8U" )
 253       {
 254          vtkDebugMacro(<< "8 bits unsigned image");
 255          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 256       }
 257       else if ( ImageType == "8S" )
 258       {
 259          vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 8 bit signed files");
 260          return;
 261       }
 262       else if ( ImageType == "16U" )
 263       {
 264          vtkDebugMacro(<< "16 bits unsigned image");
 265          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 266       }
 267       else if ( ImageType == "16S" )
 268       {
 269          vtkDebugMacro(<< "16 bits signed image");
 270          this->SetDataScalarTypeToShort();
 271       }
 272       else if ( ImageType == "32U" )
 273       {
 274          vtkDebugMacro(<< "32 bits unsigned image");
 275          vtkDebugMacro(<< "WARNING: forced to signed int !");
 276          this->SetDataScalarTypeToInt();
 277       }
 278       else if ( ImageType == "32S" )
 279       {
 280          vtkDebugMacro(<< "32 bits signed image");
 281          this->SetDataScalarTypeToInt();
 282       }
 283       else if ( ImageType == "FD" )
 284       {
 285          vtkDebugMacro(<< "64 bits Double image");
 286          this->SetDataScalarTypeToDouble();
 287       }
 288       //Set number of scalar components:
 289       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 290
 291       this->fileTime=this->MTime;
 292    }
 293
 294    this->Superclass::ExecuteInformation();
 295
 296    //this->GetOutput()->SetUpdateExtentToWholeExtent();// For VTK5.0
 297    //this->BuildData(this->GetOutput());
 298
 299    //this->Execution=false;
 300    //this->RemoveAllInternalFile();                   // End For VTK5.0
 301 }
 302
 303 /*
 304  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 305  * (see vtkSource.cxx for last step).
 306  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 307  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The data
 308  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 309  */
 310 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 311 {
 312    vtkImageData *data=vtkImageData::SafeDownCast(output);
 313    data->SetExtent(this->DataExtent);
 314
 315 /*   if ( CoherentFileList != 0 )   // When a list of names is passed
 316    {
 317       if (this->CoherentFileList->empty())
 318       {
 319          vtkErrorMacro(<< "Coherent File List must have at least a valid File*.");
 320          return;
 321       }
 322    }
 323    else if (this->InternalFileNameList.empty())
 324    {
 325       vtkErrorMacro(<< "A least a valid FileName must be specified.");
 326       return;
 327    }
 328 */
 329
 330   // data->AllocateScalars();  // For VTK5.0
 331   // if (this->UpdateExtentIsEmpty(output))
 332   // {
 333   //    return;
 334   // }
 335 //}                           // end For VTK5.0
 336
 337    data->AllocateScalars();  // For VTK5.0
 338
 339 #if (VTK_MAJOR_VERSION >= 5) || ( VTK_MAJOR_VERSION == 4 && VTK_MINOR_VERSION > 2 )
 340 //#if (VTK_MAJOR_VERSION >= 5)
 341    if (this->UpdateExtentIsEmpty(output))
 342    {
 343       return;
 344    }
 345 #endif
 346
 347    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 348
 349    // Test if output has valid extent
 350    // Prevent memory errors
 351    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 352       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 353       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 354    {
 355       // The memory size for a full stack of images of course depends
 356       // on the number of planes and the size of each image:
 357       //size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 358       //                      * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 359       //size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize; //not used
 360       // Allocate pixel data space itself.
 361
 362       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 363       // the advance of the process:
 364       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 365                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 366                                          / 50.0);
 367       // The actual advance measure:
 368       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 369
 370       // Filling the allocated memory space with each image/volume:
 371
 372       size_t size = this->NumColumns * this->NumLines * this->NumPlanes
 373                   * data->GetScalarSize() * this->NumComponents;
 374       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetScalarPointer();
 375       for (std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* >::iterator it =  InternalFileList.begin();
 376                                                it != InternalFileList.end();
 377                                              ++it)
 378       {
 379          this->LoadImageInMemory(*it, Dest,
 380                                  UpdateProgressTarget,
 381                                  UpdateProgressCount);
 382          Dest += size;
 383       }
 384    }
 385    this->RemoveAllInternalFile(); // For VTK5.0
 386 }
 387
 388 /*
 389  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 390  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 391  *     SetFilePattern()
 392  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 393  * When the first method was used by caller we need to update the local
 394  * filename list
 395  */
 396 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 397 {
 398    this->RemoveAllInternalFileName();
 399
 400    // Test miscellanous cases
 401    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 402    {
 403       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
 404       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 405       return;
 406    }
 407
 408    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
 409    {
 410       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 411       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 412       return;
 413    }
 414
 415    if (this->FileName && this->FilePrefix)
 416    {
 417       vtkErrorMacro(<< "Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 418       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 419       return;
 420    }
 421
 422    // Create the InternalFileNameList
 423    if (! this->FileNameList.empty()  )
 424    {
 425       vtkDebugMacro(<< "Using the AddFileName specified files");
 426       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 427       return;
 428    }
 429
 430    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
 431    {
 432       vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 433       vtkErrorMacro(<< "specify a FileName or FilePrefix.");
 434       return;
 435    }
 436
 437    if( this->FileName )
 438    {
 439       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
 440       // Case of multi-frame file considered here
 441       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 442       vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 443       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 444    }
 445    else
 446    {
 447       // Multi file loading (as given with ::SetFilePattern()):
 448       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 449       {
 450          this->ComputeInternalFileName(idx);
 451          vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 452          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 453       }
 454    }
 455 }
 456
 457 /**
 458  * Load all the files and set it in the InternalFileList
 459  * For each file, the readability and the coherence of image caracteristics
 460  * are tested. If an image doesn't agree the required specifications, it
 461  * isn't considered and no data will be set for the planes corresponding
 462  * to this image
 463  *
 464  * The source of this work is the list of file name generated by the
 465  * BuildFileListFromPattern method
 466  */
 467 void vtkGdcmReader::LoadFileInformation()
 468 {
 469    GDCM_NAME_SPACE::File *file;
 470    bool foundReference=false;
 471    std::string type;
 472
 473    this->OwnFile=true;
 474    for (std::list<std::string>::iterator filename = InternalFileNameList.begin();
 475         filename != InternalFileNameList.end();
 476         ++filename)
 477    {
 478       // check for file readability
 479       FILE *fp;
 480       fp = fopen(filename->c_str(),"rb");
 481       if (!fp)
 482       {
 483          vtkErrorMacro(<< "Unable to open file " << filename->c_str());
 484          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
 485                        << filename->c_str());
 486          file = NULL;
 487          InternalFileList.push_back(file);
 488          continue;
 489       }
 490       fclose(fp);
 491
 492       // Read the file
 493       file=GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 494       file->SetLoadMode( LoadMode );
 495       file->SetFileName(filename->c_str() );
 496       file->Load();
 497
 498       // Test the Dicom file readability
 499       if(!file->IsReadable())
 500       {
 501          vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
 502          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
 503                         << filename->c_str());
 504          file->Delete();
 505          file=NULL;
 506          InternalFileList.push_back(file);
 507          continue;
 508       }
 509
 510       // Test the Pixel Type recognition
 511       type = file->GetPixelType();
 512       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 513           && (type != "16U") && (type != "16S")
 514           && (type != "32U") && (type != "32S") )
 515       {
 516          vtkErrorMacro(<< "Bad File Type for file " << filename->c_str() << "\n"
 517                        << "   File type found : " << type.c_str()
 518                        << " (might be 8U, 8S, 16U, 16S, 32U, 32S) \n"
 519                        << "   Removing this file from read files");
 520          file->Delete();
 521          file=NULL;
 522          InternalFileList.push_back(file);
 523          continue;
 524       }
 525
 526       // Test the image informations
 527       if(!foundReference)
 528       {
 529          foundReference = true;
 530          GetFileInformation(file);
 531
 532          vtkDebugMacro(<< "This file taken as coherence reference:"
 533                         << filename->c_str());
 534          vtkDebugMacro(<< "Image dimensions of reference file as read from Gdcm:"
 535                         << this->NumColumns << " " << this->NumLines << " "
 536                         << this->NumPlanes);
 537       }
 538       else if(!TestFileInformation(file))
 539       {
 540          file->Delete();
 541          file=NULL;
 542       }
 543
 544       InternalFileList.push_back(file);
 545    }
 546 }
 547
 548 /**
 549  * Update the file informations.
 550  * This works exactly like LoadFileInformation, but the source of work
 551  * is the list of coherent files
 552  */
 553 void vtkGdcmReader::UpdateFileInformation()
 554 {
 555    this->InternalFileList=*(this->CoherentFileList);
 556    this->OwnFile=false;
 557
 558    for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
 559                               it!=InternalFileList.end();
 560                               ++it)
 561    {
 562       if( *it != NULL)
 563       {
 564          GetFileInformation(*it);
 565          break;
 566       }
 567    }
 568 }
 569
 570 /**
 571  * Get the informations from a file.
 572  * These informations are required to specify the output image
 573  * caracteristics
 574  */
 575 void vtkGdcmReader::GetFileInformation(GDCM_NAME_SPACE::File *file)
 576 {
 577    // Get the image caracteristics
 578    this->NumColumns = file->GetXSize();
 579    this->NumLines   = file->GetYSize();
 580    this->NumPlanes  = file->GetZSize();
 581
 582    if (CoherentFileList == 0)
 583       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*InternalFileNameList.size();
 584    else
 585       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*CoherentFileList->size();
 586
 587    this->ImageType = file->GetPixelType();
 588    this->PixelSize = file->GetPixelSize();
 589
 590    this->DataSpacing[0] = file->GetXSpacing();
 591    this->DataSpacing[1] = file->GetYSpacing();
 592
 593    //  Most of the file headers have NO z spacing
 594    //  It must be calculated from the whole GDCM_NAME_SPACE::Serie (if any)
 595    //  using Jolinda Smith's algoritm.
 596    //  see GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering()
 597    if (CoherentFileList == 0)
 598       this->DataSpacing[2] = file->GetZSpacing();
 599    else
 600    {
 601        // Just because OrderFileList() is a member of GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper
 602        // we need to instanciate sh.
 603       GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 604       sh->OrderFileList(CoherentFileList); // calls ImagePositionPatientOrdering()
 605       this->DataSpacing[2] = sh->GetZSpacing();
 606       sh->Delete();
 607    }
 608
 609    // Get the image data caracteristics
 610    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 611    {
 612       // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
 613       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 614    }
 615    else
 616    {
 617       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 618    }
 619 }
 620
 621 /*
 622  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 623  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 624  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 625  *     - they all share the same X dimensions
 626  *     - they all share the same Y dimensions
 627  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 628  *
 629  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 630  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 631  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 632  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 633  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 634  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 635  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 636  */
 637 /**
 638  * Test the coherent informations of the file with the reference informations
 639  * used as image caracteristics. The tested informations are :
 640  * - they all share the same X dimensions
 641  * - they all share the same Y dimensions
 642  * - they all share the same Z dimensions
 643  * - they all share the same number of components
 644  * - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 645  *
 646  * \return True if the file match, False otherwise
 647  */
 648 bool vtkGdcmReader::TestFileInformation(GDCM_NAME_SPACE::File *file)
 649 {
 650    int numColumns = file->GetXSize();
 651    int numLines   = file->GetYSize();
 652    int numPlanes  = file->GetZSize();
 653    int numComponents;
 654    unsigned int pixelSize  = file->GetPixelSize();
 655
 656    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 657       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 658    else
 659       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 660
 661    if( numColumns != this->NumColumns )
 662    {
 663       vtkErrorMacro(<< "File X value doesn't match with the previous ones: "
 664                     << file->GetFileName().c_str()
 665                     << ". Found " << numColumns << ", must be "
 666                     << this->NumColumns);
 667       return false;
 668    }
 669    if( numLines != this->NumLines )
 670    {
 671       vtkErrorMacro(<< "File Y value doesn't match with the previous ones: "
 672                     << file->GetFileName().c_str()
 673                     << ". Found " << numLines << ", must be "
 674                     << this->NumLines);
 675       return false;
 676    }
 677    if( numPlanes != this->NumPlanes )
 678    {
 679       vtkErrorMacro(<< "File Z value doesn't match with the previous ones: "
 680                     << file->GetFileName().c_str()
 681                     << ". Found " << numPlanes << ", must be "
 682                     << this->NumPlanes);
 683       return false;
 684    }
 685    if( numComponents != this->NumComponents )
 686    {
 687       vtkErrorMacro(<< "File Components count doesn't match with the previous ones: "
 688                     << file->GetFileName().c_str()
 689                     << ". Found " << numComponents << ", must be "
 690                     << this->NumComponents);
 691       return false;
 692    }
 693    if( pixelSize != this->PixelSize )
 694    {
 695       vtkErrorMacro(<< "File pixel size doesn't match with the previous ones: "
 696                     << file->GetFileName().c_str()
 697                     << ". Found " << pixelSize << ", must be "
 698                     << this->PixelSize);
 699       return false;
 700    }
 701
 702    return true;
 703 }
 704
 705 //-----------------------------------------------------------------------------
 706 // Private
 707 /*
 708  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 709  */
 710 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 711 {
 712    this->InternalFileNameList.clear();
 713 }
 714
 715 /*
 716  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 717  */
 718 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char *name)
 719 {
 720    char *LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 721    strcpy(LocalName, name);
 722    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 723    delete[] LocalName;
 724 }
 725
 726 /*
 727  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 728  */
 729 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFile(void)
 730 {
 731    if(this->OwnFile)
 732    {
 733       for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
 734                                  it!=InternalFileList.end();
 735                                  ++it)
 736       {
 737          (*it)->Delete();
 738       }
 739    }
 740    this->InternalFileList.clear();
 741 }
 742
 743 void vtkGdcmReader::IncrementProgress(const unsigned long updateProgressTarget,
 744                                       unsigned long &updateProgressCount)
 745 {
 746    // Update progress related for bad files:
 747    updateProgressCount += this->NumLines;
 748    if (updateProgressTarget > 0)
 749    {
 750       if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
 751       {
 752          this->UpdateProgress(
 753              updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
 754       }
 755    }
 756 }
 757
 758 /*
 759  * Loads the contents of the image/volume contained by char *fileName at
 760  * the dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 761  */
 762 /*void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 763              std::string fileName,
 764              unsigned char *dest,
 765              const unsigned long updateProgressTarget,
 766              unsigned long &updateProgressCount)
 767 {
 768    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
 769
 770    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 771    f = new GDCM_NAME_SPACE::File();
 772    f->SetLoadMode( LoadMode );
 773    f->SetFileName( fileName.c_str() );
 774    f->Load( );
 775
 776    LoadImageInMemory(f,dest,
 777                      updateProgressTarget,
 778                      updateProgressCount);
 779    delete f;
 780 }*/
 781
 782 /*
 783  * Loads the contents of the image/volume contained by GDCM_NAME_SPACE::File* f at
 784  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 785  * \ param f File to consider. NULL if the file must be skiped
 786  * \remarks Assume that if (f != NULL) then its caracteristics match
 787  * with the previous ones
 788  */
 789 void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 790              GDCM_NAME_SPACE::File *f,
 791              unsigned char *dest,
 792              const unsigned long updateProgressTarget,
 793              unsigned long &updateProgressCount)
 794 {
 795    if(!f)
 796       return;
 797
 798    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
 799    fileH->SetUserFunction( UserFunction );
 800
 801    fileH->SetKeepOverlays ( this->KeepOverlays);
 802
 803    int numColumns = f->GetXSize();
 804    int numLines   = f->GetYSize();
 805    int numPlanes  = f->GetZSize();
 806    int numComponents;
 807
 808    if( f->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 809       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 810    else
 811       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 812    vtkDebugMacro(<< "numComponents:" << numComponents);
 813    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << f->GetFileName().c_str() << "]");
 814    //size_t size;
 815
 816    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 817    // were straigthforwards the following would be enough:
 818    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 819    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 820    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 821    // to load the image line by line, starting from the end.
 822
 823    int lineSize   = NumComponents * numColumns * f->GetPixelSize();
 824    int planeSize  = lineSize * numLines;
 825
 826    unsigned char *src;
 827
 828    if( fileH->GetFile()->HasLUT() && AllowLookupTable )
 829    {
 830       // to avoid bcc 5.5 w
 831       /*size               = */ fileH->GetImageDataSize();
 832       src                = (unsigned char*) fileH->GetImageDataRaw();
 833       unsigned char *lut = (unsigned char*) fileH->GetLutRGBA();
 834
 835       if(!this->LookupTable)
 836       {
 837          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 838       }
 839
 840       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 841       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 842       {
 843          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 844          (float)lut[4*tmp+0]/255.0,
 845          (float)lut[4*tmp+1]/255.0,
 846          (float)lut[4*tmp+2]/255.0,
 847          1);
 848       }
 849       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 850       vtkDataSetAttributes *a = this->GetOutput()->GetPointData();
 851       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 852       delete[] lut;
 853    }
 854    else
 855    {
 856       //size = fileH->GetImageDataSize();
 857       // useless - just an accessor;  'size' unused
 858       src  = (unsigned char*)fileH->GetImageData();
 859    }
 860
 861    unsigned char *dst = dest + planeSize - lineSize;
 862    for (int plane = 0; plane < numPlanes; plane++)
 863    {
 864       for (int line = 0; line < numLines; line++)
 865       {
 866          // Copy one line at proper destination:
 867          memcpy((void*)dst, (void*)src, lineSize);
 868          src += lineSize;
 869          dst -= lineSize;
 870          // Update progress related:
 871          if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
 872          {
 873             this->UpdateProgress(
 874                updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
 875          }
 876          updateProgressCount++;
 877       }
 878       dst += 2 * planeSize;
 879    }
 880
 881    fileH->Delete();
 882 }
 883
 884 //-----------------------------------------------------------------------------