vtk/vtkgdcmViewer2.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkgdcmViewer2.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/09/01 13:33:36 $
   7   Version:   $Revision: 1.18 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 // This example illustrates how the vtkGdcmReader vtk class can be
  19 // used in order to:
  20 //  * produce a simple (vtk based) Dicom image STACK VIEWER.
  21 //  * dump the stack considered as a volume in a vtkStructuredPoints
  22 //    vtk file: the vtk gdcm wrappers can be seen as a simple way to convert
  23 //    a stack of Dicom images into a native vtk volume.
  24 //
  25 // Usage:
  26 //  * the filenames of the Dicom images constituting the stack should be
  27 //    given as command line arguments,
  28 //  * you can navigate through the stack by hitting any character key,
  29 //  * the produced vtk file is named "foo.vtk" (in the invocation directory).
  30 //  * if the last 'filename' == "o", overlays (group 60xx)  are loaded.
  31 //  * just a test!
  32 //
  33 //----------------------------------------------------------------------------
  34 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>
  35 #if VTK_MAJOR_VERSION >= 5
  36 #include "vtkImageColorViewer.h"
  37 #else
  38 #include <vtkImageViewer2.h>
  39 #endif
  40 #include <vtkStructuredPoints.h>
  41 #include <vtkStructuredPointsWriter.h>
  42 #include <vtkPNGWriter.h>
  43 #include <vtkMetaImageWriter.h>
  44 #include <vtkWindowToImageFilter.h>
  45 #include <vtkRenderWindow.h>
  46 #include <vtkCommand.h>
  47 #include <vtkRenderer.h>
  48 #include <vtkImageMapToColors.h>
  49 #include <vtkLookupTable.h>
  50
  51 #include "vtkGdcmReader.h"
  52 #include "gdcmDocument.h"  // for NO_SHADOWSEQ
  53 #ifndef vtkFloatingPointType
  54 #define vtkFloatingPointType float
  55 #endif
  56
  57 //----------------------------------------------------------------------------
  58 // Callback for the interaction
  59 class vtkgdcmObserver : public vtkCommand
  60 {
  61 public:
  62    virtual char const *GetClassName() const
  63    {
  64       return "vtkgdcmObserver";
  65    }
  66    static vtkgdcmObserver *New()
  67    {
  68       return new vtkgdcmObserver;
  69    }
  70    vtkgdcmObserver()
  71    {
  72       this->ImageViewer = NULL;
  73    }
  74    virtual void Execute(vtkObject *caller, unsigned long event, void* /*callData*/ )
  75    {
  76       if ( this->ImageViewer )
  77       {
  78          vtkRenderWindowInteractor * rwi = vtkRenderWindowInteractor::SafeDownCast( caller );
  79          char keycode = 0;
  80          if( rwi ) keycode = rwi->GetKeyCode();
  81          if ( event == vtkCommand::CharEvent && keycode != 's' )
  82          {
  83 #if VTK_MAJOR_VERSION >= 5
  84             int max = ImageViewer->GetSliceMax();
  85             int slice = (ImageViewer->GetSlice() + 1 ) % ++max;
  86             ImageViewer->SetSlice( slice );
  87 #else
  88             int max = ImageViewer->GetWholeZMax();
  89             int slice = (ImageViewer->GetZSlice() + 1 ) % ++max;
  90             ImageViewer->SetZSlice( slice );
  91 #endif
  92 #if !( (VTK_MAJOR_VERSION >= 5) || ( VTK_MAJOR_VERSION == 4 && VTK_MINOR_VERSION >= 5 ) )
  93          // This used to be a bug in version VTK 4.4 and earlier
  94             ImageViewer->GetRenderer()->ResetCameraClippingRange();
  95 #endif
  96             ImageViewer->Render();
  97          }
  98          else if ( keycode == 's' )
  99          {
 100            vtkPNGWriter * writer = vtkPNGWriter::New();
 101            vtkWindowToImageFilter * w2i = vtkWindowToImageFilter::New();
 102            w2i->SetInput( rwi->GetRenderWindow() );
 103            writer->SetInput( w2i->GetOutput() );
 104            writer->SetFileName( "snapshot.png" );
 105            writer->Write();
 106            //std::cerr << "Screenshort saved to snapshot.png" << std::endl;
 107          }
 108       }
 109    }
 110 #if VTK_MAJOR_VERSION >= 5
 111    vtkImageColorViewer *ImageViewer;
 112 #else
 113    vtkImageViewer2 *ImageViewer;
 114 #endif
 115 };
 116
 117 // --------------------------------------------------------------------------------
 118
 119 int main(int argc, char *argv[])
 120 {
 121    if( argc < 2 )
 122       return 0;
 123
 124    bool metaWrite = false;
 125
 126    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 127    reader->AllowLookupTableOff();
 128
 129
 130    if (strcmp (argv[argc-1], "o") == 0)
 131    {
 132       argc--; // Is it allowed?!?
 133       reader->SetKeepOverlays(true);
 134    }
 135
 136 // not a very clever way to pass several params
 137 // but it's just for checking
 138    if (strcmp (argv[argc-1], "n") == 0)
 139    {
 140       argc--; // Is it allowed?!?
 141       reader->SetFlipY(false);
 142    }
 143
 144    if (strcmp (argv[argc-1], "m") == 0)
 145    {
 146       argc--; // Is it allowed?!?
 147       metaWrite = true;
 148    }
 149
 150    if( argc == 2 )
 151       reader->SetFileName( argv[1] );
 152    else
 153       for(int i=1; i< argc; i++)
 154          reader->AddFileName( argv[i] );
 155
 156 // TODO : allow user to choose Load Mode
 157    reader->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ);
 158    reader->Update();
 159
 160    //print debug info:
 161    reader->GetOutput()->Print( cout );
 162
 163
 164    //if you wish you can export dicom to a .mhd file
 165    //if (metaWrite) {
 166    std::cout << "try to write .mhd" << std::endl;
 167       vtkMetaImageWriter* w = vtkMetaImageWriter::New();
 168       w->SetInput( reader->GetOutput());
 169       w->SetFileName( "/home/jpr/Desktop/toto.mhd" );
 170       w->SetFileDimensionality(3);
 171       w->SetCompression(false);
 172       w->Update();
 173       w->Write();
 174       //w->Delete();
 175       std::cout << "end write .mhd" << std::endl;
 176     //}
 177
 178
 179    vtkRenderWindowInteractor *iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 180 #if VTK_MAJOR_VERSION >= 5
 181    vtkImageColorViewer *viewer = vtkImageColorViewer::New();
 182 #else
 183    vtkImageViewer2 *viewer = vtkImageViewer2::New();
 184 #endif
 185
 186    if( reader->GetLookupTable() )
 187    {
 188       //convert to color:
 189       vtkImageMapToColors *map = vtkImageMapToColors::New ();
 190       map->SetInput (reader->GetOutput());
 191       map->SetLookupTable (reader->GetLookupTable());
 192       map->SetOutputFormatToRGB();
 193       viewer->SetInput ( map->GetOutput() );
 194       map->Delete();
 195    }
 196    else
 197    {
 198
 199    // For a single medical image, it would be more efficient to use
 200    // 0028|1050 [DS] [Window Center]
 201    // 0028|1051 [DS] [Window Width]
 202    // but vtkgdcmReader doesn't know about them :-(
 203
 204    if( reader->GetOutput()->GetNumberOfScalarComponents() == 1 )
 205      {
 206      vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 207      viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 208      viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 209      }
 210       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
 211    }
 212    viewer->SetupInteractor (iren);
 213
 214    // Here is where we setup the observer,
 215    vtkgdcmObserver *obs = vtkgdcmObserver::New();
 216    obs->ImageViewer = viewer;
 217    iren->AddObserver(vtkCommand::CharEvent,obs);
 218    obs->Delete();
 219
 220 #if VTK_MAJOR_VERSION >= 5
 221    viewer->Render(); // Don't ask why...
 222 #endif
 223    iren->Initialize();
 224    iren->Start();
 225
 226    //if you wish you can export dicom to a vtk file
 227    vtkStructuredPointsWriter *writer = vtkStructuredPointsWriter::New();
 228    writer->SetInput( reader->GetOutput());
 229    writer->SetFileName( "foo.vtk" );
 230    writer->SetFileTypeToBinary();
 231    //writer->Write();
 232
 233    //if you wish you can export dicom to a .mhd file
 234    /*
 235    if (metaWrite) {
 236       vtkMetaImageWriter* w = vtkMetaImageWriter::New();
 237       w->SetInput( reader->GetOutput());
 238       w->SetFileName( "foo.mhd" );
 239       w->SetCompression(false);
 240       w->Write();
 241       w->Delete();
 242     }
 243 */
 244    reader->Delete();
 245    iren->Delete();
 246    viewer->Delete();
 247    writer->Delete();
 248
 249    return 0;
 250 }