Some improvements for Write problems

remove commented out line after fix of  gdcmFile::SetImageData()
ctest doesn't break.
Is it enought to say my fix is OK ?

Doxygenation

Doxygenation

some more DICOMDIR fixes

ENH: Refactor some code

FIX: Unused vars

light modif around DICOMDIR stuff

Eric Boix

return 0 replaces continue in step 3a

minor updates

- now, DicomDir stuff stakes into account the 'new' structure
- gdcmObject is no longer composed of 2 pointers in a chained list, but is an SQItem
- useless gdcmDicomDir::WriteEntries method is removed
- useless gdcmDicomDir::AddObjectToEnd method is removed
- WARNING : BuidUpDicomDir not yet debugged, but I prefer to commit right now.
-> See you tomorow

Memo for gcc flags added.

FIX: Compilation on Mac OSX is fine now + remove tabs

ENH: Fix a shadow variable

ENH: forgot this easy one

FIX: There were lot of shadowed variables, could have been a hell to debug + remove tabs

  * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.

  * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
    to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
  * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
  * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies

  * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
    gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
  * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used allways return true)
  * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
    exception_on_error parameter.
    - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
    - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
    - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.

  * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
    to avoid inclusion recursion until STL is reached.
  * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
    mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
  * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
    (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
  * TODO updated

ENH: Who would have bet ! Some cosmetic cleanups

ENH: Guess what ! Still some cosmetic cleanup

ENH: Minor patch, cosmetic -again-. Remove all this->. I might have discover the reason of misterious leaks

ENH: Minor patch, mostly cosmetic clean up

ENH: Test now support passing argument, thus instead of iterating over all images, you can pass the input dicom images and the reference image. This is pretty usefull in debug time

ENH: Support icc8 compilation: warning #470: qualified name is not allowed in member declaration
     void gdcmDocument::Parse7FE0 ();

  * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
    skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
  * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.

  * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
  * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
    enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
  * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
  * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.

FIX: Dart is dumb

  * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
    in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.

STYLE: minor

FIX: mem leak

FIX: valgrind reported this one:
UMR ==23598== Use of uninitialised value of size 4
==23598==    at 0x77C5B7: isalpha (in /lib/tls/libc-2.3.2.so)
==23598==    by 0x3C2CAB2E: gdcmDocument::FindDocEntryVR(gdcmDocEntry*) (gdcmDocument.cxx:1783)
==23598==    by 0x3C2CCE83: gdcmDocument::ReadNextDocEntry() (gdcmDocument.cxx:2556)
==23598==    by 0x3C2C985C: gdcmDocument::ParseSQ(gdcmSeqEntry*, long, long, bool) (gdcmDocument.cxx:1422)
==23598==    by 0x3C2C9792: gdcmDocument::ParseDES(gdcmDocEntrySet*, long, long, bool) (gdcmDocument.cxx:1391)
==23598==    by 0x3C2C5858: gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const&, bool, bool, bool) (gdcmDocument.cxx:130)
==23598==    by 0x3C2B19FA: gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const&, bool, bool, bool) (gdcmHeader.cxx:47)
==23598==    by 0x8053824: PrintAllDocument(int, char**) (PrintAllDocument.cxx:34)
==23598==    by 0x8050D3E: main (gdcmTests.cxx:173)
==23598==

FIX could not compile with warnings flags

FIX: Finally *.nema are taken into account

BUG: On recent debian system, the dirent structure is not fed properly. Furthermore the scandir is only a BSD extension and not POSIX. So rewrote Explore function to be POSIX and works on recent debian system. The Explore function will also now return the number of files read

Update ChangeLog

JPR
Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(

DICOMDIR skeleton modifs, for future version

JPR:
commented out :
   # BuildUpDicomDir.cxx
   # makeDicomDir.cxx
(it's useless to test unckecked code -whatever the result is-)

Add a copy of :
   BuildUpDicomDir.cxx
   PrintDicomDir.cxx
makeDicomDir.cxx
in order to be able to check DicomDir problems without breaking the testsuite

update ChangeLog

Jean-Pierre Roux
Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields for 'Transfert Syntax UID', or
'Media Stored SOP Class UID', etc. :-(
Fixed

Now Examples/PrintFile displays properly Transfert Syntax Name, whatever the
padding is made of...

   * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
   * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
     variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
     is now in static in the gdcmDebug class
   * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
   * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
   -- BeNours

ENH: Fix warnings

BUG: There was two bombs at the same time. Guess what what I found them all

ENH: Ok let's be safe

BUG: Need to lean c++ (bug in g++ ?)

ENH: Apply cleanup patch

BUG: doh, forgot this one (char* vs string) + untabify

BUG: very same bug when using char* instead of string

ENH: Dummy cleanup patch

ENH: Cautiously apply second cleanup patch

ENH: Cautiously apply first cleanup patch

ENH:GDCMify + minor tweak

ENH: Minor cleanups + ShowDicom now reread a written image

ENH: Some fix, plus some cleanup

FIX: Could not compile with warnings flags on

 Zilch. --- Frog

   * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
     check out gdcmData properly for things to run smoothly...
   * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
     (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
     we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
     that displays position and size).
   * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
     This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
     be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
     modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
     without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
     I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
     reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
        Anyhow, consider documenting the gdcmData images in
     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
     commiting changes).
   * Test/CMakeLists.txt:
      - now uses TestAllEntryVerify.cxx
      - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
        to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
        gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
   * TODO updated.

Parsing is hell... Frog

 - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
     - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
     - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
     - removal of typedef duplication.
     - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
     - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().

   * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
      - printf polluting ctest removed.
      - TAB removal for comminting
   * Test:
     - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
       images in gdcmDataImages.h with corresponding images in
       gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
       this test creates them.
       Note: we need to validate each reference image, but before that
             I'd like to rename them with a more explicit name...
     - CMakeLists.txt: changed accordingly.
   * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to
     including each header needed).

   * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
     test suite to the Example directory. Are concerned:
      - PrintHeader.cxx
     - TestDcm2Acr.cxx
     - TestFindTags.cxx
     - TestWrite.cxx was
     - TestWriteSimple.cxx
   * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
     image gdcmData/oldACR00001.ima

   * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
     with removal from gdcmData):
      - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
      - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
      - US.3405.1.dcm
     Added the following because after last cvs update, they cause
       ctest -R TestReadWriteReadCompare
     to segfault:
      - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
      - oldACR00001.ima

   * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
     to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
     new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
     form of test...
   * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
     we don't need to black list the following images anymore:
      - 8BitsUncompressedColor.dcm
      - OT-PAL-8-face.dcm
      - US-PAL-8-10x-echo.dcm
   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
     fixes and the beautified code ;-)
     This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
     that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
     Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
           improve the test suite). The bug could be detected by using
           gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
           or by using
           gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
           and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...

update ChangeLog

FIX : remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
      replace by uggly but working old code :-(
A lot of stuff should be OK again.

   * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
     redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
   * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
     Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
     black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
                   - OT-PAL-8-face.dcm
                   - US-PAL-8-10x-echo.dcm

   * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in
      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
      image.
   * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
     (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
     ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was allways
     broken) and the Python related stuff (still not fixed).

 ADD : PrintFile.cxx
       Write.cxx
 + tabs hunting

Fix warnings, and fix TestWriteRead

Doxygenation

updtae ChangeLog

Add the 'WriteRead' example

remove old mutimap related code

BUG: Fix default value

now uses all the images of gdcmData.   Frog

update ChangeLog

Jean-Pierre Roux
"UN" value representation Elements are now written correctly
     (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)

FIX : odd length of string corresponding to an integer pb

update ChangeLog

- now gdcmHeader has its own Write methods (in order to split
      the job that has not to be done for gdcmDicomDir)

- now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any) when SamplesPerPixel =3
- now Write is no longer confused by 'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"

+ Tabs hunting

ENH: Some cosmetic cleanup of gdcmFile, main changes are: lgrTotal -> ImageDataSize / lgrTotaleRaw -> ImageDataSizeRaw, it matches then there accessors (simple et de bon gout in french).
* I also marked some lines as dangerous (mem leaks), and a comment for 12 bits images
* Added conversion table in DEVELOPPERS
* Also untabify, checkTabs is working :P

ENH: * 3'tabify
* Fix bug where gdcmHeader was passed a const char*
* use const_iterator where possible
* made some method const correct
* moved a method in class (inline)
...hopefully should be more readable

ENH: flipping -W -Wall into -Wall -W does not produce the same warnings

removal of methode gdcmDocument::WriteF, replaced by gdcmDocument::Write
(beware of 'virtual' !)

Add a 'test' - reads an image
             - writes it as an uncompressed, (RGB if necessary), Explicit VR
             - reads it
             - compares the PixelData Length and the Pixels.
             - The, *we* cry            :

tabs

   * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
     loop on the same image until memory went out.
     Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
   * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
     gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.

test

* reverted.

* test the chekcTabs script (take 2)

* test the checkTabs script.

EMH: *Add PrintAllDocument, dog slow right now
*Moved PrintDocument as example instead
* vtkGdcmReader was free'ing instead of delete[]'ing
* 3'tabulify ShowDicom / PrintAllDocument
* Minor comments for -W -Wall compilation

ENH: VTK 4.x update, plus apply andy's suggestion

update ChangeLog

Jean-Pierre Roux
FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written
            as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
is added a the end, when necessary.
            - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are
      now written correctly
- length compatible BinEntry are now loaded correctly
(even for odd groups)
            - Note : only Explicit Value Representation was checked.
(question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)